| 摘要 | 第1-16页 |
| Abstract | 第16-19页 |
| 第一章 绪论 | 第19-37页 |
| ·引言 | 第19-22页 |
| ·研究背景 | 第22-28页 |
| ·系统生物学 | 第22-25页 |
| ·蛋白质相互作用网络 | 第25-28页 |
| ·研究现状 | 第28-31页 |
| ·论文主要工作与创新 | 第31-34页 |
| ·论文结构 | 第34-37页 |
| 第二章 数据资源和一般分析方法 | 第37-51页 |
| ·常用的实验数据 | 第37-39页 |
| ·蛋白质相互作用数据集 | 第37-38页 |
| ·致命性蛋白质 | 第38页 |
| ·蛋白质复合物 | 第38-39页 |
| ·细胞周期、应激反应和 DNA 损伤数据 | 第39页 |
| ·蛋白质相互作用网络中蛋白质的分类与命名 | 第39-41页 |
| ·一般拓扑结构度量 | 第41-43页 |
| ·网络节点的平均度 | 第42页 |
| ·网络直径 | 第42页 |
| ·平均路径长度 | 第42页 |
| ·聚类系数 | 第42-43页 |
| ·节点的度分布 | 第43页 |
| ·中心性度量 | 第43-47页 |
| ·度中心性（DC） | 第43页 |
| ·介数中心性（BC） | 第43-44页 |
| ·接近度中心性（CC） | 第44页 |
| ·特征向量中心性（EC） | 第44页 |
| ·信息中心性（IC） | 第44-45页 |
| ·子图中心性（SC） | 第45页 |
| ·瓶颈中心性（BN） | 第45页 |
| ·EPC 中心性（EPC） | 第45-46页 |
| ·DMNC 中心性（DMNC） | 第46页 |
| ·LI 中心性（LI） | 第46-47页 |
| ·抗毁性（Damage）度量 | 第47页 |
| ·进化速率（Evolutionary Rate） | 第47页 |
| ·平均 Pearson 相关系数（AvgPCC） | 第47-48页 |
| ·秩和检验 | 第48-50页 |
| ·假设检验的等价性问题 | 第48-49页 |
| ·秩 | 第49页 |
| ·秩和 | 第49页 |
| ·秩和检验的具体步骤 | 第49-50页 |
| ·本章小结 | 第50-51页 |
| 第三章 hub 蛋白质的网络结构中心性与功能致命性分析 | 第51-79页 |
| ·引言 | 第51-53页 |
| ·hub 蛋白质阈值 k 的选取 | 第53页 |
| ·致命性 hub 蛋白质的拓扑结构属性与功能致命性分析 | 第53-62页 |
| ·无权蛋白质相互作用网络中致命性 hub 蛋白质的中心性度量 | 第53-56页 |
| ·加权蛋白质相互作用网络中致命性 hub 蛋白质的中心性度量 | 第56-61页 |
| ·致命性 hub 蛋白质的聚类系数与功能致命性分析 | 第61-62页 |
| ·致命性 hub 蛋白质的抗毁性与功能致命性分析 | 第62页 |
| ·false hub 蛋白质的结构功能特性分析 | 第62-69页 |
| ·false hub 蛋白质进化速率分析 | 第62-63页 |
| ·false hub 蛋白质与蛋白质复合物的关系 | 第63-65页 |
| ·false hub 蛋白质的 n-neighbor 指标分析 | 第65-67页 |
| ·false hub 蛋白质的 n-iep 指标分析 | 第67-68页 |
| ·false hub 蛋白质的 n-f 指标分析 | 第68-69页 |
| ·party hub 蛋白质与 date hub 蛋白质的致命性分析 | 第69-76页 |
| ·致命性蛋白质、party hub 蛋白质和 date hub 蛋白质的关系图 | 第69-70页 |
| ·E-party hub 蛋白质和 E-date hub 蛋白质的拓扑结构属性 | 第70-74页 |
| ·E-party hub 蛋白质和 E-date hub 蛋白质的生物属性 | 第74-76页 |
| ·本章小结 | 第76-79页 |
| 第四章 non-hub 蛋白质的网络结构中心性与功能致命性分析 | 第79-103页 |
| ·引言 | 第79-80页 |
| ·non-hub 蛋白质阈值 k 的选取 | 第80-81页 |
| ·致命性 non-hub 蛋白质结构功能特性分析 | 第81-85页 |
| ·致命性 non-hub 蛋白质与蛋白质复合物的关系及致命性分析 | 第81-83页 |
| ·致命性 non-hub 蛋白质的 n-neighbor 指标分析 | 第83-84页 |
| ·致命性 non-hub 蛋白质的 n-iep 指标分析 | 第84-85页 |
| ·致命性 non-hub 蛋白质的 n-f 指标分析 | 第85页 |
| ·致命性 non-hub 蛋白质的预测 | 第85-91页 |
| ·定义 ICFC | 第86页 |
| ·ICFC 与其他中心性度量的预测结果比较 | 第86-88页 |
| ·ICFC 与其他中心性度量的区别 | 第88-91页 |
| ·非致命性 non-hub 蛋白质的拓扑结构特性分析 | 第91-100页 |
| ·非致命性 non-hub 蛋白质的拓扑结构属性与致命性分析 | 第91-99页 |
| ·非致命性 non-hub 蛋白质的进化速率与致命性分析 | 第99-100页 |
| ·本章小结 | 第100-103页 |
| 第五章 hub 蛋白质与 non-hub 蛋白质的比较研究 | 第103-129页 |
| ·阈值 k 的选取 | 第103页 |
| ·致命性 hub 蛋白质与致命性 non-hub 蛋白质致命性的分析 | 第103-115页 |
| ·致命性 hub 蛋白质与致命性 non-hub 蛋白质的拓扑结构分析 | 第103-109页 |
| ·致命性 hub 蛋白质与致命性 non-hub 蛋白质的进化速率分析 | 第109-110页 |
| ·致命性 hub 蛋白质与致命性 non-hub 蛋白质的功能属性分析 | 第110-115页 |
| ·false hub 蛋白质与非致命性 non-hub 蛋白质的结构功能特性分析 | 第115-125页 |
| ·false hub 蛋白质与非致命性 non-hub 蛋白质的拓扑结构分析 | 第115-120页 |
| ·false hub 蛋白质与非致命性 non-hub 蛋白质的进化速率分析 | 第120-121页 |
| ·false hub 蛋白质与非致命性 non-hub 蛋白质的功能属性分析 | 第121-125页 |
| ·四类蛋白质的比较 | 第125-127页 |
| ·四类蛋白质在拓扑结构上的比较 | 第126页 |
| ·四类蛋白质在进化上的比较 | 第126-127页 |
| ·四类蛋白质在功能上的比较 | 第127页 |
| ·本章小结 | 第127-129页 |
| 第六章 结论与展望 | 第129-132页 |
| ·工作总结 | 第129-131页 |
| ·课题研究展望 | 第131-132页 |
| 致谢 | 第132-135页 |
| 参考文献 | 第135-149页 |
| 作者在学期间取得的学术成果 | 第149-151页 |
| 作者在学期间参与的科研项目 | 第151页 |
