| 中文摘要 | 第6-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 1 前言 | 第9-18页 |
| 1.1 苹果当年生新根的类型及功能 | 第9-10页 |
| 1.2 果树转录组学研究概述 | 第10-15页 |
| 1.2.1 园艺性状的分子机理及标记开发 | 第11-12页 |
| 1.2.2 果实成熟与发育 | 第12-14页 |
| 1.2.3 次生代谢及抗性基因挖掘 | 第14-15页 |
| 1.3 转录组研究优越性及面临挑战 | 第15-17页 |
| 1.4 本试验的研究目的和意义 | 第17-18页 |
| 2 材料与方法 | 第18-24页 |
| 2.1 试材 | 第18-19页 |
| 2.1.1 平邑甜茶输导根、延长根及吸收根的获得 | 第18页 |
| 2.1.2 沙培、土培及水培环境下平邑甜茶根系的获得 | 第18页 |
| 2.1.3 实验主要试剂及引物 | 第18-19页 |
| 2.2 试验方法 | 第19页 |
| 2.2.1 根系活力测定 | 第19页 |
| 2.2.2 细胞死亡率测定 | 第19页 |
| 2.2.3 平邑甜茶根系总RNA的提取及质量检测 | 第19页 |
| 2.3 文库的构建及测序 | 第19-20页 |
| 2.4 上机测序 | 第20页 |
| 2.5 测序数据处理与质量控制 | 第20-23页 |
| 2.6.1 转录组测序数据组装 | 第20-21页 |
| 2.6.2 数据质量评估 | 第21-22页 |
| 2.6.3 功能注释 | 第22-23页 |
| 2.6 差异基因分析 | 第23页 |
| 2.6.1 差异基因筛选 | 第23页 |
| 2.6.2 差异表达基因GO及KEGG富集分析 | 第23页 |
| 2.7 实时荧光定量PCR | 第23-24页 |
| 3. 结果与分析 | 第24-72页 |
| 3.1 平邑甜茶根系相关代谢变化 | 第24-29页 |
| 3.1.1 平邑甜茶当年生新根根系活力的变化 | 第24页 |
| 3.1.2 平邑甜茶当年生新根细胞死亡率变化 | 第24-25页 |
| 3.1.3 平邑甜茶当年生新根在不同根区环境下根系活力变化 | 第25-26页 |
| 3.1.4 平邑甜茶当年生新根在不同根区环境下细胞死亡率变化 | 第26-28页 |
| 3.1.5 沙培、土培、水培环境下平邑甜茶幼苗根系活力及细胞死亡率差异 | 第28页 |
| 3.1.6 沙培、土培、水培环境下平邑甜茶幼苗根系 | 第28-29页 |
| 3.2 平邑甜茶输导根、延长根和吸收根转录组分析 | 第29-49页 |
| 3.2.1 RNA质量检测结果及质量分析 | 第29-31页 |
| 3.2.2 RNA-Seq序列产量统计、组装及结果分析 | 第31-37页 |
| 3.2.3 差异基因的比对分析 | 第37-40页 |
| 3.2.4 与细胞凋亡相关的差异基因表达验证 | 第40-41页 |
| 3.2.5 平邑甜茶输导根、延长根和吸收根差异基因分析 | 第41-49页 |
| 3.3 土培、水培及沙培条件下平邑甜茶根系转录组分析 | 第49-72页 |
| 3.3.1 RNA质量检测结果及质量分析 | 第49-50页 |
| 3.3.2 RNA-Seq序列统计、组装及结果分析 | 第50-57页 |
| 3.3.3 差异表达基因分析 | 第57-60页 |
| 3.3.4 与细胞凋亡相关的差异基因表达验证 | 第60-62页 |
| 3.3.5 沙培、土培及水培环境下平邑甜茶根系差异基因分析 | 第62-72页 |
| 4 讨论 | 第72-76页 |
| 4.1 平邑甜茶三种当年生新根系转录组测序和功能注释 | 第72-73页 |
| 4.2 三种根系类型差异基因的发掘和分析 | 第73-74页 |
| 4.2.1 三类根与吸收相关基因发掘 | 第73页 |
| 4.2.2 三类根生长、衰老、死亡和更新相关基因差异 | 第73-74页 |
| 4.3 平邑甜茶三种根区环境下根系转录组测序和功能注释 | 第74页 |
| 4.4 平邑甜茶三种根区环境下根系转录组差异基因的发掘与分析 | 第74-76页 |
| 5 结论 | 第76-77页 |
| 参考文献 | 第77-83页 |
| 致谢 | 第83-84页 |
| 附录 | 第84-90页 |
