番茄重要农艺性状的全基因组关联分析及野生种质在栽培种的渐渗分析
| 摘要 | 第6-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 第一章 引言 | 第13-22页 |
| 1.1 全基因组关联分析 | 第13-16页 |
| 1.1.1 关联分析的原理和优势 | 第13-14页 |
| 1.1.2 连锁不平衡的意义和计算方法 | 第14页 |
| 1.1.3 影响连锁不平衡的因素 | 第14-15页 |
| 1.1.4 关联分析在植物中的应用 | 第15-16页 |
| 1.1.5 关联分析在番茄中的应用 | 第16页 |
| 1.2 番茄主要的野生资源及在育种中的应用 | 第16-22页 |
| 1.2.1 番茄主要的野生资源 | 第16-18页 |
| 1.2.2 番茄主要的抗病基因及其来源 | 第18-20页 |
| 1.2.3 番茄野生资源在栽培种番茄中的应用 | 第20-22页 |
| 第二章 番茄的群体结构分析 | 第22-33页 |
| 2.1 试验材料与方法 | 第22-25页 |
| 2.1.1 试验材料 | 第22-23页 |
| 2.1.2 测序样品的制备 | 第23页 |
| 2.1.3 基因组高通量测序 | 第23页 |
| 2.1.4 测序数据的比对 | 第23页 |
| 2.1.5 个体间SNPs的鉴定和注释 | 第23页 |
| 2.1.6 四位简并SNPs位点的提取 | 第23-24页 |
| 2.1.7 测序番茄群体进化树的构建 | 第24页 |
| 2.1.8 番茄群体主成份分析 | 第24页 |
| 2.1.9 群体结构分析 | 第24页 |
| 2.1.10 群体间基因组高度分化区域鉴定 | 第24-25页 |
| 2.2 结果与分析 | 第25-31页 |
| 2.2.1 全基因组SNPs的鉴定 | 第25-26页 |
| 2.2.2 番茄群体进化树分析 | 第26-27页 |
| 2.2.3 番茄群体主成分分析 | 第27-28页 |
| 2.2.4 番茄群体结构分析 | 第28-31页 |
| 2.2.5 加工番茄基因组高度分化区域鉴定 | 第31页 |
| 2.3 讨论 | 第31-33页 |
| 第三章 番茄重要农艺性状的全基因组关联分析 | 第33-44页 |
| 3.1 试验材料与方法 | 第33-35页 |
| 3.1.1 试验材料 | 第33页 |
| 3.1.2 番茄表型性状的鉴定 | 第33-34页 |
| 3.1.3 栽培群体连锁不平衡分析 | 第34页 |
| 3.1.4 全基因组关联分析 | 第34页 |
| 3.1.5 果皮颜色关联区域异常reads的检测 | 第34页 |
| 3.1.6 基因组缺失区域的PCR验证 | 第34-35页 |
| 3.1.7 y基因关键变异位点和类型的鉴定 | 第35页 |
| 3.2 结果与分析 | 第35-42页 |
| 3.2.1 番茄群体表型变异 | 第35页 |
| 3.2.2 栽培群体连锁不平衡分析 | 第35-37页 |
| 3.2.3 全基因组关联分析 | 第37-40页 |
| 3.2.4 果实颜色关键变异位点的获得 | 第40页 |
| 3.2.5 缺失区域的检测和分子验证 | 第40-41页 |
| 3.2.6 y基因关键控制位点和变异类型的检测 | 第41-42页 |
| 3.3 讨论 | 第42-44页 |
| 第四章 野生资源在栽培种的渐渗分析 | 第44-55页 |
| 4.1 试验材料与方法 | 第44-45页 |
| 4.1.1 试验材料 | 第44页 |
| 4.1.2 驯化区域的鉴定 | 第44页 |
| 4.1.3 栽培品种F1全基因组杂合度计算 | 第44-45页 |
| 4.1.4 野生番茄渐渗区域的界定 | 第45页 |
| 4.1.5 番茄F1品种的基因组框架分析 | 第45页 |
| 4.2 结果与分析 | 第45-53页 |
| 4.2.1 驯化区域的鉴定 | 第45-47页 |
| 4.2.2 野生资源在栽培种中的渐渗分析 | 第47-49页 |
| 4.2.3 番茄F1品种基因组框架分析 | 第49-52页 |
| 4.2.4 优良品种AB2基因组分析 | 第52-53页 |
| 4.3 讨论 | 第53-55页 |
| 第五章 全文结论 | 第55-56页 |
| 参考文献 | 第56-68页 |
| 附录 | 第68-73页 |
| 致谢 | 第73-74页 |
| 作者简历 | 第74页 |
