| 摘要 | 第1-10页 |
| Abstract | 第10-15页 |
| 目录 | 第15-17页 |
| 第一章 背景知识 | 第17-28页 |
| ·分子动力学模拟 | 第17-19页 |
| ·基本原理 | 第17-18页 |
| ·周期性边界条件与最近镜像 | 第18-19页 |
| ·模拟基本步骤 | 第19页 |
| ·力场 | 第19-21页 |
| ·力场作用项及其一般式 | 第19-21页 |
| ·AMBER力场 | 第21页 |
| ·隐式溶剂模型 | 第21-23页 |
| ·Born与Onsager的溶液模型 | 第21-22页 |
| ·连续模型 | 第22-23页 |
| ·限制性静电势模型 | 第23-25页 |
| ·PPC拟合 | 第25-28页 |
| 第二章 静电极化使蛋白和水之间形成的氢键更稳定 | 第28-40页 |
| ·前言 | 第28-29页 |
| ·方法 | 第29-31页 |
| ·结果和讨论 | 第31-38页 |
| ·结论 | 第38-40页 |
| 第三章 蛋白NS4B在纯水和TFE与水的混合溶剂中的平衡和折叠模拟 | 第40-52页 |
| ·前言 | 第40-41页 |
| ·方法 | 第41-42页 |
| ·结果和讨论 | 第42-51页 |
| ·平衡模拟结果分析 | 第42-47页 |
| ·折叠模拟结果分析 | 第47-51页 |
| ·结论 | 第51-52页 |
| 第四章 总结与展望 | 第52-53页 |
| 附录 | 第53-54页 |
| 参考文献 | 第54-61页 |
| 致谢 | 第61页 |