| 中文摘要 | 第3-5页 |
| 英文摘要 | 第5-6页 |
| 英文缩略语 | 第10-12页 |
| 1 绪论 | 第12-28页 |
| 1.1 人类白细胞抗原 | 第13-15页 |
| 1.2 药物 ADRs 与 HLA 基因关联 | 第15-20页 |
| 1.2.1 Abacavir 与 HLA-B*57014 | 第15-16页 |
| 1.2.2 Carbamazepine 与 HLA-B*1502 和 A*3101 | 第16-17页 |
| 1.2.3 Allopurinol 与 HLA-B*58016 | 第17-18页 |
| 1.2.4 Feprazone 与 HLA-B22 | 第18页 |
| 1.2.5 Flucloxacillin 与 HLA-B*57017 | 第18-19页 |
| 1.2.6 Aspirin 与 HLA-II 基因型 | 第19页 |
| 1.2.7 Hydralazine 与 DRw4 | 第19-20页 |
| 1.2.8 Nevirapine 与 HLA-I 类和 II 类分子 | 第20页 |
| 1.3 遗传特异性 ADRs 机理研究进展 | 第20-25页 |
| 1.3.1 半抗原理论 | 第23页 |
| 1.3.2 危险因子理论 | 第23页 |
| 1.3.3 “P-I”理论 | 第23-24页 |
| 1.3.4 自身免疫机理 | 第24-25页 |
| 1.4 研究内容及意义 | 第25-28页 |
| 2 原理与方法 | 第28-40页 |
| 2.1 定量构效关系 | 第28-31页 |
| 2.1.1 多肽结构表征 | 第28-29页 |
| 2.1.2 遗传算法 | 第29-30页 |
| 2.1.3 主成分分析 | 第30页 |
| 2.1.4 支持向量机 | 第30-31页 |
| 2.1.5 模型验证 | 第31页 |
| 2.2 分子对接 | 第31-34页 |
| 2.2.1 分子对接原理 | 第31-32页 |
| 2.2.2 Surflex-dock | 第32-33页 |
| 2.2.3 打分函数 | 第33页 |
| 2.2.4 结构预处理与参数设置 | 第33-34页 |
| 2.3 分子动力学 | 第34-40页 |
| 2.3.1 分子动力学基本原理 | 第34-35页 |
| 2.3.2 分子动力学力场 | 第35-36页 |
| 2.3.3 能量优化 | 第36页 |
| 2.3.4 MM-PBSA 与结合自由能预测 | 第36-38页 |
| 2.3.5 分子动力学的操作流程 | 第38-40页 |
| 3 HLA 多肽亲和活性预测 | 第40-48页 |
| 3.1 数据来源与处理 | 第40页 |
| 3.2 SVM 分类预测模型 | 第40-41页 |
| 3.3 结果与分析 | 第41-46页 |
| 3.3.1 模型验证 | 第41-43页 |
| 3.3.2 HLA-peptide 配体亲和特性 | 第43-46页 |
| 3.4 小结 | 第46-48页 |
| 4 药物与 HLA 分子对接 | 第48-58页 |
| 4.1 数据来源与结构预处理 | 第48-49页 |
| 4.1.1 药物分子的结构预处理与表征 | 第48页 |
| 4.1.2 HLA 蛋白质结构预处理 | 第48-49页 |
| 4.1.3 Surflex-Dock 参数设置 | 第49页 |
| 4.2 结果与分析 | 第49-56页 |
| 4.2.1 分子对接 | 第49-50页 |
| 4.2.2 主成分分析 | 第50-52页 |
| 4.2.3 构象分析 | 第52-56页 |
| 4.3 小结 | 第56-58页 |
| 5 多肽对接与分子动力学模拟 | 第58-70页 |
| 5.1 多肽对接 | 第58-60页 |
| 5.1.1 结构预处理 | 第58页 |
| 5.1.2 对接结果与分析 | 第58-60页 |
| 5.2 分子动力学模拟 | 第60-67页 |
| 5.2.1 结构预处理与参数设置 | 第60页 |
| 5.2.2 动力学特征分析 | 第60-62页 |
| 5.2.3 构象叠合 | 第62-63页 |
| 5.2.4 最低能量构象分析 | 第63-64页 |
| 5.2.5 结合自由能分析 | 第64-65页 |
| 5.2.6 结合自由能分解 | 第65-67页 |
| 5.2.7 氢键分析 | 第67页 |
| 5.3 小结 | 第67-70页 |
| 6 Abacavir 对 HLA 的多肽选择特性的影响 | 第70-78页 |
| 6.1 结构预处理与参数设置 | 第70页 |
| 6.2 动力学模拟结果分析 | 第70-76页 |
| 6.2.1 动力学特征分析 | 第70-73页 |
| 6.2.2 结合自由能分析 | 第73-75页 |
| 6.2.3 与相关实验结果的比较 | 第75-76页 |
| 6.3 小结 | 第76-78页 |
| 7 结论与展望 | 第78-80页 |
| 7.1 结论 | 第78页 |
| 7.2 展望 | 第78-80页 |
| 致谢 | 第80-82页 |
| 参考文献 | 第82-94页 |
| 附录 | 第94-96页 |
| A. 作者在攻读硕士学位期间发表的论文目录 | 第94-95页 |
| B. 分子动力学模拟输入文件 | 第95-96页 |
