| 摘要 | 第6-8页 |
| Abstract | 第8-9页 |
| 缩略词表（Abbreviation） | 第10-11页 |
| 第一章 文献综述 | 第11-23页 |
| 1 平菇概况 | 第11-14页 |
| 1.1 平菇的生物学特性 | 第11-12页 |
| 1.2 平菇的应用价值 | 第12-13页 |
| 1.2.1 平菇的营养价值 | 第12页 |
| 1.2.2 平菇的药用价值 | 第12-13页 |
| 1.3 平菇的分子生物学研究进展 | 第13-14页 |
| 1.3.1 平菇生长发育基因的分子生物学研究 | 第13-14页 |
| 1.3.2 基于高通量测序的平菇组学研究 | 第14页 |
| 2 凝集素研究概况 | 第14-18页 |
| 2.1 凝集素的研究概况 | 第15-16页 |
| 2.2 凝集素的生物学功能研究进展 | 第16-18页 |
| 2.2.1 凝集素在免疫调节中的生物学功能 | 第16-17页 |
| 2.2.2 凝集素在生长发育中的生物学功能 | 第17-18页 |
| 3 转录组学的研究进展 | 第18-21页 |
| 3.1 转录组学的研究现状 | 第18-19页 |
| 3.2 基于Illumina的二代高通量测序平台 | 第19-20页 |
| 3.3 RNA-Seq在食用菌中的应用 | 第20-21页 |
| 4 本研究的目的和意义 | 第21-23页 |
| 第二章 基于RNA-Seq的平菇不同发育期转录组学研究 | 第23-58页 |
| 1 材料和方法 | 第23-37页 |
| 1.1 实验材料 | 第23-26页 |
| 1.1.1 菌株 | 第23页 |
| 1.1.2 培养基 | 第23页 |
| 1.1.3 实验试剂 | 第23-25页 |
| 1.1.4 设备仪器 | 第25页 |
| 1.1.5 生物信息学软件、数据库 | 第25-26页 |
| 1.2 实验方法 | 第26-37页 |
| 1.2.1 实验材料的培养和获得 | 第26-27页 |
| 1.2.2 总RNA的提取 | 第27页 |
| 1.2.3 mRNA链特异性文库构建 | 第27-32页 |
| 1.2.4 文库检测 | 第32-33页 |
| 1.2.5 生物信息学分析流程 | 第33-35页 |
| 1.2.6 生物信息学分析数据库 | 第35-37页 |
| 2 结果与分析 | 第37-56页 |
| 2.1 Total RNA提取结果 | 第37-38页 |
| 2.2 cDNA文库的质检 | 第38-40页 |
| 2.3 文库的Agilent 2100检测 | 第40页 |
| 2.4 原始测序数据和质量控制 | 第40-43页 |
| 2.5 组装结果分析 | 第43-46页 |
| 2.6 Unigene的功能注释和COG分类 | 第46-53页 |
| 2.6.1 Unigene注释到NR数据库 | 第46-49页 |
| 2.6.2 Unigene注释到Swiss-Prot数据库 | 第49-50页 |
| 2.6.3 Unigene注释到COG数据库 | 第50-51页 |
| 2.6.4 Unigene的GO分类 | 第51页 |
| 2.6.5 Unigene的KEGG通路注释 | 第51-53页 |
| 2.7 CDS序列的预测 | 第53-54页 |
| 2.8 Unigene的差异表达分析 | 第54-56页 |
| 3 讨论 | 第56-58页 |
| 第三章 平菇lectin基因的生物信息学分析 | 第58-72页 |
| 1 材料和方法 | 第58-61页 |
| 1.1 多序列比对（Clustal Omga） | 第58页 |
| 1.2 分子进化遗传分析工具 （MEGA7） | 第58-59页 |
| 1.3 基因结构在线预测工具GSDS | 第59页 |
| 1.4 序列模体的识别解析工具MEME | 第59页 |
| 1.5 蛋白质三级结构预测Swiss-Model | 第59-60页 |
| 1.6 跨膜区结构域预测服务器 | 第60页 |
| 1.7 蛋白质信号肽和亚细胞定位预测SignalP | 第60-61页 |
| 2 结果与分析 | 第61-70页 |
| 2.1 lectin蛋白的三级结构 | 第61页 |
| 2.2 注释为lectin的Unigene比对到PC15参考基因组 | 第61-64页 |
| 2.3 平菇PC15和P739品种间lectin基因的进化分析 | 第64-65页 |
| 2.4 平菇PC15的lectin基因的生物信息学分析 | 第65-70页 |
| 2.4.1 lectin基因的基因结构和蛋白质序列分析 | 第65-68页 |
| 2.4.2 lectin基因的进化树分析 | 第68-69页 |
| 2.4.3 lectin基因的跨膜结构域与信号肽结构预测 | 第69-70页 |
| 3 讨论 | 第70-72页 |
| 第四章 结论与展望 | 第72-74页 |
| 1 结论 | 第72-73页 |
| 2 展望 | 第73-74页 |
| 参考文献 | 第74-86页 |
| 在读期间发表论文 | 第86-87页 |
| 致谢 | 第87页 |
