| 摘要 | 第6-8页 |
| abstract | 第8-9页 |
| 文献综述 | 第12-22页 |
| 第一章 精子发生研究进展 | 第12-18页 |
| 1.1 精子发生过程及相关基因研究 | 第12-16页 |
| 1.1.1 精子发生概述 | 第12-13页 |
| 1.1.2 精原细胞增殖分化及相关基因 | 第13-14页 |
| 1.1.3 精母细胞减数分裂期及相关基因 | 第14-15页 |
| 1.1.4 精子形成期及相关基因 | 第15-16页 |
| 1.2 精子发生过程转录调控 | 第16-17页 |
| 1.3 基于RNA-seq数据的精子发生相关研究 | 第17-18页 |
| 1.3.1 RNA-seq测序技术 | 第17页 |
| 1.3.2 RNA-seq试验流程 | 第17页 |
| 1.3.3 RNA-seq测序技术在精子发生过程中的应用 | 第17-18页 |
| 第二章 网络分析方法研究进展 | 第18-22页 |
| 2.1 整合分析研究进展 | 第18页 |
| 2.2 基于生物分子网络计算分析研究进展 | 第18-21页 |
| 2.2.1 网络基本概念 | 第18-19页 |
| 2.2.2 网络拓扑学性质 | 第19页 |
| 2.2.3 基于生物分子网络计算分析 | 第19-21页 |
| 2.3 本论文的研究内容 | 第21-22页 |
| 试验研究 | 第22-52页 |
| 第三章 小鼠精子发生相关RNA-seq数据整合分析 | 第22-34页 |
| 3.1 材料和方法 | 第22-25页 |
| 3.1.1 小鼠基因组文件及其注释文件下载 | 第22页 |
| 3.1.2 精子发生过程测序数据收集及处理 | 第22-24页 |
| 3.1.3 精子发生过程差异基因整合 | 第24-25页 |
| 3.1.4 精子发生过程阶段特异基因分析 | 第25页 |
| 3.2 结果 | 第25-31页 |
| 3.2.1 阶段基因相关性分析呈现相似的趋势 | 第26-28页 |
| 3.2.2 基因以模块形式发挥作用 | 第28-29页 |
| 3.2.3 基于两种方法整合基因比较分析 | 第29-30页 |
| 3.2.4 精子发生相关基因在染色体上呈现区域性富集 | 第30页 |
| 3.2.5 GO功能富集显著性通路分析 | 第30-31页 |
| 3.3 讨论 | 第31页 |
| 3.4 小结 | 第31-34页 |
| 第四章 基于文本信息的精子发生相关基因挖掘分析 | 第34-40页 |
| 4.1 材料和方法 | 第34-35页 |
| 4.1.1 原始文本数据提取方法 | 第34-35页 |
| 4.1.2 基于文本基因的相关分析 | 第35页 |
| 4.2 结果 | 第35-37页 |
| 4.2.1 文本挖掘获得精子发生各阶段基因 | 第35-36页 |
| 4.2.2 各阶段基因相似性 | 第36-37页 |
| 4.2.3 文本基因GO功能富集通路分析 | 第37页 |
| 4.3 讨论 | 第37-38页 |
| 4.4 小结 | 第38-40页 |
| 第五章 基于蛋白互作网络预测模型的构建与应用 | 第40-52页 |
| 5.1 材料和方法 | 第40-44页 |
| 5.1.1 蛋白互作网络处理 | 第40页 |
| 5.1.2 网络内基因节点特征计算 | 第40-41页 |
| 5.1.3 基于蛋白互作网络预测算法构建(SGNet) | 第41-42页 |
| 5.1.4 算法性能比较 | 第42-43页 |
| 5.1.5 荧光定量PCR试验 | 第43-44页 |
| 5.2 结果 | 第44-50页 |
| 5.2.1 网络内节点特征分析 | 第44-45页 |
| 5.2.2 潜在与精子发生过程基因 | 第45-46页 |
| 5.2.3 算法可行性分析结果 | 第46-47页 |
| 5.2.4 候选基因验证 | 第47-50页 |
| 5.3 讨论 | 第50页 |
| 5.4 小结 | 第50-52页 |
| 结论 | 第52页 |
| 创新之处及未来试验计划 | 第52-54页 |
| 参考文献 | 第54-62页 |
| 附录 | 第62-68页 |
| 缩略词 | 第68-70页 |
| 致谢 | 第70-72页 |
| 作者简介 | 第72页 |
