| 第一章 前言 | 第1-19页 |
| ·生物信息学概述 | 第10-11页 |
| ·蛋白质结构预测 | 第11-15页 |
| ·计算机模拟概述 | 第15-17页 |
| ·研究目的和论文内容 | 第17-19页 |
| 第二章 分子模拟的理论基础和计算方法 | 第19-42页 |
| ·同源模建 | 第19-20页 |
| ·分子力场 | 第20-25页 |
| ·Born-Oppenheimer 近似 | 第21-22页 |
| ·力场的组成和定义 | 第22页 |
| ·能量表示 | 第22-23页 |
| ·力场参数化 | 第23-25页 |
| ·分子力学 | 第25-29页 |
| ·优化的概念 | 第25-26页 |
| ·优化算法 | 第26-28页 |
| ·优化中要注意的几点问题 | 第28-29页 |
| ·分子动力学模拟 | 第29-37页 |
| ·积分算法 | 第30-32页 |
| ·微正则系综的分子动力学 | 第32-34页 |
| ·正则系综的分子动力学 | 第34-35页 |
| ·等温等压系综的分子动力学 | 第35-37页 |
| ·分子对接 | 第37-42页 |
| ·分子对接的基本原理 | 第38-39页 |
| ·分子对接方法的分类 | 第39-42页 |
| 第三章 牛源苯酚磺酸转移酶的三维模建及其与配体、抑制剂的对接研究 | 第42-63页 |
| ·引言 | 第42-44页 |
| ·理论方法 | 第44-47页 |
| ·bSULT1A1 的氨基酸序列 | 第44页 |
| ·bSULT1A1 三维结构的同源模建 | 第44-45页 |
| ·bSULT1A1 三维结构的优化和评估 | 第45页 |
| ·活性位点的预测 | 第45-46页 |
| ·与配体和抑制剂的对接研究 | 第46-47页 |
| ·结果与讨论 | 第47-62页 |
| ·bSULT1A1 的三维结构 | 第47-52页 |
| ·bSULT1A1 活性位点的确定 | 第52-53页 |
| ·bSULT1A1 与配体PAPS 的对接研究 | 第53-58页 |
| ·bSULT1A1 与抑制剂辅酶CoA 的对接研究 | 第58-62页 |
| ·本章小结 | 第62-63页 |
| 第四章 3-羟基犬尿酸转氨酶的理论研究 | 第63-78页 |
| ·引言 | 第63页 |
| ·理论方法 | 第63-66页 |
| ·3-HKT 的氨基酸序列 | 第64页 |
| ·3-HKT 三维结构的同源模建 | 第64页 |
| ·3-HKT 三维结构的优化和评估 | 第64-65页 |
| ·活性位点的预测 | 第65页 |
| ·3-HKT 和3-HK 的分子对接研究 | 第65-66页 |
| ·结果与讨论 | 第66-77页 |
| ·3-HKT 的三维结构 | 第66-69页 |
| ·3-HKT 活性部位的确定 | 第69-72页 |
| ·3-HKT 与3-HK 的分子对接 | 第72-77页 |
| ·本章小结 | 第77-78页 |
| 第五章 嗜热HB8 Nudix 水解酶Ndx1(Nudix hydrolase Ndx1 from Thermos thermophilus HB8)的同源模建及其分子对接的研究 | 第78-96页 |
| ·引言 | 第78-79页 |
| ·理论方法 | 第79-81页 |
| ·Ndx1 的氨基酸序列 | 第79页 |
| ·Ndx1 三维结构的同源模建 | 第79-80页 |
| ·Ndx1 三维结构的优化和评估 | 第80页 |
| ·活性位点的预测 | 第80页 |
| ·Ndx1 和Ap6A 的分子对接研究 | 第80-81页 |
| ·结果与讨论 | 第81-95页 |
| ·Ndx1 的三维结构 | 第81-86页 |
| ·Ndx1 活性部位的确定 | 第86页 |
| ·Ndx1 与Ap6A 的分子对接 | 第86-95页 |
| ·本章小结 | 第95-96页 |
| 第六章 次黄苷三磷酸焦磷酸酯酶的分子动力学模拟研究 | 第96-119页 |
| ·引言 | 第96-97页 |
| ·理论方法 | 第97-99页 |
| ·ITPase 的氨基酸序列 | 第97页 |
| ·ITPase 三维结构的同源模建 | 第97-98页 |
| ·ITPase 三维结构的优化和评估 | 第98页 |
| ·P32T 突变模型的构建 | 第98页 |
| ·活性位点的预测 | 第98-99页 |
| ·ITPase 突变前后的结构的分子对接研究 | 第99页 |
| ·结果与讨论 | 第99-118页 |
| ·ITPase 的三维结构 | 第99-105页 |
| ·P32T 突变模型的构建 | 第105-106页 |
| ·ITPase 活性部位的确定 | 第106-108页 |
| ·ITP 与ITPase 分子对接研究 | 第108-112页 |
| ·ITP 与ITPase 突变体的分子对接研究 | 第112-118页 |
| ·本章小结 | 第118-119页 |
| 参考文献 | 第119-149页 |
| 第一章 参考文献 | 第119-128页 |
| 第二章 参考文献 | 第128-135页 |
| 第三章 参考文献 | 第135-138页 |
| 第四章 参考文献 | 第138-141页 |
| 第五章 参考文献 | 第141-146页 |
| 第六章 参考文献 | 第146-149页 |
| 攻读博士学位期间发表的论文 | 第149-151页 |
| 论文摘要 | 第151-158页 |
| 致谢 | 第158页 |
