支持编辑距离的高效近似字符串匹配方法
| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-8页 |
| 第1章 绪论 | 第13-33页 |
| 1.1 研究背景及意义 | 第14-15页 |
| 1.2 背景知识及相关概念 | 第15-24页 |
| 1.2.1 字符串相似性判定 | 第15-18页 |
| 1.2.2 字符串索引方法 | 第18-24页 |
| 1.3 相关工作及研究成果综述 | 第24-31页 |
| 1.3.1 近似字符串匹配问题分类 | 第24-25页 |
| 1.3.2 近似字符串匹配技术分类 | 第25-28页 |
| 1.3.3 近似字符串匹配系统分类 | 第28-29页 |
| 1.3.4 高相似性生物序列匹配方法分类 | 第29-31页 |
| 1.4 论文的主要创新和组织结构 | 第31-33页 |
| 1.4.1 本文的主要创新 | 第31-32页 |
| 1.4.2 本文的组织结构 | 第32-33页 |
| 第2章 自适应的字符串相似性匹配方法 | 第33-51页 |
| 2.1 问题背景 | 第33-34页 |
| 2.2 问题定义 | 第34-35页 |
| 2.3 字符串相似性匹配方法 | 第35-39页 |
| 2.3.1 基本的字符串相似性匹配方法 | 第35-37页 |
| 2.3.2 基于最优划分策略的改进方法 | 第37-39页 |
| 2.4 自适应的查询方法 | 第39-43页 |
| 2.4.1 两种方法的理论分析 | 第39-40页 |
| 2.4.2 策略选择方法 | 第40-41页 |
| 2.4.3 自适应的字符串相似性匹配算法 | 第41-43页 |
| 2.5 在字符串集合上的近似查询方法 | 第43-46页 |
| 2.5.1 基于字符串集合的BWT索引方法 | 第43-44页 |
| 2.5.2 基于字符串集合的近似搜索方法 | 第44-46页 |
| 2.6 实验测试与分析 | 第46-49页 |
| 2.6.1 实验设置 | 第46-47页 |
| 2.6.2 评价划分策略 | 第47-48页 |
| 2.6.3 评价自适应方法 | 第48页 |
| 2.6.4 同现有方法对比 | 第48-49页 |
| 2.7 本章小结 | 第49-51页 |
| 第3章 字符串局部相似性连接方法 | 第51-79页 |
| 3.1 问题背景 | 第51-53页 |
| 3.2 问题定义 | 第53-54页 |
| 3.3 基于匹配gram的局部相似性连接框架 | 第54-56页 |
| 3.4 局部相似性验证方法 | 第56-61页 |
| 3.4.1 基于匹配gram的验证方法 | 第56-57页 |
| 3.4.2 优化技术 | 第57-61页 |
| 3.5 局部相似性过滤方法 | 第61-68页 |
| 3.5.1 局部计数过滤 | 第61-63页 |
| 3.5.2 减少对连续匹配的gram对的验证 | 第63-64页 |
| 3.5.3 增量局部计数过滤 | 第64-68页 |
| 3.6 定位局部相似对 | 第68-70页 |
| 3.6.1 定位技术 | 第68-69页 |
| 3.6.2 采用增量窗口长度的局部计数过滤 | 第69-70页 |
| 3.7 实验测试与分析 | 第70-77页 |
| 3.7.1 实验设置 | 第70-71页 |
| 3.7.2 整体性能 | 第71-72页 |
| 3.7.3 评价候选集构建方法 | 第72-75页 |
| 3.7.4 评价验证方法 | 第75-76页 |
| 3.7.5 可伸缩性 | 第76页 |
| 3.7.6 评价索引大小 | 第76-77页 |
| 3.7.7 同修改的Pass-Join比较 | 第77页 |
| 3.8 本章小结 | 第77-79页 |
| 第4章 多核并行的近似字符串匹配方法 | 第79-101页 |
| 4.1 问题背景 | 第79-80页 |
| 4.2 问题定义 | 第80页 |
| 4.3 多核架构查询框架 | 第80-83页 |
| 4.4 基于BWT索引的并行近似字符串匹配方法 | 第83-89页 |
| 4.4.1 支持计算共享的划分与重组方法 | 第83-84页 |
| 4.4.2 基于反向查询子树的查询方法 | 第84-86页 |
| 4.4.3 局部最优的扩展验证方法 | 第86-89页 |
| 4.5 有限内存空间下的并行匹配方法 | 第89-93页 |
| 4.5.1 采用重叠分片的BWT索引方法 | 第89-91页 |
| 4.5.2 采用不相交分片的BWT索引方法 | 第91-93页 |
| 4.6 实验测试与分析 | 第93-98页 |
| 4.6.1 实验设置 | 第93-94页 |
| 4.6.2 评价划分重组方法以及验证方法 | 第94-95页 |
| 4.6.3 评价并行策略 | 第95-96页 |
| 4.6.4 同现有方法对比 | 第96-97页 |
| 4.6.5 评价分片索引方法 | 第97-98页 |
| 4.7 本章小结 | 第98-101页 |
| 第5章 面向压缩生物数据的高效匹配方法 | 第101-121页 |
| 5.1 问题背景 | 第101-102页 |
| 5.2 问题定义 | 第102-103页 |
| 5.3 基于压缩生物数据的基本查询方法 | 第103-104页 |
| 5.4 基于压缩生物数据的改进查询方法 | 第104-107页 |
| 5.4.1 减少验证次数 | 第105-106页 |
| 5.4.2 减少索引大小 | 第106-107页 |
| 5.5 基于压缩生物数据的分布式索引方法 | 第107-115页 |
| 5.5.1 基本的分布式索引方法 | 第107-108页 |
| 5.5.2 改进的分布式索引方法 | 第108-111页 |
| 5.5.3 基于分布式索引的查询方法 | 第111-115页 |
| 5.6 实验测试与分析 | 第115-119页 |
| 5.6.1 实验设置 | 第115页 |
| 5.6.2 评价索引开销 | 第115-116页 |
| 5.6.3 评价并行索引开销 | 第116-117页 |
| 5.6.4 评价并行方法查询效率 | 第117-118页 |
| 5.6.5 评价可伸缩性 | 第118-119页 |
| 5.7 本章小结 | 第119-121页 |
| 第6章 结束语 | 第121-123页 |
| 6.1 本文工作总结 | 第121-122页 |
| 6.2 未来的研究方向 | 第122-123页 |
| 参考文献 | 第123-131页 |
| 致谢 | 第131-133页 |
| 攻博期间发表的论文 | 第133-135页 |
| 攻博期间参与的项目 | 第135-137页 |
| 作者简介 | 第137页 |
