摘要 | 第5-6页 |
abstract | 第6-7页 |
第1章 绪论 | 第10-23页 |
1.1 分子系统发生学 | 第10-14页 |
1.1.1 系统发生与系统发生树 | 第10-11页 |
1.1.2 分子系统发生学 | 第11-12页 |
1.1.3 分子系统发生学在蕨类植物中的应用 | 第12-13页 |
1.1.4 系统发育基因组学的发展与应用 | 第13-14页 |
1.2 碗蕨科研究现状 | 第14-18页 |
1.2.1 碗蕨科简介 | 第14-15页 |
1.2.2 碗蕨科在水龙骨目中的系统发育研究 | 第15-16页 |
1.2.3 碗蕨科内属间系统发育关系 | 第16-18页 |
1.3 碗蕨科系统发育学研究存在的问题 | 第18-19页 |
1.4 全基因组多倍化的研究现状 | 第19-22页 |
1.4.1 全基因多倍化的定义和形成机制 | 第19-20页 |
1.4.2 全基因组加倍的普遍性和意义 | 第20页 |
1.4.3 全基因组加倍的研究方法 | 第20-21页 |
1.4.4 全基因加倍事件在蕨类植物中的研究 | 第21-22页 |
1.5 研究目的及意义 | 第22-23页 |
第2章 碗蕨科及相关类群的转录组测序结果和分析 | 第23-42页 |
2.1 实验材料 | 第23页 |
2.2 实验方法 | 第23-27页 |
2.2.1 RNA的提取 | 第23-24页 |
2.2.2 RNA测序 | 第24页 |
2.2.3 原始数据的质控 | 第24-25页 |
2.2.4 原始数据过滤 | 第25页 |
2.2.5 数据拼接、去冗余处理及拼接质量评估 | 第25-27页 |
2.3 测序结果分析 | 第27-33页 |
2.3.1 测序结果统计及质量评估 | 第27-28页 |
2.3.2 原始数据过滤及统计 | 第28-30页 |
2.3.3 组装数据结果统计 | 第30-31页 |
2.3.4 去冗余数据结果统计 | 第31-33页 |
2.4 东亚特有珍稀蕨类植物高通量转录组测序及分析-以岩穴蕨为例 | 第33-42页 |
2.4.1 引言 | 第33页 |
2.4.2 研究方法 | 第33-35页 |
2.4.3 结果 | 第35-40页 |
2.4.4 讨论 | 第40-42页 |
第3章 碗蕨科及相关类群的系统发育分析 | 第42-52页 |
3.1 研究材料 | 第42页 |
3.2 研究方法 | 第42-44页 |
3.2.1 数据组装的完整性评估 | 第42页 |
3.2.2 ORF预测 | 第42-43页 |
3.2.3 直系同源基因筛选 | 第43页 |
3.2.4 系统发育分析 | 第43-44页 |
3.3 研究结果 | 第44-47页 |
3.3.1 转录组组装完整性评估 | 第44-45页 |
3.3.2 碗蕨科及相关类群的系统发育关系 | 第45-46页 |
3.3.3 碗蕨科及其相关类群的网状进化关系 | 第46-47页 |
3.4 讨论 | 第47-50页 |
3.4.1 系统发育基因组学在碗蕨科系统发育研究中的优势 | 第47-48页 |
3.4.2 碗蕨科在水龙骨目中的系统位置 | 第48页 |
3.4.3 碗蕨科科下属间关系重构 | 第48-49页 |
3.4.4 碗蕨科全新分类格局的提出 | 第49-50页 |
3.5 总结 | 第50-52页 |
第4章 碗蕨科的全基因组加倍事件 | 第52-55页 |
4.1 研究材料 | 第52页 |
4.2 研究方法 | 第52-53页 |
4.2.1 Ks值的计算 | 第52页 |
4.2.2 Ks值的曲线拟合 | 第52-53页 |
4.3 研究结果 | 第53-54页 |
4.4 讨论 | 第54-55页 |
第5章 总结与展望 | 第55-56页 |
参考文献 | 第56-66页 |
附录 | 第66-88页 |
攻读学位期间取得的研究成果 | 第88-90页 |
致谢 | 第90-91页 |