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基于转录组学研究碗蕨科(Dennstaedtiaceae)的系统发育关系

摘要第5-6页
abstract第6-7页
第1章 绪论第10-23页
    1.1 分子系统发生学第10-14页
        1.1.1 系统发生与系统发生树第10-11页
        1.1.2 分子系统发生学第11-12页
        1.1.3 分子系统发生学在蕨类植物中的应用第12-13页
        1.1.4 系统发育基因组学的发展与应用第13-14页
    1.2 碗蕨科研究现状第14-18页
        1.2.1 碗蕨科简介第14-15页
        1.2.2 碗蕨科在水龙骨目中的系统发育研究第15-16页
        1.2.3 碗蕨科内属间系统发育关系第16-18页
    1.3 碗蕨科系统发育学研究存在的问题第18-19页
    1.4 全基因组多倍化的研究现状第19-22页
        1.4.1 全基因多倍化的定义和形成机制第19-20页
        1.4.2 全基因组加倍的普遍性和意义第20页
        1.4.3 全基因组加倍的研究方法第20-21页
        1.4.4 全基因加倍事件在蕨类植物中的研究第21-22页
    1.5 研究目的及意义第22-23页
第2章 碗蕨科及相关类群的转录组测序结果和分析第23-42页
    2.1 实验材料第23页
    2.2 实验方法第23-27页
        2.2.1 RNA的提取第23-24页
        2.2.2 RNA测序第24页
        2.2.3 原始数据的质控第24-25页
        2.2.4 原始数据过滤第25页
        2.2.5 数据拼接、去冗余处理及拼接质量评估第25-27页
    2.3 测序结果分析第27-33页
        2.3.1 测序结果统计及质量评估第27-28页
        2.3.2 原始数据过滤及统计第28-30页
        2.3.3 组装数据结果统计第30-31页
        2.3.4 去冗余数据结果统计第31-33页
    2.4 东亚特有珍稀蕨类植物高通量转录组测序及分析-以岩穴蕨为例第33-42页
        2.4.1 引言第33页
        2.4.2 研究方法第33-35页
        2.4.3 结果第35-40页
        2.4.4 讨论第40-42页
第3章 碗蕨科及相关类群的系统发育分析第42-52页
    3.1 研究材料第42页
    3.2 研究方法第42-44页
        3.2.1 数据组装的完整性评估第42页
        3.2.2 ORF预测第42-43页
        3.2.3 直系同源基因筛选第43页
        3.2.4 系统发育分析第43-44页
    3.3 研究结果第44-47页
        3.3.1 转录组组装完整性评估第44-45页
        3.3.2 碗蕨科及相关类群的系统发育关系第45-46页
        3.3.3 碗蕨科及其相关类群的网状进化关系第46-47页
    3.4 讨论第47-50页
        3.4.1 系统发育基因组学在碗蕨科系统发育研究中的优势第47-48页
        3.4.2 碗蕨科在水龙骨目中的系统位置第48页
        3.4.3 碗蕨科科下属间关系重构第48-49页
        3.4.4 碗蕨科全新分类格局的提出第49-50页
    3.5 总结第50-52页
第4章 碗蕨科的全基因组加倍事件第52-55页
    4.1 研究材料第52页
    4.2 研究方法第52-53页
        4.2.1 Ks值的计算第52页
        4.2.2 Ks值的曲线拟合第52-53页
    4.3 研究结果第53-54页
    4.4 讨论第54-55页
第5章 总结与展望第55-56页
参考文献第56-66页
附录第66-88页
攻读学位期间取得的研究成果第88-90页
致谢第90-91页

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