| 中文摘要 | 第1-11页 |
| ABSTRACT | 第11-14页 |
| 缩略词表 | 第14-15页 |
| 1.文献综述 | 第15-30页 |
| ·猪骨骼肌转录谱研究的现有基础 | 第15-18页 |
| ·猪基因组测序为猪骨骼肌转录组研究打下基础 | 第15-16页 |
| ·猪大量EST测序为猪骨骼肌转录组研究积累了丰富的信息 | 第16-17页 |
| ·生物信息学为研究猪骨骼肌转录组提供了新的手段 | 第17-18页 |
| ·猪骨骼肌生长发育分子基础研究现状及转录组研究必要性 | 第18-20页 |
| ·猪不同胚龄骨骼肌发育的分子基础 | 第18-20页 |
| ·猪不同胚龄骨骼肌全基因组转录谱研究的必要性 | 第20页 |
| ·中外猪种骨骼肌转录谱比较研究的现状与意义 | 第20-21页 |
| ·转录组研究的基因差异表达分析方法研究进展 | 第21-25页 |
| ·选择性基因差异表达分析方法 | 第21-23页 |
| ·差异显示技术(Differential display,DD) | 第21-22页 |
| ·代表性差异分析(Representational difference analysis,RDA) | 第22页 |
| ·抑制消减杂交(Suppression Subtractive Hybridization,SSH) | 第22-23页 |
| ·全基因组转录谱分析技术 | 第23-25页 |
| ·EST测序(EST sequencing) | 第23-24页 |
| ·阵列技术(Array technology)或DNA芯片(DNA chip) | 第24页 |
| ·大规模平行信号测序(Massively parallel signature sequencing,MPSS) | 第24-25页 |
| ·LongSAGE技术是研究转录组与发现新基因的有力手段 | 第25-30页 |
| ·长标签基因表达系列分析的原理 | 第25-27页 |
| ·SAGE技术的基本原理 | 第25页 |
| ·SAGE技术的实验流程 | 第25-27页 |
| ·SAGE数据库的分析 | 第27页 |
| ·SAGE技术发展与LongSAGE技术的提出 | 第27-29页 |
| ·SAGE技术在猪转录组研究中的应用 | 第29-30页 |
| 2 目的和意义 | 第30-31页 |
| 3 材料与方法 | 第31-47页 |
| ·材料 | 第31-34页 |
| ·样品收集与处理 | 第31-32页 |
| ·分子生物学实验分析组织样 | 第31页 |
| ·细胞超微结构观察用骨骼肌 | 第31页 |
| ·用于新基因分离的DNA样品 | 第31页 |
| ·用于基因染色体定位的DNA样品 | 第31-32页 |
| ·主要试剂来源与配制 | 第32-34页 |
| ·主要试剂 | 第32-33页 |
| ·主要试剂的配制 | 第33-34页 |
| ·菌株 | 第34页 |
| ·主要仪器设备 | 第34页 |
| ·主要分子生物学数据库及生物学软件 | 第34页 |
| ·方法 | 第34-47页 |
| ·总RNA的提取、DNase-Ⅰ处理和检测 | 第34-35页 |
| ·LongSAGE文库构建 | 第35-36页 |
| ·LongSAGE文库数据分析 | 第36-38页 |
| ·标签差异表达分析与作图 | 第36-37页 |
| ·聚类分析 | 第37页 |
| ·基因功能诠释和通路分析 | 第37-38页 |
| ·qPCR验证 | 第38-39页 |
| ·结合标签的基因序列延伸(GLGI) | 第39-40页 |
| ·GLGI用3’cDNA模板扩增 | 第39页 |
| ·用GIGI将LongSAGE标签转换成3’cENA | 第39页 |
| ·GLGI产物克隆和阳性克隆鉴定 | 第39-40页 |
| ·序列分析 | 第40页 |
| ·四个猪新基因的分离、定位与组织表达谱分析 | 第40-46页 |
| ·引物设计 | 第40-42页 |
| ·PCR扩增 | 第42页 |
| ·PCR产物的纯化、克隆和测序 | 第42-43页 |
| ·DNA序列同源性检索与基因鉴定 | 第43页 |
| ·四个基因物理定位的SCHP和RH法 | 第43-45页 |
| ·新分离基因的时空表达分析 | 第45-46页 |
| ·猪胚胎骨骼肌细胞超微结构 | 第46-47页 |
| ·透射电镜观察用超薄切片标本制备 | 第46页 |
| ·超微结构观察 | 第46-47页 |
| 4 结果 | 第47-102页 |
| ·总RNA质量 | 第47页 |
| ·LongSAGE文库构建的相关结果 | 第47-49页 |
| ·双标签扩增模板最佳稀释倍数和双标签体的质量鉴定 | 第47页 |
| ·双标签连接产生串联体 | 第47页 |
| ·串联体的克隆和测序 | 第47-49页 |
| ·标签提取与文库产生 | 第49页 |
| ·文库概述 | 第49-50页 |
| ·不同表达丰度单标签的分布 | 第50-51页 |
| ·骨骼肌发育过程中基因表达变化趋势 | 第51-52页 |
| ·标签序列鉴定 | 第52-53页 |
| ·LongSAGE文库的QPCR验证 | 第53-54页 |
| ·转录谱聚类结果 | 第54-57页 |
| ·文库两两比较基因差异表达分析结果 | 第57-59页 |
| ·差异表达标签数目 | 第57页 |
| ·差异表达基因的GO(Gene Ontology)分析结果 | 第57-59页 |
| ·品种内不同发育时期基因表达分析 | 第59-74页 |
| ·不同发育时期骨骼肌中共表达或特异表达标签分布 | 第59-60页 |
| ·差异表达标签分析 | 第60页 |
| ·胚胎骨骼肌发育过程中差异表达基因所涉及的生物学过程和信号通路 | 第60-62页 |
| ·生物学过程分析 | 第60-61页 |
| ·信号通路分析 | 第61-62页 |
| ·胚胎骨骼肌发育过程中品种内基因表达模式 | 第62-70页 |
| ·通城猪中差异表达基因的表达模式分析 | 第63页 |
| ·长白猪中差异表达标签的表达模式分析 | 第63-65页 |
| ·两品种间差异表达标签的表达模式比较分析 | 第65-70页 |
| ·胚胎骨骼肌发育过程中差异表达基因的品种间比较分析 | 第70-73页 |
| ·某一文库中特异表达的标签 | 第73页 |
| ·在通城猪或长白猪中特异地差异表达的标签 | 第73-74页 |
| ·通城猪中特异地差异表达的标签 | 第73-74页 |
| ·长白猪中特异地差异表达的标签 | 第74页 |
| ·品种间相同发育时期差异表达标签分析 | 第74-77页 |
| ·妊娠33天时品种间的基因差异表达 | 第74-76页 |
| ·妊娠65天时品种间的基因差异表达 | 第76-77页 |
| ·妊娠90天时品种间的基因差异表达 | 第77页 |
| ·胚胎时期骨骼肌中高表达基因的差异表达规律 | 第77-79页 |
| ·妊娠33天时品种间的差异表达规律 | 第78页 |
| ·妊娠65天时品种间的差异表达规律 | 第78-79页 |
| ·妊娠90天时品种间的差异表达规律 | 第79页 |
| ·通过GLGI方法分离新的EST | 第79-82页 |
| ·四个猪新基因的克隆、序列分析与鉴定结果 | 第82-88页 |
| ·TOB1基因片段分离、鉴定结果与序列分析 | 第82-83页 |
| ·FSCN1基因片段分离、鉴定结果与序列分析 | 第83-85页 |
| ·FSCN1基因片段PCR扩增 | 第83-84页 |
| ·FSCN1基因序列分析 | 第84-85页 |
| ·OLFML3基因片段分离、鉴定结果与序列分析 | 第85-87页 |
| ·OLFML3基因片段PCR扩增 | 第85-86页 |
| ·OLFML3基因部分序列分析 | 第86-87页 |
| ·NPM基因片段分离、鉴定结果与序列分析 | 第87-88页 |
| ·NPM基因片段PCR扩增 | 第87页 |
| ·NPM基因序列分析 | 第87页 |
| ·物种间序列相似性与系统发生树分析 | 第87-88页 |
| ·蛋白质保守功能域预测 | 第88页 |
| ·四个基因的物理定位结果 | 第88-93页 |
| ·利用IMpRH的染色体精细定位结果 | 第88-92页 |
| ·利用SCHP对NPM基因进行染色体区域定位结果 | 第92-93页 |
| ·四个新分离基因的时空表达分析 | 第93-99页 |
| ·TOB1基因的时空表达 | 第93-94页 |
| ·在通城猪和长白猪的不同发育时期骨骼肌中的表达 | 第93-94页 |
| ·在不同组织的表达分布 | 第94页 |
| ·FSCN1基因的时空表达 | 第94-96页 |
| ·在通城猪和长白猪的不同发育时期骨骼肌中的表达 | 第94-96页 |
| ·在不同组织的表达分布 | 第96页 |
| ·OLFML3基因的时空表达 | 第96-98页 |
| ·在通城猪和长白猪的不同发育时期骨骼肌中的表达 | 第96-97页 |
| ·在不同组织的表达分布 | 第97-98页 |
| ·NPM基因的时空表达 | 第98-99页 |
| ·通城猪和长白猪胚胎骨骼肌细胞的超微结构 | 第99-102页 |
| ·妊娠33天胚胎骨骼肌细胞超微结构 | 第99页 |
| ·妊娠65天胚胎骨骼肌细胞超微结构 | 第99-100页 |
| ·妊娠90天胚胎骨骼肌细胞超微结构 | 第100-102页 |
| 5 讨论 | 第102-115页 |
| ·胚胎骨骼肌发育期不同时间点的选择 | 第102页 |
| ·应用LongSAGE技术进行猪骨骼肌不同发育时期转录谱分析的可行性 | 第102-103页 |
| ·关于对不确定标签序列进行分析的策略 | 第103页 |
| ·关于RNA的质量控制 | 第103页 |
| ·关于实验数据的可靠性验证 | 第103-105页 |
| ·验证策略的选择 | 第103-104页 |
| ·内参基因的选择 | 第104页 |
| ·定量PCR方法应用过程中应注意的事项 | 第104-105页 |
| ·关于LongSAGE文库 | 第105-106页 |
| ·关于LongSAGE标签鉴定基因的特异性 | 第106页 |
| ·关于对GLGI技术的改进与未知标签序列的鉴定 | 第106-107页 |
| ·关于不同发育时期骨骼肌全基因组转录谱聚类结果 | 第107-108页 |
| ·关于胚胎骨骼肌发育中差异表达基因的表达模式 | 第108页 |
| ·关于通城猪和长白猪胚胎骨骼肌发育中分子事件改变的比较 | 第108-109页 |
| ·品种间相同发育时期骨骼肌基因表达差异 | 第109-110页 |
| ·关于TOB1基因 | 第110-111页 |
| ·关于FSCN1基因 | 第111页 |
| ·关于OLFML3基因 | 第111-112页 |
| ·关于NPM基因 | 第112-113页 |
| ·关于通城猪和长白猪胚胎时期骨骼肌细胞的超微结构比较 | 第113-115页 |
| 6 小结 | 第115-120页 |
| ·已经获得的结果 | 第115-117页 |
| ·本研究的创新点与特色 | 第117-118页 |
| ·值得进一步研究的几个相关问题 | 第118页 |
| ·本研究的不足之处 | 第118-120页 |
| 参考文献 | 第120-135页 |
| 附录 | 第135-138页 |
| 在读期间发表论文题录 | 第138-140页 |
| 致谢 | 第140-141页 |
