| 中文摘要 | 第1-9页 |
| ABSTRACT | 第9-12页 |
| 第一章 引言 | 第12-27页 |
| ·氨基酸的起源 | 第12-17页 |
| ·密码子的起源 | 第17-20页 |
| ·“RNA 世界（RNA World）”假说 | 第20-22页 |
| ·蛋白质的起源 | 第22-26页 |
| ·本论文的组织结构 | 第26-27页 |
| 第二章 原始蛋白酶结构的生物信息学分析 | 第27-41页 |
| ·生物信息学简介 | 第27-29页 |
| ·研究对象 | 第29-30页 |
| ·相关的生物信息数据库 | 第30-32页 |
| ·研究方法及步骤 | 第32页 |
| ·数据的采集 | 第32页 |
| ·原始蛋白酶相关信息查询 | 第32页 |
| ·原始蛋白酶辅因子的确定 | 第32页 |
| ·结果与分析 | 第32-39页 |
| ·原始蛋白酶所含六类酶的分布统计结果 | 第32-33页 |
| ·原始蛋白酶折叠类型的统计结果 | 第33-36页 |
| ·原始蛋白酶辅因子的使用统计结果 | 第36-39页 |
| ·结论 | 第39页 |
| ·讨论 | 第39-41页 |
| 第三章 原始蛋白酶空间结构的复杂性分析 | 第41-47页 |
| ·蛋白折叠研究进展 | 第41-44页 |
| ·研究对象 | 第44页 |
| ·数据的获取 | 第44页 |
| ·数据的筛选 | 第44页 |
| ·拓扑参数的计算 | 第44-45页 |
| ·结果与分析 | 第45-46页 |
| ·结论 | 第46-47页 |
| 第四章 原始蛋白酶功能的生物信息学研究 | 第47-64页 |
| ·研究对象 | 第48页 |
| ·相关的生物信息数据库 | 第48页 |
| ·研究方法及步骤 | 第48-49页 |
| ·原始氧化还原酶的筛选 | 第48页 |
| ·原始氧化还原酶辅因子的查询 | 第48-49页 |
| ·辅因子与原始氧化还原酶结合位点氨基酸信息的查询 | 第49页 |
| ·结果与分析 | 第49-63页 |
| ·Pyrococcus furiosu 氧化还原酶辅因子的统计结果与分析 | 第49-51页 |
| ·manet 原始蛋白酶辅因子的统计结果与分析 | 第51-53页 |
| ·酵母原始蛋白酶辅因子的统计结果与分析 | 第53-59页 |
| ·辅因子结合位点氨基酸组分的统计结果与分析 | 第59-63页 |
| ·结论 | 第63-64页 |
| 第五章 原始蛋白酶的化学信息学研究 | 第64-81页 |
| ·化学信息学简介 | 第64-66页 |
| ·研究对象 | 第66页 |
| ·本章使用的相关生物信息数据库、设备和材料简介 | 第66-68页 |
| ·相关生物信息数据库 | 第66-67页 |
| ·主要设备 | 第67-68页 |
| ·本论文使用的化学信息学研究方法 | 第68-70页 |
| ·研究方法及路线 | 第70-71页 |
| ·参与蛋白酶反应的小分子的统计 | 第70页 |
| ·分子描述符的计算 | 第70页 |
| ·Manet 组小分子描述符与酵母组小分子描述符的比对 | 第70-71页 |
| ·反应对的选取 | 第71页 |
| ·结果和分析 | 第71-80页 |
| ·小分子统计结果 | 第71页 |
| ·Manet 组与酵母组分子描述符的计算结果与分析 | 第71-73页 |
| ·Manet 组小分子描述符与酵母组小分子描述符柱状图比较 | 第73-78页 |
| ·反应对比对结果 | 第78-80页 |
| ·结论 | 第80-81页 |
| 第六章 总结论 | 第81-82页 |
| 参考文献 | 第82-94页 |
| 致谢 | 第94-95页 |
| 发表论文及参加科研情况的说明 | 第95页 |
