| 主要英文缩写词 | 第1-8页 |
| 摘要 | 第8-10页 |
| Abstract | 第10-12页 |
| 第一部分 绪论 | 第12-14页 |
| 第二部分 实验材料与方法 | 第14-25页 |
| 第一节 实验材料 | 第14-16页 |
| 1 标本 | 第14页 |
| 2 主要试剂与酶类 | 第14-15页 |
| 3 主要实验仪器 | 第15页 |
| 4 主要生物信息分析工具 | 第15-16页 |
| 第二节 实验方法 | 第16-25页 |
| 1 HIV cDNA制备 | 第16-17页 |
| ·HIV cDNA提取 | 第16页 |
| ·核酸样品浓度鉴定 | 第16-17页 |
| 2 Nested PCR | 第17-20页 |
| ·gag、env、pol基因引物序列及位置 | 第17页 |
| ·gag基因Nested-PCR | 第17-18页 |
| ·env基因Nested-PCR | 第18-19页 |
| ·pol基因Nested-PCR | 第19-20页 |
| 3 PCR产物电泳与纯化 | 第20-21页 |
| 4 重组克隆的建立与鉴定 | 第21-24页 |
| ·连接实验 | 第21页 |
| ·转化实验 | 第21-22页 |
| ·感受态制备 | 第21-22页 |
| ·转化实验 | 第22页 |
| ·挑取阳性克隆株 | 第22页 |
| ·质粒提取实验 | 第22-23页 |
| ·酶切鉴定及电泳 | 第23-24页 |
| 5 核酸序列测定 | 第24页 |
| 6 序列分析方法 | 第24-25页 |
| 第三部分 实验结果 | 第25-49页 |
| 第一节 gag基因p24和p17区序列变异性分析 | 第25-37页 |
| 1 gag基因Nested-PCR及重组克隆的鉴定结果 | 第25-26页 |
| ·Nested-PCR结果 | 第25页 |
| ·重组克隆鉴定结果 | 第25-26页 |
| 2 HIV-1亚型分布及进化树分析 | 第26-27页 |
| 3 gag基因离散率分析 | 第27-29页 |
| 4 gag基因选择压力的分析 | 第29-30页 |
| 5 推导的gag基因的氨基酸序列分析 | 第30-34页 |
| ·N-糖基化位点分析 | 第30页 |
| ·p17区段尾部变异特征分析 | 第30-34页 |
| 6 gag基因区段主要CTL抗原表位变异情况 | 第34-37页 |
| 第二节 env基因V3-V4区序列变异性分析 | 第37-46页 |
| 1 env基因Nested-PCR及重组克隆的鉴定结果 | 第37页 |
| ·Nested-PCR结果 | 第37页 |
| ·重组克隆鉴定结果 | 第37页 |
| 2 env基因离散率分析 | 第37-39页 |
| 3 env基因选择压力的分析 | 第39-40页 |
| 4 推导的env基因的氨基酸序列分析 | 第40-46页 |
| ·V3环顶端四肽序列特征分析 | 第40-41页 |
| ·env基因区段N-糖基化位点分析 | 第41页 |
| ·辅助受体使用预测 | 第41-46页 |
| 第三节 pol基因耐药性相关突变分析 | 第46-49页 |
| 1 pol基因Nested-PCR及重组克隆的鉴定结果 | 第46页 |
| ·Nested-PCR结果 | 第46页 |
| ·重组克隆鉴定结果 | 第46页 |
| 2 耐药性分析 | 第46-49页 |
| 第四部分 讨论 | 第49-55页 |
| 第五部分 结论 | 第55-56页 |
| 参考文献 | 第56-60页 |
| 文献综述 | 第60-68页 |
| 已发表论文 | 第68-69页 |
| 致谢 | 第69-70页 |
| 附录 | 第70-122页 |
