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植物抗大丽轮枝菌受体类蛋白基因及甘露糖结合型凝集素基因的克隆与表达

中文摘要第1-20页
英文摘要第20-31页
主要缩略词第31-34页
第一章 文献综述第34-74页
 1.1 黄萎病是一类严重威胁许多农作物生长的世界性病害第34页
 1.2 植物黄萎病的病原和病理第34-39页
  1.2.1 大丽轮枝菌和黑白轮枝菌是植物黄萎病的主要病原菌第34-35页
  1.2.2 黄萎病菌的分化第35-36页
  1.2.3 黄萎病菌的寄主范围广泛第36页
  1.2.4 黄萎病的传播方式以土传为主第36页
  1.2.5 黄萎病菌的侵染途径以维管束为主第36页
  1.2.6 萎蔫和生长抑制是黄萎病的主要症状第36-37页
  1.2.7 植物黄萎病的致病机理第37-38页
   1.2.7.1 对寄主结构的破坏第37页
   1.2.7.2 毒素的作用第37-38页
   1.2.7.3 导管堵塞第38页
   1.2.7.4 养份消耗及光合作用受抑制第38页
  1.2.8 植物黄萎病的流行特点第38-39页
 1.3 黄萎病的防治策略及进展第39-42页
  1.3.1 黄萎病的综合防治强调以抗病品种的选育为主第39页
  1.3.2 作物抗黄萎病育种的成就第39-40页
  1.3.3 传统抗黄萎病育种面临的问题第40-41页
   1.3.3.1 抗病品种的抗性强度不够第40页
   1.3.3.2 受到落叶型等强毒力黄萎病菌的严重挑战第40页
   1.3.3.3 育种周期长,育种进度难以满足生产要求第40页
   1.3.3.4 陆地棉等作物的抗黄萎病育种严重受抗源匮乏的制约第40-41页
  1.3.4 野生种、近缘物种和远缘物种中存在大量的抗黄萎病基因型第41-42页
  1.3.5 远缘杂交的局限性第42页
  1.3.6 利用基因工程克隆其它物种的抗黄萎病基因型并转化栽培种是创造抗黄萎病新种质材料的重要方向第42页
 1.4 植物抗黄萎病性的遗传特点第42-44页
  1.4.1 陆地棉抗黄萎病性的遗传第42页
  1.4.2 海岛棉抗黄萎病性的遗传第42-43页
  1.4.3 茄子、苜蓿抗黄萎病的遗传第43页
  1.4.4 关于水平抗性和垂直抗性第43-44页
 1.5 植物抗病性的分子基础第44-61页
  1.5.1 植物与病原菌亲和性层次的诱导抗病性——基因上的抗性类型第44-50页
   1.5.1.1 非寄主抗性第44-45页
   1.5.1.2 预存防卫系统介导的寄主抗性第45-46页
   1.5.1.3 抗病基因介导的诱导抗病性——基因对基因学说第46-47页
   1.5.1.4 寡糖素介导的诱导抗病性——PG-PGIP模型第47-48页
   1.5.1.5 解毒模型介导的抗病性第48-50页
  1.5.2 植物抗病性的分子识别第50-55页
   1.5.2.1 病原菌的无毒基因第50-52页
   1.5.2.2 植物抗病性R基因的结构、功能和可能的识别机制第52-54页
   1.5.2.3 寡糖素的分子识别第54-55页
  1.5.3 植物与病原菌R/Avr识别后的信号传导第55-56页
  1.5.4 寡糖素介导的抗病性的信号传导第56-57页
  1.5.5 R/Avr识别介导的防卫相关基因表达第57-58页
  1.5.6 寡糖素诱导的防卫反应和抗病相关基因表达第58-59页
  1.5.7 植物抗病性的表现形式第59-61页
   1.5.7.1 局部抗性——超敏反应第59-60页
   1.5.7.2 系统获得性抗性第60-61页
   1.5.7.3 诱导系统性抗性第61页
 1.6 植物抗黄萎病的机理第61-69页
  1.6.1 固有的组织结构抗病性第62页
  1.6.2 诱发的组织结构抗病性第62-63页
  1.6.3 次生物质介导的抗黄萎病性第63-66页
   1.6.3.1 植保素第63-66页
   1.6.3.2 高含单宁第66页
   1.6.3.3 苯酚及类似物第66页
   1.6.3.4 黄酮类物质第66页
  1.6.4 蛋白水平介导的抗黄萎病性第66-68页
   1.6.4.1 几丁质酶和葡聚糖酶第66-67页
   1.6.4.2 多聚半乳糖醛酸酶抑制蛋白第67页
   1.6.4.3 苯丙氨酸解氨酶第67-68页
   1.6.4.4 过氧化物酶第68页
   1.6.4.5 超氧化物歧化酶第68页
   1.6.4.6 凝集素第68页
   1.6.4.7 酯酶第68页
  1.6.5 其它抗黄萎病相关因子第68-69页
   1.6.5.1 丙氨酸等氨基酸第68-69页
   1.6.5.2 可溶糖第69页
 1.7 植物抗黄萎病的分子生物学和基因工程进展第69-74页
  1.7.1 能引发植物抗黄萎病的激发子第69页
  1.7.2 植物抗黄萎病R基因研究进展第69-70页
  1.7.3 超敏反应第70-71页
  1.7.4 系统获得性抗性第71页
  1.7.5 诱导系统性抗性第71页
  1.7.6 防卫相关基因介导的植物抗黄萎病性研究第71-74页
   1.7.6.1 几丁质酶和β-1,3-葡聚糖酶基因第72页
   1.7.6.2 植保素合成有关的基因第72页
   1.7.6.3 PR-10蛋白第72页
   1.7.6.4 活性氧(AOS)相关基因第72页
   1.7.6.5 防卫素第72-74页
第二章 海岛棉多聚半乳糖醛酸酶抑制蛋白基因Gbpgip的克隆第74-127页
 2.1 引言第74-76页
  2.1.1 植物PGIP蛋白作为一种类受体蛋白在抗病性中的重要作用第74-75页
  2.1.2 克隆海岛棉PGIP基因的重要理论和现实意义第75-76页
 2.2 材料与试剂第76-80页
  2.2.1 植物材料第77页
  2.2.2 菌株第77页
  2.2.3 仪器和设备第77页
  2.2.4 试剂盒及购买的试剂第77-78页
  2.2.5 自配的主要标准试剂第78-79页
  2.2.6 自配的其它试剂第79-80页
 2.3 方法与步骤第80-98页
  2.3.1 海岛棉比马90幼苗的准备第80页
  2.3.2 大丽轮枝菌接种比马90幼苗的诱导处理第80页
  2.3.3 诱导处理后比马90幼苗RNA的抽提第80页
  2.3.4 比马90幼苗总DNA的提取第80-81页
  2.3.5 大丽轮枝菌诱导的比马90全长cDNA文库的构建第81-85页
   2.3.5.1 总mRNA的纯化第82页
   2.3.5.2 cDNA第一链的合成第82页
   2.3.5.3 cDNA的LD-PCR扩增第82-83页
   2.3.5.4 cDNA的蛋白酶消化第83页
   2.3.5.5 cDNA的SfiⅠ酶切消化第83页
   2.3.5.6 cDNA的分级第83-84页
   2.3.5.7 全长cDNA的沉淀第84页
   2.3.5.8 全长cDNA与λ载体的连接第84页
   2.3.5.9 重组λ载体的包装第84页
   2.3.5.10 大丽轮枝菌诱导的比马90全长cDNA文库的滴度检测第84-85页
  2.3.6 比马90pgip基因569bp“保守区”的扩增第85页
  2.3.7 文库筛选第85-88页
   2.3.7.1 铺制文库重组λ噬菌斑平板第85-86页
   2.3.7.2 文库重组λ噬菌斑转膜第86页
   2.3.7.3 探针标记第86页
   2.3.7.4 尼龙膜的杂交第86-87页
   2.3.7.5 洗膜、曝光和X光片冲洗第87页
   2.3.7.6 挑取杂交阳性的噬菌斑和文库的洗脱与保存第87-88页
   2.3.7.7 噬菌斑的二次杂交筛选第88页
   2.3.7.8 将λTriplEx2克隆子转化为pTriplEx2质粒第88页
  2.3.8 与Gbpgip全长cDNA对应的基因组序列中内含子的检测第88-89页
  2.3.9 Gbpgip基因启动子序列的克隆——5’ walking第89-92页
   2.3.9.1 限制性内切酶的选择第89-90页
   2.3.9.2 比马90基因组DNA的限制性酶切第90页
   2.3.9.3 基因组DNA酶切产物的柱层析纯化第90页
   2.3.9.4 EcoRⅠ和HindⅢ酶切产物的末端钝化第90-91页
   2.3.9.5 基因组DNA酶切产物与GenomeWalker Adaptor的连接第91页
   2.3.9.6 5’ walking的PCR一扩反应第91页
   2.3.9.7 5’ walking的PCR巢式扩增第91-92页
  2.3.10 Gbpgip基因终止子序列的克隆——3’ walking第92-93页
   2.3.10.1 3’ walking的PCR一扩反应第92页
   2.3.10.2 3’ walking的PCR巢式扩增第92-93页
  2.3.11 含启动子和终止子序列的Gbpgip全长基因的扩增第93页
  2.3.12 Southern blot分析第93-95页
   2.3.12.1 探针的制备第93-94页
   2.3.12.2 比马90基因组DNA的限制性酶切消化第94页
   2.3.12.3 Southern凝胶电泳第94页
   2.3.12.4 Southern凝胶转膜和固定第94-95页
   2.3.12.5 探针与尼龙膜的Southern杂交和检测第95页
  2.3.13 Northern blot分析第95-96页
   2.3.13.1 探针的制备第95页
   2.3.13.2 配制琼脂糖甲醛变性凝胶第95-96页
   2.3.13.3 RNA变性样品的制备和电泳第96页
   2.3.13.4 Northern凝胶转膜、固定和杂交检测第96页
  2.3.14 亚克隆、测序和生物信息学分析第96-98页
   2.3.14.1 凝胶电泳第96页
   2.3.14.2 凝胶电泳条带或酶切产物的柱层析回收第96-97页
   2.3.14.3 DH5α感受态的制备第97页
   2.3.14.4 DNA回收片断与pGEM-T Easy Vector载体的连接第97页
   2.3.14.5 DNA与pGEM-T Easy Vector的连接产物转化DH5α感受态第97页
   2.3.14.6 转化重组载体后的DH5α单菌落培养和质粒的提取第97-98页
   2.3.14.7 引物合成、转化重组子的鉴定、测序和序列的生物信息学分析第98页
 2.4 结果与讨论第98-127页
  2.4.1 大丽轮枝菌诱导的比马90全长cDNA文库构建的结果第98-99页
  2.4.2 比马90pgip基因“保守区”569bp的扩增第99-100页
  2.4.3 Gbpgip全长cDNA的克隆结果第100页
  2.4.4 Gpgip全长cDNA的核苷酸序列分析第100-102页
   2.4.4.1 Gbpgip全长cDNA的结构分析第100页
   2.4.4.2 Gbpgip全长cDNA与已知植物pgip基因的同源性第100-102页
  2.4.5 推导的GbPGIP蛋白的分析第102-109页
   2.4.5.1 GbPGIP蛋白的基本参数第102页
   2.4.5.2 GbPGIP蛋白已知植物PGIP蛋白的同源性第102-105页
   2.4.5.3 GbPGIP蛋白的信号肽预测第105页
   2.4.5.4 GbPGIP蛋白的保守区域搜索和结构域预测第105-107页
   2.4.5.5 GbPGIP蛋白的二级结构预测第107-109页
  2.4.6 含启动子与终止子序列的Gbpgip全长基因组序列的克隆结果第109-111页
   2.4.6.1 与Gbpgip全长cDNA对应的基因组序列中内含子的检测结果第109页
   2.4.6.2 Gbpgip启动子序列的克隆第109-110页
   2.4.6.3 Gbpgip终止子序列的克隆第110页
   2.4.6.4 含启动子与终止子序列的Gbpgip全长基因序列的扩增第110-111页
  2.4.7 Gbpgip基因启动子序列的分析第111-122页
   2.4.7.1 Gbpgip基因启动子序列的基因结构分析和同源性分析第111页
   2.4.7.2 Gbpgip基因的核心启动子预测第111-113页
   2.4.7.3 Gbpgip基因上游调控区预测的与启动子基本活性相关的顺式作用元件第113-114页
   2.4.7.4 Gbpgip基因上游调控区预测的与抗病性相关的顺式作用元件第114-117页
   2.4.7.5 Gbpgip基因上游调控区预测的与温度胁迫相关的的顺式作用元件第117-119页
   2.4.7.6 Gbpgip基因上游调控区预测的与光应答反应相关的顺式作用元件第119-121页
   2.4.7.7 Gbpgip基因上游调控区预测的与胚乳、根系等组织特异性表达相关的顺式作用元件及未知功能元件第121-122页
  2.4.8 Gbpgip基因终止子区序列的分析第122页
  2.4.9 Gbpgip的Southern blot杂交结果第122-124页
  2.4.10 Gbpgip转录本的组织表达特性和大丽轮枝菌诱导下的表达情况第124-127页
第三章 类番茄茄抗大丽轮枝菌受体蛋白基因SlVe1和SlVe2的克隆第127-158页
 3.1 引言第127-128页
  3.1.1 克隆植物抗黄萎病受体蛋白基因的理论意义和现实意义第127-128页
  3.1.2 克隆类番茄茄抗大丽轮枝菌受体蛋白基因的立题依据第128页
 3.2 材料与方法第128-129页
  3.2.1 植物材料第128-129页
  3.2.2 菌株第129页
  3.2.3 仪器和设备第129页
  3.2.4 试剂盒及购买的试剂第129页
  3.2.5 自配的主要标准试剂第129页
  3.2.6 自配的其它试剂第129页
 3.3 方法与步骤第129-134页
  3.3.1 类番茄茄幼苗的准备第129页
  3.3.2 类番茄茄幼苗的大丽轮枝菌接种处理第129页
  3.3.3 RNA抽提第129页
  3.3.4 DNA的提取第129页
  3.3.5 大丽轮枝菌诱导的类番茄茄全长cDNA文库的构建第129-130页
  3.3.6 类番茄茄中Ve同源基因保守区片断的扩增第130页
  3.3.7 SlVe1主要编码区2.9kb片断的扩增第130页
  3.3.8 SlVe1 3’ cDNA末端的扩增第130-131页
  3.3.9 SlVe1 5’ cDNA末端的扩增第131-132页
  3.3.10 SlVe1 cDNA全长的扩增第132-133页
  3.3.11 SlVe1-685bp片断探针的放射性标记第133页
  3.3.12 大丽轮枝菌诱导的类番茄茄全长cDNA文库的筛选第133页
  3.3.13 SlVe1和SlVe2与cDNA全长对应的基因组序列的扩增第133页
  3.3.14 Southern blot分析第133-134页
  3.3.15 Northern blot分析第134页
  3.3.16 亚克隆、测序和生物信息学分析第134页
 3.4 结果与讨论第134-158页
  3.4.1 类番茄茄中Ve同源基因保守区片断及SlVe1主体编码区2.9kb片断的扩增第134-138页
  3.4.2 SlVe1的3’ cDNA末端扩增第138页
  3.4.3 SlVe1的5’ cDNA末端扩增第138-139页
  3.4.4 SlVe1全长cDNA的扩增第139页
  3.4.5 SlVe1基因核苷酸序列的分析第139页
  3.4.6 SlVe1基因所编码蛋白的分析第139-146页
  3.4.7 从大丽轮枝菌诱导的类番茄茄全长cDNA文库筛选SlVe2全cDNA序列的结果第146页
  3.4.8 SlVe2基因核苷酸序列的分析第146页
  3.4.9 SlVe2基因所编码蛋白的分析第146-155页
  3.4.10 与SlVe1和SlVe2全长cDNA对应的基因组序列中内含子的检测第155页
  3.4.11 SlVe1和SlVe2基因的Southern blot分析第155页
  3.4.12 SlVe1和SlVe2基因的Northern blot分析第155-158页
第四章 文殊兰甘露糖结合型凝集素基因Caa的克隆第158-173页
 4.1 引言第158-159页
 4.2 材料与试剂第159-160页
  4.2.1 植物材料第159页
  4.2.2 菌株第159页
  4.2.3 仪器和设备第159页
  4.2.4 试剂盒及购买的试剂第159-160页
  4.2.5 自配的主要标准试剂第160页
  4.2.6 自配的其它试剂第160页
 4.3 方法与步骤第160-165页
  4.3.1 RNA抽提和DNA抽提第160页
  4.3.2 Caa的3’ RACE第160-161页
   4.3.2.1 Caa的3’ RACE的反转录第160-161页
   4.3.2.2 Caa的3’ RACE的PCR扩增第161页
  4.3.3 Caa的5’ RACE第161-163页
   4.3.3.1 Caa5’ RACE的反转录第161-162页
   4.3.3.2 层析柱纯化Caa5’ RACE的反转录产物第162页
   4.3.3.3 Caa5’ RACE的cDNA加尾(3’加C第162-163页
   4.3.3.4 Caa5’ RACE的PCR一扩第163页
   4.3.3.5 Caa5’ RACE的PCR巢式扩增第163页
  4.3.4 Caa全长cDNA的PCR扩增和末端加A第163-164页
  4.3.5 Caa基因的Southern blot分析第164-165页
   4.3.5.1 探针的制备第164页
   4.3.5.2 文殊兰基因组DNA的酶切消化第164页
   4.3.5.3 Caa Southern杂交的电泳第164页
   4.3.5.4 Caa Southern杂交的转膜和固定第164-165页
   4.3.5.5 探针与尼龙膜的Southern杂交和检测第165页
  4.3.6 Caa基因的Northern blot分析第165页
  4.3.7 对应于文殊兰凝集素基因全长cDNA的基因组序列中内含子的检测第165页
  4.3.8 亚克隆、测序和生物信息学分析第165页
 4.4 结果与讨论第165-173页
  4.4.1 Caa cDNA的3’末端扩增结果第165页
  4.4.2 Caa cDNA的5’末端扩增结果第165-166页
  4.4.3 文殊兰凝集基因全长cDNA的扩增结果第166页
  4.4.4 文殊兰凝集基因全长cDNA的分析第166-168页
   4.4.4.1 文殊兰凝集基因全长cDNA的基因结构第166页
   4.4.4.2 文殊兰凝集基因全长cDNA的同源性分析第166-168页
  4.4.5 推断的文殊兰凝集素蛋白的性质分析第168-170页
   4.4.5.1 文殊兰凝集素蛋白的基本参数第168页
   4.4.5.2 文殊兰凝集素蛋白的同源性分析第168页
   4.4.5.3 文殊兰凝集素蛋白的信号肽预测第168页
   4.4.5.4 文殊兰凝集素蛋白的保守域预测第168-170页
   4.4.5.5 文殊兰凝集素蛋白的二级结构预测第170页
   4.4.5.6 文殊兰凝集素蛋白的三维结构预测第170页
  4.4.6 文殊兰凝集素基因的Southern blot杂交结果第170页
  4.4.7 文殊兰凝集素基因的Northern blot杂交结果第170页
  4.4.8 对应于文殊兰凝集素基因全长cDNA的基因组序列中内含子的检测结果第170-173页
第五章 Gbpgip等基因植物表达载体构建和遗传转化进展第173-188页
 5.1 引言第173页
 5.2 材料与试剂第173页
  5.2.1 植物材料第173页
  5.2.2 菌株和质粒第173页
  5.2.3 仪器和设备第173页
  5.2.4 试剂盒及购买的试剂第173页
  5.2.5 自配的主要试剂第173页
  5.2.6 植物培养基第173页
 5.3 方法与步骤第173-180页
  5.3.1 中间载体pCAMBI2301G的构建第173-176页
   5.3.1.1 抽提pCAMBI2301质粒和pBI121质粒第174页
   5.3.1.2 从pBI121质粒上切下并回收gus表达盒第174页
   5.3.1.3 pCAMBIA2301质粒用EcoRⅠ和HindⅢ从其多克隆位点处开环第174-175页
   5.3.1.4 开环的pCAMBIA2301与gus盒的连接第175-176页
  5.3.2 带相应粘性末端酶切位点的目的基因片断的扩增第176-177页
   5.3.2.1 带XmaⅠ/SacⅠ粘性末端的Gbpgip全长cDNA片断的扩增第176页
   5.3.2.2 带XmaⅠ/SacⅠ粘性末端的SlVe1全长cDNA片断的扩增第176页
   5.3.2.3 带BamHⅠ/SacⅠ粘性末端的SlVe2全长cDNA片断的扩增第176页
   5.3.2.4 带BamHⅠ/SacⅠ粘性末端的Caa全长cDNA片断的扩增第176-177页
  5.3.3 目的基因植物表达载体pGBP、pSL1、pSL2和pCAA的构建和农杆菌的转化第177-178页
   5.3.3.1 从pGEM-T Easy Vector上切下目的基因第177页
   5.3.3.2 从平台载体pCAMBIA2301G上切下gus基因并回收载体骨架第177-178页
   5.3.3.3 切下gus基因后的pCAMBIA2301G载体骨架与目的基因片断的连接第178页
   5.3.3.4 重组载体转化大肠杆菌第178页
   5.3.3.5 目的基因的植物表达载体转化根癌农杆菌第178页
  5.3.4 Gbpgip全长cDNA采用叶盘法转化烟草第178-179页
   5.3.4.1 农杆菌的培养第178页
   5.3.4.2 共培养第178-179页
   5.3.4.3 诱导不定芽第179页
   5.3.4.4 诱导生根第179页
   5.3.4.5 再生植株的移栽第179页
  5.3.5 再生植株的检测第179-180页
   5.3.5.1 再生植物抗卡性能的检测第179页
   5.3.5.2 SDS小量法抽提植物总DNA第179-180页
   5.3.5.3 抗卡性呈阳性的再生植株的PCR检测第180页
   5.3.5.4 PCR阳性植株的接菌鉴定第180页
 5.4 试验结果第180-188页
  5.4.1 中间载体pCAMBIA2301G的构建第180-181页
  5.4.2 带相应粘性末端酶切位点的目的基因片断的扩增第181页
  5.4.3 目的基因植物表达载体pGBP、pSL1、pSL2和pCAA的构建第181-183页
  5.4.4 Gbpgip全长cDNA转化烟草的结果第183-188页
   5.4.4.1 再生苗的获得第183-184页
   5.4.4.2 再生苗的抗卡性检测结果第184页
   5.4.4.3 抗卡性植株的PCR检测第184页
   5.4.4.4 PCR阳性植株的接菌鉴定第184-188页
第六章 总结与讨论第188-201页
 6.1 主要研究内容总结第188-194页
  6.1.1 率先从锦葵目植物中克隆获得第一个编码抗病相关受体类蛋白的多聚半乳糖醛酸酶抑制蛋白基因Gbpgip第188页
  6.1.2 成功克隆了海岛棉多聚半乳糖醛酸酶抑制蛋白基因Gbpgip的启动子区、终止子区和全长基因组序列第188-190页
  6.1.3 成功从类番茄茄中克隆获得抗大丽轮枝菌受体蛋白基因成员SlVe1的全长cDNA序列和基因组序列第190-191页
  6.1.4 成功从类番茄茄中克隆获得抗大丽轮枝菌受体蛋白基因成员SlVe2的全长cDNA序列和基因组序列第191-192页
  6.1.5 成功从文殊兰中克隆获得一个新的甘露糖结合型凝集素基因Caa第192-193页
  6.1.6 成功构建了Gbpgip、SlVe1、SlVe2和Caa等基因全长cDNA的植物表达载体pGBP、pSL1、pSL2和pCAA第193页
  6.1.7 Gbpgip全长cDNA采用农杆菌法转化烟草获得一批抗卡性强和PCR阳性的再生植株,同时经人工接种大丽轮枝菌鉴定初步表明抗病性得到加强第193-194页
 6.2 讨论第194-201页
  6.2.1 Gbpgip基因的启动子结构特点、mRNA表达特征和植物遗传转化功能验证结果,符合其编码一种类受体蛋白并介防卫反应信号传导、同时又具有抑制病原菌致病因子PG酶的活性的功能模型第194-196页
  6.2.2 关于植物Ve基因家族系统发生学的一些认识第196-197页
  6.2.3 SlVe1和SlVe2的低丰度表达特点反应了其编码产物作为抗病基因的膜结合受体蛋白的数量受到整个细胞信号网络的匹配性限制第197-198页
  6.2.4 Caa基因的组成性表达的特点和同源性特征揭示该基因编码一种介导预存防卫的基因第198-199页
  6.2.5 关于Gbpgip转化烟草的功能验证第199-201页
参考文献第201-215页
发表和待发表的论文第215页
参加研究的课题第215-216页
致谢第216页

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