基于二代测序技术的大肠癌发展过程中肠道微生物变化研究
| 中文摘要 | 第5-6页 |
| ABSTRACT | 第6页 |
| 第一章 绪论 | 第9-30页 |
| 1.1 大肠癌概述 | 第9-14页 |
| 1.1.1 流行病学分析 | 第9-10页 |
| 1.1.2 诊断及分期 | 第10-11页 |
| 1.1.3 发病机制 | 第11-12页 |
| 1.1.4 影响因素 | 第12-14页 |
| 1.2 人体肠道微生物概述 | 第14-24页 |
| 1.2.1 来源及结构 | 第14-15页 |
| 1.2.2 主要影响因素 | 第15-17页 |
| 1.2.3 研究方法 | 第17-19页 |
| 1.2.4 与疾病关系 | 第19-24页 |
| 1.3 大肠癌与肠道微生物相关性研究 | 第24-30页 |
| 第二章 材料与方法 | 第30-36页 |
| 2.1 样品采集 | 第30-31页 |
| 2.1.1 志愿者征集 | 第30页 |
| 2.1.2 志愿者信息采集 | 第30-31页 |
| 2.2 DNA提取与测序 | 第31页 |
| 2.3 生物信息分析 | 第31-36页 |
| 2.3.1 测序数据质控 | 第31页 |
| 2.3.2 短序列组装及基因预测 | 第31-32页 |
| 2.3.3 物种注释及功能注释 | 第32页 |
| 2.3.4 定量方法 | 第32-33页 |
| 2.3.5 毒力因子注释及相对丰度计算 | 第33页 |
| 2.3.6 稀释曲线分析 | 第33页 |
| 2.3.7 α 多样性分析 | 第33页 |
| 2.3.8 肠型分析 | 第33页 |
| 2.3.9 宏基因组关联分析（MGWAS） | 第33-34页 |
| 2.3.10 构建基于MLG的分类器 | 第34页 |
| 2.3.11 PERMANOVA与CCA分析 | 第34页 |
| 2.3.12 KEGG代谢通路分析 | 第34-36页 |
| 第三章 结果与分析 | 第36-63页 |
| 3.1 样品信息及测序统计 | 第36-38页 |
| 3.2 构建研究所用基因集 | 第38-39页 |
| 3.3 肠道微生物的整体趋势 | 第39-42页 |
| 3.4 MLG分析 | 第42-50页 |
| 3.5 基于MLG的分类器 | 第50-55页 |
| 3.6 饮食关联的微生物变化 | 第55-63页 |
| 第四章 结论与展望 | 第63-64页 |
| 参考文献 | 第64-72页 |
| 附录 | 第72-79页 |
| 附录 1 | 第72-75页 |
| 附录 2 | 第75-77页 |
| 附录 3 | 第77-79页 |
| 攻读硕士学位期间取得的研究成果 | 第79-80页 |
| 致谢 | 第80-81页 |
| 附件 | 第81页 |
