高原山鹑、藏雪鸡和藏马鸡全线粒体基因组序列的测定和系统发生分析
| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-11页 |
| 第一部分 前言 | 第11-17页 |
| 1 线粒体及其基因组 | 第11-14页 |
| ·结构 | 第11-12页 |
| ·mtDNA特点 | 第12-13页 |
| ·线粒体DNA标记的研究方法 | 第13页 |
| ·线粒体DNA研究现状 | 第13-14页 |
| 2 鸟类线粒体基因组 | 第14页 |
| 3 长PCR技术 | 第14-15页 |
| 4 高原山鹑、藏雪鸡和藏马鸡简介 | 第15页 |
| 5 研究目的和意义 | 第15-17页 |
| 第二部分 材料、方法 | 第17-28页 |
| 1 实验材料 | 第17-18页 |
| ·实验所用标本情况 | 第17页 |
| ·主要仪器 | 第17-18页 |
| ·主要实验试剂 | 第18页 |
| 2 方法 | 第18-23页 |
| ·总DNA提取 | 第18-19页 |
| ·总DNA的检测 | 第19页 |
| ·引物设计 | 第19-23页 |
| ·PCR扩增及测序 | 第23页 |
| 3 数据处理以及分析 | 第23-24页 |
| ·拼接测序结果 | 第23页 |
| ·线粒体全基因组注释 | 第23-24页 |
| ·线粒体全基因组分析 | 第24页 |
| 4 雉科鸟类的系统发生分析 | 第24-28页 |
| ·数据来源 | 第24页 |
| ·序列处理及分析 | 第24-25页 |
| ·基因系统发生性能和功效评价 | 第25-27页 |
| ·dN/dS及PBS分析 | 第27页 |
| ·分子钟标定 | 第27-28页 |
| 第三部分 实验结果 | 第28-30页 |
| 1 总DNA提取 | 第28页 |
| 2 L-PCR结果 | 第28-29页 |
| 3 序列拼接结果 | 第29-30页 |
| 第四部分 高原山鹑、藏雪鸡和藏马鸡线粒体基因组 | 第30-55页 |
| 1 高原山鹑线粒体基因组 | 第30-38页 |
| ·特征 | 第30-32页 |
| ·蛋白质的编码基因 | 第32-33页 |
| ·rRNA基因 | 第33-36页 |
| ·tRNA基因 | 第36-38页 |
| ·控制区(D-loop) | 第38页 |
| 2 藏雪鸡线粒体基因组 | 第38-46页 |
| ·特征 | 第38-40页 |
| ·蛋白质编码基因 | 第40-41页 |
| ·rRNA基因 | 第41-44页 |
| ·tRNA基因 | 第44-46页 |
| ·控制区(D-loop) | 第46页 |
| 3 藏马鸡线粒体基因组 | 第46-55页 |
| ·特征 | 第46-48页 |
| ·蛋白质编码基因 | 第48-49页 |
| ·rRNA基因 | 第49-52页 |
| ·tRNA基因 | 第52-54页 |
| ·控制区(D-loop) | 第54-55页 |
| 第五部分 雉科鸟类线粒体的全基因组比较分析 | 第55-66页 |
| 1 基因排列顺序比较 | 第55页 |
| 2 氨基酸组成比较 | 第55页 |
| 3 碱基组成的偏向性比较 | 第55-57页 |
| 4 密码子的使用情况比较 | 第57-60页 |
| 5 tRNA二级结构的比较 | 第60-61页 |
| 6 控制区比较 | 第61-62页 |
| 7 ND3胞嘧啶插入比较 | 第62-63页 |
| 8 超级保守序列比较 | 第63-64页 |
| 9 基因长度比较 | 第64-66页 |
| 第六部分 雉科鸟类系统发生关系 | 第66-82页 |
| 1 不同数据集信息统计 | 第66-67页 |
| 2 gl以及PTP检验 | 第67-69页 |
| 3 碱基替换的饱和性分析 | 第69-70页 |
| 4 不同方法构建雉科鸟类系统发生树及讨论 | 第70-79页 |
| ·极似然法 | 第70-73页 |
| ·简约法 | 第73-76页 |
| ·贝叶斯推论法 | 第76-79页 |
| 5 系统发生关系讨论 | 第79-82页 |
| ·传统分类 | 第79页 |
| ·雉类和鹑类的多源性 | 第79-80页 |
| ·系统发生关系 | 第80-82页 |
| 第七部分 线粒体基因的系统发生性能和功效分析 | 第82-104页 |
| 1 系统发生信号评估 | 第82-83页 |
| 2 对不同等级的分类阶元的分辨力 | 第83-91页 |
| 3 分子进化速率恒定性检验 | 第91-93页 |
| 4 替换型式和碱基组成变异 | 第93页 |
| 5 对不同构建系统树方法的敏感性 | 第93-95页 |
| 6 非同义替换和同义替换 | 第95页 |
| 7 PBS分析 | 第95-96页 |
| 8 分子钟标定 | 第96-104页 |
| 结论 | 第104-106页 |
| 参考文献 | 第106-114页 |
| 致谢 | 第114-115页 |
| 攻读学位期间的研究成果 | 第115页 |
