| 摘要 | 第4-6页 |
| ABSTRACT | 第6-7页 |
| 第一章 引言 | 第12-30页 |
| 1.1 测序技术的发展历程 | 第12-15页 |
| 1.1.1 Illumina测序 | 第13页 |
| 1.1.2 Roche 454测序 | 第13-14页 |
| 1.1.3 Solid技术(supported oligo ligation detection) | 第14-15页 |
| 1.1.4 第三代测序技术 | 第15页 |
| 1.2 转录组学的研究方法 | 第15-19页 |
| 1.2.1 微阵列技术(Microarray) | 第16-17页 |
| 1.2.2 表达序列标签技术(EST) | 第17-18页 |
| 1.2.3 新一代高通量测序技术 | 第18-19页 |
| 1.3 转录组技术在植物中的应用 | 第19-23页 |
| 1.3.1 新基因发现与物种基因文库的构建 | 第20页 |
| 1.3.2 SSR及SNP分子标记在进化生物学的应用 | 第20-22页 |
| 1.3.3 代谢途径的确定 | 第22页 |
| 1.3.4 其他方面的应用 | 第22-23页 |
| 1.4 绞股蓝属的研究进展 | 第23-28页 |
| 1.4.1 绞股蓝属植物的生物学特征及分类历史 | 第23-24页 |
| 1.4.2 绞股蓝属植物的资源分布 | 第24-25页 |
| 1.4.3 绞股蓝属形态学与细胞学研究 | 第25-26页 |
| 1.4.4 绞股蓝属分子标记研究 | 第26-27页 |
| 1.4.5 绞股蓝属化学成分研究进展 | 第27-28页 |
| 1.4.6 绞股蓝的开发利用研究 | 第28页 |
| 1.5 本研究的目的和意义 | 第28-30页 |
| 第二章 绞股蓝与心籽绞股蓝的转录组代谢通路分析 | 第30-48页 |
| 2.1 植物材料准备 | 第30页 |
| 2.2 RNA提取及检测 | 第30-31页 |
| 2.3 数据处理 | 第31-32页 |
| 2.3.1 序列拼接及注释 | 第31-32页 |
| 2.3.2 差异基因筛选 | 第32页 |
| 2.4 结果 | 第32-44页 |
| 2.4.1 绞股蓝属转录组数据组装 | 第32-33页 |
| 2.4.2 功能注释和分类 | 第33-41页 |
| 2.4.3 差异表达基因筛选结果 | 第41-44页 |
| 2.5 讨论 | 第44-48页 |
| 第三章 EST-SSR分子标记的开发 | 第48-60页 |
| 3.1 实验过程 | 第48-53页 |
| 3.1.1 材料采集 | 第48-49页 |
| 3.1.2 总基因组DNA提取 | 第49-50页 |
| 3.1.3 DNA纯度检测 | 第50页 |
| 3.1.4 SSR引物筛选 | 第50-51页 |
| 3.1.5 PCR扩增 | 第51页 |
| 3.1.6 扩增产物检测 | 第51-52页 |
| 3.1.7 数据分析 | 第52-53页 |
| 3.2 实验结果 | 第53-57页 |
| 3.2.1 绞股蓝属转录组中SSR分布特点 | 第53-55页 |
| 3.2.2 EST-SSR标记的转移性验证 | 第55-56页 |
| 3.2.3 绞股蓝属的遗传多样性分析 | 第56-57页 |
| 3.3 讨论 | 第57-60页 |
| 3.3.1 SSR标记的开发和在绞股蓝转录组中的分布 | 第57-58页 |
| 3.3.2 SSR标记在绞股蓝属物种中的应用 | 第58-60页 |
| 第四章 绞股蓝属种间发育关系探讨 | 第60-87页 |
| 4.1 花发育的ABC模型的提出和发展 | 第60-62页 |
| 4.2 实验过程 | 第62-66页 |
| 4.2.1 直系同源基因的查找和比较 | 第62页 |
| 4.2.2 花发育相关基因的查找和筛选 | 第62-63页 |
| 4.2.3 绞股蓝属系统发育关系分析的基因片段选择 | 第63-64页 |
| 4.2.4 样品采集及PCR扩增 | 第64-65页 |
| 4.2.5 数据校正与处理 | 第65-66页 |
| 4.2.6 遗传分化、种间遗传距离和系统发育分析 | 第66页 |
| 4.3 实验结果 | 第66-80页 |
| 4.3.1 核苷酸多样性分析 | 第66-67页 |
| 4.3.2 遗传距离分析 | 第67-71页 |
| 4.3.3 绞股蓝属的遗传结构与单倍型网络关系分析 | 第71-74页 |
| 4.3.4 花发育相关的G-AGL29-like基因的系统发育分析 | 第74-76页 |
| 4.3.5 叶绿体基因联合数据系统发育分析 | 第76-78页 |
| 4.3.6 绞股蓝属分化时间估算 | 第78-80页 |
| 4.4 讨论 | 第80-87页 |
| 4.4.1 绞股蓝属的系统发育关系概况 | 第80-81页 |
| 4.4.2 广西绞股蓝和扁果绞股蓝的系统发育位置 | 第81-82页 |
| 4.4.3 五柱绞股蓝的系统发育位置 | 第82页 |
| 4.4.4 心籽绞股蓝和疏花绞股蓝的系统发育位置 | 第82-83页 |
| 4.4.5 绞股蓝亚属的系统发育位置 | 第83-85页 |
| 4.4.6 绞股蓝属起源探讨 | 第85-87页 |
| 总结与展望 | 第87-90页 |
| 参考文献 | 第90-106页 |
| 附录 | 第106-123页 |
| 攻读专业博士学位期间取得的科研成果 | 第123-124页 |
| 致谢 | 第124-126页 |
| 作者简介 | 第126页 |
