| 中文摘要 | 第4-5页 |
| abstract | 第5-6页 |
| 第一章 绪论 | 第10-24页 |
| 1.1 生物必需基因研究现状 | 第10-14页 |
| 1.2 生物复制起始点研究现状 | 第14-21页 |
| 1.3 论文主要研究工作及内容安排 | 第21-24页 |
| 第二章 必需基因数据库DEG 10 的建立与升级 | 第24-37页 |
| 2.1 引言 | 第24-27页 |
| 2.2 数据库新特性 | 第27-35页 |
| 2.2.1 细菌基因组中的必需基因 | 第27-30页 |
| 2.2.2 必需非编码基因组元件 | 第30-31页 |
| 2.2.3 不同实验条件下的必需基因 | 第31-32页 |
| 2.2.4 古细菌基因组中的必需基因 | 第32页 |
| 2.2.5 真核生物基因组中的必需基因 | 第32-33页 |
| 2.2.6 定制的序列对比工具 | 第33-35页 |
| 2.3 本章小结 | 第35-37页 |
| 第三章 基于DEG 10 数据库的必需基因分析 | 第37-46页 |
| 3.1 引言 | 第37页 |
| 3.2 材料和方法 | 第37-39页 |
| 3.3 结果和讨论 | 第39-45页 |
| 3.3.1 必需基因比例与基因总数成反比 | 第39-40页 |
| 3.3.2 必需基因的GO富集分析 | 第40-45页 |
| 3.4 本章小结 | 第45-46页 |
| 第四章 细菌基因组中必需基因与非必需基因的保守性分析 | 第46-56页 |
| 4.1 引言 | 第46-47页 |
| 4.2 材料和方法 | 第47-49页 |
| 4.2.1 Ka/Ks值的计算 | 第47-49页 |
| 4.2.2 自举法检验 | 第49页 |
| 4.2.3 COG分析 | 第49页 |
| 4.3 结果和讨论 | 第49-55页 |
| 4.3.1 必需基因比非必需基因保守 | 第49-53页 |
| 4.3.2 基于COG的必需基因保守性分析 | 第53-55页 |
| 4.4 本章小结 | 第55-56页 |
| 第五章 复制起始点数据库DoriC及DeOri的建立 | 第56-68页 |
| 5.1 引言 | 第56-57页 |
| 5.2 DoriC数据库 | 第57-64页 |
| 5.2.1 DoriC数据库新特性 | 第57-60页 |
| 5.2.2 DoriC中细菌复制起始点 | 第60-61页 |
| 5.2.3 DoriC中古菌复制起始点 | 第61-64页 |
| 5.3 DeOri数据库 | 第64-66页 |
| 5.3.1 DeOri数据库特性 | 第64-65页 |
| 5.3.2 DeOri中真核生物复制起始点 | 第65-66页 |
| 5.4 本章小结 | 第66-68页 |
| 第六章 古菌复制起始点网上预测系统Ori-Finder 2 的建立 | 第68-78页 |
| 6.1 引言 | 第68-69页 |
| 6.2 材料和方法 | 第69-71页 |
| 6.3 网上服务的输入与输出 | 第71-74页 |
| 6.3.1 输入选项 | 第71-73页 |
| 6.3.2 输出选项 | 第73-74页 |
| 6.4 结果与讨论 | 第74-76页 |
| 6.5 本章小结 | 第76-78页 |
| 第七章 总结论 | 第78-80页 |
| 参考文献 | 第80-95页 |
| 发表论文和参加科研情况说明 | 第95-98页 |
| 附录 | 第98-100页 |
| 致谢 | 第100-101页 |
