| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 图表目录 | 第14-16页 |
| 1 绪论 | 第16-39页 |
| 1.1 生物大分子的结构 | 第16-19页 |
| 1.1.1 蛋白质的结构 | 第16-18页 |
| 1.1.2 核酸的结构 | 第18-19页 |
| 1.2 蛋白质折叠简介 | 第19-20页 |
| 1.3 蛋白质折叠的研究进展 | 第20-22页 |
| 1.3.1 蛋白质折叠理论的发展 | 第20页 |
| 1.3.2 蛋白质折叠模型的发展 | 第20-22页 |
| 1.4 蛋白质折叠的两态模型 | 第22-24页 |
| 1.5 蛋白质折叠的中间体 | 第24页 |
| 1.6 蛋白质的折叠与疾病 | 第24-25页 |
| 1.7 理论与方法 | 第25-34页 |
| 1.7.1 分子动力学模拟 | 第25-26页 |
| 1.7.2 分子动力学模拟的原理 | 第26-27页 |
| 1.7.3 分子动力学模拟的积分算法 | 第27-29页 |
| 1.7.4 力场的选择 | 第29-32页 |
| 1.7.5 能量最小化 | 第32-34页 |
| 1.8 蛋白质折叠研究的理论模型 | 第34-36页 |
| 1.8.1 格点HP模型 | 第34页 |
| 1.8.2 HZ疏水拉链模型 | 第34页 |
| 1.8.3 Go模型 | 第34-36页 |
| 1.9 DNA的折叠 | 第36-38页 |
| 1.9.1 端粒与G-四联体 | 第36-37页 |
| 1.9.2 G-四联体的结构及应用 | 第37-38页 |
| 1.10 本论文的主要内容 | 第38-39页 |
| 2 序列高度一致但天然结构不同的两组G蛋白的折叠机理 | 第39-62页 |
| 2.1 引言 | 第39-42页 |
| 2.1.1 蛋白质药物设计与同源模建 | 第39页 |
| 2.1.2 对同源模建方法的质疑 | 第39-41页 |
| 2.1.3 高度序列一致性但不同三维结构的蛋白质的折叠 | 第41页 |
| 2.1.4 采用Go-模型对蛋白质GA和GB的折叠机理进行研究 | 第41-42页 |
| 2.2 材料和方法 | 第42页 |
| 2.3 结果 | 第42-55页 |
| 2.3.1 常态模拟 | 第42-43页 |
| 2.3.2 展开模拟 | 第43-44页 |
| 2.3.3 过渡态 | 第44-49页 |
| 2.3.4 自由能曲面分析 | 第49-50页 |
| 2.3.5 蛋白质变性状态 | 第50-52页 |
| 2.3.6 蛋白质GA和GB在G6-模型的模拟轨迹中的过渡态 | 第52-55页 |
| 2.4 讨论 | 第55-61页 |
| 2.4.1 GA88和GA95的展开路径 | 第55-56页 |
| 2.4.2 GB88和GB95的展开路径 | 第56-57页 |
| 2.4.3 多组蛋白对同源模建方法的质疑 | 第57-58页 |
| 2.4.4 蛋白质GA和GB的折叠路径分析 | 第58-61页 |
| 2.5 小结 | 第61-62页 |
| 3 三叶结蛋白质的折叠机理 | 第62-75页 |
| 3.1 引言 | 第62-63页 |
| 3.1.1 打结蛋白质的结构和折叠 | 第62页 |
| 3.1.2 研究打结蛋白质的模型 | 第62-63页 |
| 3.2 材料和方法 | 第63-64页 |
| 3.3 结果和讨论 | 第64-74页 |
| 3.3.1 蛋白质MJ0366的展开路径 | 第66-67页 |
| 3.3.2 高温条件下的蛋白质MJ0366的过渡态 | 第67-69页 |
| 3.3.3 用Go-模型对蛋白质MJ0366的模拟中的折叠路径分析 | 第69-70页 |
| 3.3.4 蛋白质MJ0366在G6-模型的模拟过程中的中间体和过渡态 | 第70-71页 |
| 3.3.5 用G6-模型对蛋白质VirC2模拟中的折叠路径分析 | 第71-72页 |
| 3.3.6 在蛋白质VirC2的G6-模型的模拟过程中的过渡态 | 第72-74页 |
| 3.4 小结 | 第74-75页 |
| 4 不同朊蛋白的折叠机理的比较 | 第75-91页 |
| 4.1 引言 | 第75-76页 |
| 4.1.1 朊蛋白的性质和结构 | 第75页 |
| 4.1.2 朊病毒的感染 | 第75-76页 |
| 4.1.3 朊蛋白折叠的研究模型 | 第76页 |
| 4.2 材料和方法 | 第76-77页 |
| 4.3 结果和讨论 | 第77-86页 |
| 4.3.1 采用C_α-Go模型来比较五个朊蛋白的折叠机制 | 第77-81页 |
| 4.3.2 五个朊蛋白折叠的协同性排序 | 第81页 |
| 4.3.3 折叠自由能分析 | 第81-84页 |
| 4.3.4 朊蛋白过渡态的比较 | 第84页 |
| 4.3.5 朊蛋白的折叠路径分析 | 第84-86页 |
| 4.4 用全原子Go-模型对人朊蛋白的折叠路径进行研究 | 第86-90页 |
| 4.4.1 人朊蛋白的折叠动力学分析 | 第87-90页 |
| 4.4.2 人朊蛋白的变性态分析 | 第90页 |
| 4.5 小结 | 第90-91页 |
| 5 不同结构G-四联体的折叠机理 | 第91-110页 |
| 5.1 引言 | 第91页 |
| 5.2 材料和方法 | 第91-92页 |
| 5.3 结果和讨论 | 第92-109页 |
| 5.3.1 G-四联体在全原子Go-模型的模拟中的过渡态 | 第93-98页 |
| 5.3.2 G-四联体的折叠路径 | 第98-106页 |
| 5.3.3 四种G-四联体的折叠机理的比较 | 第106-109页 |
| 5.4 小结 | 第109-110页 |
| 6 结论与展望 | 第110-112页 |
| 6.1 结论 | 第110-111页 |
| 6.2 展望 | 第111-112页 |
| 7 创新点 | 第112-113页 |
| 参考文献 | 第113-124页 |
| 攻读博士学位期间科研项目及科研成果 | 第124-125页 |
| 致谢 | 第125-126页 |
| 作者简介 | 第126-127页 |
