| 中文摘要 | 第1-9页 |
| Abstract | 第9-11页 |
| 1 引言 | 第11-22页 |
| ·基因组DNA测序技术 | 第11-15页 |
| ·一代测序技术 | 第11-12页 |
| ·二代测序技术 | 第12-13页 |
| ·三代测序技术 | 第13-14页 |
| ·不同测序技术的差异 | 第14-15页 |
| ·基因组DNA测序序列的组装 | 第15-17页 |
| ·全基因组从头测序(de novo) | 第15-16页 |
| ·全基因组DNA序列的重测序(Re-sequencing) | 第16-17页 |
| ·基因组DNA测序技术在生物学研究上的应用 | 第17-19页 |
| ·群体基因组重测序 | 第17页 |
| ·基因组重测序与遗传图谱 | 第17-18页 |
| ·基因组重测序与功能基因的鉴定 | 第18页 |
| ·基因组重测序与疾病 | 第18-19页 |
| ·基因组DNA重测序技术在水稻生物学研究中的应用 | 第19-21页 |
| ·基因组重测序技术在水稻抗逆研究上的应用 | 第19-20页 |
| ·基因组重测序技术在水稻抗稻瘟病研究上的应用 | 第20-21页 |
| ·本文研究内容 | 第21-22页 |
| 2 材料与方法 | 第22-28页 |
| ·供试水稻品种材料 | 第22-23页 |
| ·试验方法 | 第23-28页 |
| ·供试品种对不同稻瘟病菌株侵染的感抗表现试验 | 第23页 |
| ·供试水稻品种基因组的重测序 | 第23-24页 |
| ·供试水稻品种基因组DNA序列的组装 | 第24页 |
| ·供试5个NILs基因组中SNPs的检测 | 第24-25页 |
| ·可信SNPs的挖掘 | 第25-26页 |
| ·SNPs检测结果的验证 | 第26-27页 |
| ·NILs基因组中潜在抗稻瘟基因的挖掘 | 第27-28页 |
| ·预测nSNPs对蛋白质结构与功能的影响 | 第28页 |
| 3 结果与分析 | 第28-59页 |
| ·CO39及其近等基因系对81278ZB15与GUY11的抗性分析 | 第28-30页 |
| ·CO39及其5个NILs基因组重测序序列的组装 | 第30-33页 |
| ·基因组重测序数据分析 | 第30页 |
| ·基因组重测序序列的组装分析 | 第30-33页 |
| ·供试5个NILs基因组的SNPs检测 | 第33-39页 |
| ·供试5个NILs基因组中SNPs的检测分析 | 第33-36页 |
| ·供试5个NILs基因组中的不同类型SNPs分析 | 第36-38页 |
| ·供试5个NILs基因组中的无义nSNPs分布分析 | 第38-39页 |
| ·供试5个NILs基因组中SNP检测结果的测序验证 | 第39-41页 |
| ·供试5个NILs基因组与其亲本CO39基因组的差异序列片段分析 | 第41-43页 |
| ·供试5个NILs品种中潜在抗稻瘟病基因的筛选 | 第43-49页 |
| ·供试5个NILs基因组中抗81278ZB15与抗GUY11基因的筛选 | 第49-50页 |
| ·潜在抗81278ZB15与抗GUY11基因上nSNP对基因功能影响的预测 | 第50-56页 |
| ·供试5个NILs基因组中已知抗稻瘟病基因的定位 | 第56-59页 |
| 4 讨论与分析 | 第59-63页 |
| ·水稻感病亲本C039及其5个抗病NILs的基因组重测序 | 第59-60页 |
| ·基于基因组重测序的水稻抗稻瘟病基因的挖掘 | 第60-62页 |
| ·抗稻瘟病菌不同生理小种基因的定位 | 第62-63页 |
| 5 展望 | 第63-64页 |
| 参考文献 | 第64-70页 |
| 补充表S1 | 第70-76页 |
| 附录一 | 第76-77页 |
| 致谢 | 第77页 |
