| 摘要 | 第1-5页 |
| ABSTRACT | 第5-9页 |
| 引言 | 第9-11页 |
| 第一章 综述 | 第11-22页 |
| ·人与人体内的微生物 | 第11-12页 |
| ·基因组学和与比较基因组学数据分析 | 第12-15页 |
| ·序列比对 | 第12-13页 |
| ·系统发生树分析 | 第13-15页 |
| ·转录组和转录组数据分析 | 第15-22页 |
| ·基因芯片预处理技术 | 第16-18页 |
| ·MAS5 | 第17-18页 |
| ·RMA（Robust Multichip Average） | 第18页 |
| ·芯片间标化技术 | 第18-20页 |
| ·Quantile 标化 | 第18-19页 |
| ·Scale 标化 | 第19-20页 |
| ·差异表达基因检测 | 第20-21页 |
| ·转录组分析的功能注释 | 第21-22页 |
| 第二章 通过宿主的表达谱分析揭示寄生虫对宿主代谢途径的影响 | 第22-38页 |
| ·综述 | 第22页 |
| ·背景介绍 | 第22-26页 |
| ·顶复亚门动物（Apicomplexa）介绍 | 第23-25页 |
| ·宿主寄生相互作用 | 第25页 |
| ·代谢网络拓扑结构 | 第25页 |
| ·研究假设 | 第25-26页 |
| ·材料与方法 | 第26-28页 |
| ·代谢通路信息和表达谱数据 | 第26-27页 |
| ·差异表达基因（DEGs）的检测 | 第27页 |
| ·差异表达基因在代谢通路的富集分析 | 第27-28页 |
| ·在不同子通路中调控模式的定义 | 第28页 |
| ·通过对代谢通路的划分研究宿主所受影响 | 第28-35页 |
| ·对疟原虫感染的人体红细胞表达谱分析 | 第28-33页 |
| ·对微小隐孢子虫感染的宿主细胞分析 | 第33-35页 |
| ·讨论 | 第35-36页 |
| ·同源基因和非同源基因组成的子通路特性 | 第35-36页 |
| ·结论 | 第36-38页 |
| 第三章 益生菌有害因子数据库与有害因子分析 | 第38-56页 |
| ·背景 | 第38-39页 |
| ·材料与方法 | 第39-46页 |
| ·数据集合 | 第40-41页 |
| ·有害因子分类 | 第41页 |
| ·数据库结构 | 第41-42页 |
| ·有害因子危害性的判断 | 第42-43页 |
| ·查询方案设计 | 第43-46页 |
| ·数据库的构建 | 第46-49页 |
| ·对两类临床菌的有害性分析 | 第49-54页 |
| ·讨论 | 第54-56页 |
| 第四章 结论与展望 | 第56-58页 |
| ·本文研究结论 | 第56页 |
| ·课题研究展望 | 第56-58页 |
| 参考文献 | 第58-63页 |
| 附录 | 第63-70页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文目录 | 第70-71页 |
| 致谢 | 第71-73页 |