| 摘要 | 第1-9页 |
| ABSTRACT | 第9-17页 |
| 第一章 绪论 | 第17-33页 |
| ·引言 | 第17页 |
| ·基因芯片技术 | 第17-20页 |
| ·基因芯片技术研究背景和现状 | 第20-30页 |
| ·基因芯片制备技术研究进展 | 第20-22页 |
| ·基因芯片数据分析研究进展 | 第22-28页 |
| ·基因芯片技术应用研究进展 | 第28-29页 |
| ·深度测序技术研究进展 | 第29-30页 |
| ·基因芯片数据分析中尚存在的问题 | 第30-31页 |
| ·本文的主要研究内容和创新点 | 第31-33页 |
| 第二章 基因芯片原理和数据分析方法 | 第33-52页 |
| ·引言 | 第33页 |
| ·基因芯片的原理 | 第33-36页 |
| ·原位合成基因芯片 | 第33-34页 |
| ·点样法基因芯片 | 第34-36页 |
| ·原位合成基因芯片与点样法基因芯片的比较 | 第36页 |
| ·基因芯片数据分析方法 | 第36-43页 |
| ·数据预处理和标准化 | 第37-39页 |
| ·聚类分析 | 第39-42页 |
| ·基因差异表达分析 | 第42-43页 |
| ·基因注释数据库 | 第43-49页 |
| ·基因本体数据库 | 第43-47页 |
| ·基因本体的结构 | 第44-45页 |
| ·基因注释的证据编码 | 第45-47页 |
| ·KEGG 代谢通路数据库 | 第47-49页 |
| ·基因表达数据的网络资源 | 第49页 |
| ·基因芯片数据分析的软件平台 | 第49-50页 |
| ·本章小结 | 第50-52页 |
| 第三章 基于支持向量机的基因芯片数据判别分析 | 第52-63页 |
| ·引言 | 第52页 |
| ·基因芯片数据判别分析的一般过程 | 第52-53页 |
| ·特征基因选择方法 | 第53-54页 |
| ·支持向量机理论 | 第54-62页 |
| ·统计学习理论 | 第54-57页 |
| ·支持向量机 | 第57-62页 |
| ·判别函数性能评价 | 第62页 |
| ·小结 | 第62-63页 |
| 第四章 基因注释语义相似度算法 | 第63-78页 |
| ·引言 | 第63-64页 |
| ·基因本体结点相似度计算方法 | 第64-70页 |
| ·基本概念 | 第66-67页 |
| ·影响基因本体结点语义相似度的因素 | 第67-69页 |
| ·计算基因本体结点的语义相似度 | 第69-70页 |
| ·基因注释语义相似度计算方法 | 第70-71页 |
| ·结果与讨论 | 第71-77页 |
| ·本章小结 | 第77-78页 |
| 第五章 基因表达数据聚类功能评价算法 | 第78-91页 |
| ·引言 | 第78页 |
| ·基因芯片数据聚类功能评价算法 | 第78-80页 |
| ·数据来源和处理方法 | 第80-81页 |
| ·实验结果 | 第81-87页 |
| ·基于基因分子功能注释语义相似度评价聚类结果 | 第81-85页 |
| ·基于基因生物过程注释语义相似度评价聚类结果 | 第85页 |
| ·基于基因细胞成份注释语义相似度评价聚类结果 | 第85-86页 |
| ·基于分子功能注释与基于Silhouette 指标评价聚类结果的比较 | 第86-87页 |
| ·讨论 | 第87-90页 |
| ·本章小结 | 第90-91页 |
| 第六章 肝癌转移相关的特征 microRNA 和特征基因的 提取与分析 | 第91-112页 |
| ·引言 | 第91-92页 |
| ·数据来源与方法 | 第92-97页 |
| ·数据来源 | 第92-93页 |
| ·数据分析流程 | 第93-94页 |
| ·t 交叉权重法 | 第94-97页 |
| ·结果 | 第97-109页 |
| ·肝癌转移相关的特征microRNA 和SVM 核函数判别结果 | 第98-102页 |
| ·肝癌转移相关的特征基因和SVM 核函数判别结果 | 第102-107页 |
| ·肝癌转移相关的特征microRNAs-Genes 调控关系 | 第107-109页 |
| ·讨论 | 第109-111页 |
| ·本章小结 | 第111-112页 |
| 第七章 结论与展望 | 第112-115页 |
| ·结论 | 第112-113页 |
| ·展望 | 第113-115页 |
| 附录A 本论文研制的部分程序 | 第115-138页 |
| A.1 基因注释语义相似度计算程序 | 第115-125页 |
| A.1.1 主程序 | 第115-117页 |
| A.1.2 计算基因注释语义相似度 | 第117-123页 |
| A.1.2.1 计算两基因本体术语集的相似度 | 第118-119页 |
| A.1.2.2 计算两基因本体术语的相似度 | 第119-120页 |
| A.1.2.3 生成基因本体结点的邻接矩阵 | 第120-122页 |
| A.1.2.4 求两基因本体术语之间的所有路径 | 第122-123页 |
| A.1.3 将基因对应到基因本体结点 | 第123-125页 |
| A.2 基因芯片数据聚类功能评价程序 | 第125-131页 |
| A.2.1 主程序 | 第125-128页 |
| A.2.2 读取GEO 的GPL 文件程序 | 第128-131页 |
| A.3 肝癌转移相关的特征 microRNA 和特征基因提取分析程序 | 第131-138页 |
| A.3.1 主程序 | 第131-137页 |
| A.3.2 SVM 预测交叉验证 | 第137-138页 |
| 附录B 肝癌转移相关的特征基因表 | 第138-147页 |
| 附录C 肝癌转移相关的特征 microRNAs-Genes 调控关系图 | 第147-154页 |
| 参考文献 | 第154-166页 |
| 作者在攻读博士学位期间公开发表的论文 | 第166-167页 |
| 作者在攻读博士学位期间所作的项目 | 第167-168页 |
| 致谢 | 第168-169页 |
