| 摘要 | 第1-6页 |
| ABSTRACT | 第6-12页 |
| 第一部分 文献综述 | 第12-47页 |
| 1. 稻属概况 | 第12-22页 |
| ·稻属分类研究进展 | 第13-16页 |
| ·稻属染色体组型的确定 | 第16页 |
| ·稻属不同染色体组型间的亲缘关系 | 第16-18页 |
| ·栽培稻起源 | 第18-19页 |
| ·野生稻中的优异基因与利用 | 第19-22页 |
| ·野生稻中的优异基因 | 第19页 |
| ·野生稻中优异基因的利用 | 第19-22页 |
| 2. 比较基因组学研究进展 | 第22-32页 |
| ·禾本科植物比较基因组学研究进展 | 第23-30页 |
| ·十字花科植物比较基因组学研究进展 | 第30-32页 |
| 3. 生物信息学软件基因组测序和注释中的应用 | 第32-37页 |
| ·生物信息学定义 | 第32-33页 |
| ·常用生物信息学软件 | 第33-37页 |
| ·序列组装与质量检测 | 第33-34页 |
| ·序列注释 | 第34-37页 |
| 4. 基因组计划与植物分子育种 | 第37-40页 |
| ·基因组定义 | 第37-38页 |
| ·基因组测序方法 | 第38-39页 |
| ·BAC by BAC 法 | 第38页 |
| ·全基因组鸟枪法 | 第38页 |
| ·基因组DNA 测序新方法 | 第38-39页 |
| ·基因组测序完成图标准 | 第39页 |
| ·基因组序列注释 | 第39页 |
| ·基因组信息在分子育种中的应用 | 第39-40页 |
| 5. 生物倍性进化与新基因形成 | 第40-45页 |
| ·生物体多倍体化与重新二倍体化 | 第40-41页 |
| ·新基因形成 | 第41-45页 |
| ·外显子重排介导的新基因形成 | 第42页 |
| ·基因复制介导的新基因形成 | 第42页 |
| ·逆转座介导的新基因形成 | 第42页 |
| ·可移动元件介导的新基因形成 | 第42-43页 |
| ·横向基因转移介导的新基因形成 | 第43页 |
| ·基因断裂/融合介导的新基因形成 | 第43-44页 |
| ·从头形成 | 第44-45页 |
| 6. 本研究立题依据及意义 | 第45-47页 |
| 第二部分 试验研究 | 第47-109页 |
| 第一章 材料与方法 | 第47-58页 |
| 1 材料 | 第47-48页 |
| ·植物材料 | 第47-48页 |
| ·栽培稻 | 第47页 |
| ·野生稻 | 第47-48页 |
| ·载体及菌株 | 第48页 |
| ·常用的分子生物学试剂 | 第48页 |
| ·仪器设备 | 第48页 |
| 2 方法 | 第48-58页 |
| ·植物材料的培养 | 第48页 |
| ·基因组DNA 的提取 | 第48-50页 |
| ·SDS 法 | 第48-49页 |
| ·CTAB 法 | 第49-50页 |
| ·质粒DNA 的提取 | 第50-51页 |
| ·试剂 | 第50页 |
| ·试验步骤 | 第50-51页 |
| ·BAC DNA 的提取 | 第51页 |
| ·Southern 探针的制备 | 第51-52页 |
| ·探针类型 | 第51页 |
| ·探针PCR 扩增 | 第51-52页 |
| ·PCR 扩增产物回收 | 第52页 |
| ·载体连接与转化、克隆 | 第52页 |
| ·BAC 文库Southern 杂交 | 第52-53页 |
| ·试剂 | 第52页 |
| ·操作步骤 | 第52-53页 |
| ·BAC 文库阳性克隆鉴定 | 第53页 |
| ·BAC DNA 酶切与转膜 | 第53-54页 |
| ·BAC DNA 酶切及电泳 | 第53页 |
| ·转膜 | 第53-54页 |
| ·BAC 克隆Southern 杂交复选 | 第54页 |
| ·BAC 测序 | 第54页 |
| ·BAC 序列组装与质量检测 | 第54页 |
| ·BAC 序列注释 | 第54页 |
| ·植物总RNA 的提取与纯化 | 第54-55页 |
| ·植物总RNA 提取 | 第54-55页 |
| ·植物总RNA 纯化 | 第55页 |
| ·RT-PCR | 第55-56页 |
| ·逆转录反应 | 第55-56页 |
| ·PCR 反应 | 第56页 |
| ·籼稻93-11 的MOC1 同源区序列“缺口”填补 | 第56-57页 |
| ·技术路线 | 第56页 |
| ·试验方法 | 第56-57页 |
| ·引物合成与序列测定 | 第57页 |
| ·公共数据来源 | 第57页 |
| ·计算环境 | 第57页 |
| ·序列分析用到的生物信息学软件 | 第57-58页 |
| 第二章 结果与分析 | 第58-96页 |
| 1 籼稻93-11 的MOC1 同源区序列“缺口”填补 | 第58-64页 |
| ·“缺口”的大小、数目及补“缺口”扩增结果 | 第58页 |
| ·“缺口”估计错误的发现 | 第58-60页 |
| ·拼接错误的发现 | 第60-61页 |
| ·基因组中的难测区段 | 第61-63页 |
| ·注释分析 | 第63-64页 |
| 2 Fgenesh 对水稻基因的预测 | 第64-68页 |
| ·预测结果 | 第64-65页 |
| ·预测准确性评价 | 第65-66页 |
| ·高支持度外显子和基因的长度统计 | 第66-68页 |
| 3 野生稻中MOC1 同源BAC 的筛选与鉴定 | 第68-74页 |
| ·野生稻基因组BAC 文库的初选 | 第68-70页 |
| ·关于“锚定探针” | 第68页 |
| ·野生稻基因组BAC 文库初选结果 | 第68-70页 |
| ·对初选出的阳性BAC 的复选 | 第70-74页 |
| 4 野生稻中MOC1 同源BAC 的序列测定 | 第74页 |
| 5 野生稻中MOC1 同源BAC 的序列注释 | 第74-76页 |
| ·基因注释 | 第74-76页 |
| ·重复序列注释 | 第76页 |
| 6 稻属植物基因保守性与重排 | 第76-79页 |
| ·基因结构保守性 | 第76-77页 |
| ·基因排列顺序保守性与微重排 | 第77-78页 |
| ·易位-倒位引起的多基因重排 | 第78-79页 |
| 7 基因结构验证 | 第79-84页 |
| ·验证目标基因的确定 | 第79页 |
| ·验证结果 | 第79-84页 |
| 8 稻属植物中新基因的形成 | 第84-85页 |
| 9 稻属植物中的重复序列 | 第85-89页 |
| ·重复序列注释 | 第85页 |
| ·重复序列的类型及其对基因组结构的影响 | 第85-89页 |
| 10 稻属植物不同基因组MOC1 同源区间的比较研究 | 第89-94页 |
| ·二倍体基因组间比较 | 第89-92页 |
| ·二倍体AA 基因组间比较与亚洲栽培稻起源 | 第89-90页 |
| ·二倍体AA 基因组与非AA 间比较 | 第90-92页 |
| ·二倍体基因组与四倍体基因组间的比较 | 第92-93页 |
| ·四倍体基因组间的比较 | 第93-94页 |
| 11 稻属各基因组类型系统发育关系 | 第94-96页 |
| 第三章 讨论 | 第96-106页 |
| 1 关于基因组测序方法及其完成标准 | 第96-97页 |
| 2 关于序列注释 | 第97-99页 |
| ·基因注释 | 第97-98页 |
| ·基因预测软件的评价 | 第98-99页 |
| 3 重复序列及其对基因组结构的影响 | 第99-102页 |
| ·重复序列注释 | 第100页 |
| ·重复序列对基因组结构的影响 | 第100-102页 |
| 4 基因组共线性和微重排 | 第102-103页 |
| 5 异源多倍体中同源基因对的表达变化 | 第103-104页 |
| 6 新基因形成和复制基因新功能产生的可能模式 | 第104页 |
| 7 关于植物系统发育问题 | 第104-106页 |
| 第四章 结论 | 第106-109页 |
| 参考文献 | 第109-119页 |
| 缩略词 | 第119-121页 |
| 致谢 | 第121-122页 |
| 作者简介 | 第122页 |
