| 目录 | 第1-8页 |
| 图表索引 | 第8-11页 |
| 中英文缩略词 | 第11-14页 |
| 中文摘要 | 第14-16页 |
| 英文摘要 | 第16-18页 |
| 论文综述:潜在肿瘤标志物的发现研究 | 第18-34页 |
| 1.肿瘤流行病学变化趋势 | 第18-20页 |
| 2.肿瘤标志物应用潜力巨大 | 第20-21页 |
| 3.单一肿瘤标志物检测不能满足临床实践需要 | 第21-25页 |
| ·肿瘤的高度异质性 | 第21-22页 |
| ·评价指标的局限性 | 第22-24页 |
| ·技术水平的限制 | 第24-25页 |
| 4.建立联合检测模型,解决单一标志物难以克服的难题 | 第25-26页 |
| 5.目前建立联合检测模型的两种策略 | 第26-31页 |
| ·以候选物为基础的研究 | 第26-28页 |
| ·以发现为基础的研究 | 第28-31页 |
| 6.道法自然——以模型为基础的研究 | 第31-32页 |
| 7.结语 | 第32-34页 |
| 第一部分 从人胚胎肺发育研究人原发性肺腺癌预后相关基因表达谱 | 第34-91页 |
| 前言 | 第34-36页 |
| 材料和方法 | 第36-57页 |
| 1.实验材料 | 第36-41页 |
| ·肺癌组织标本 | 第36-37页 |
| ·发育过程中的胚胎组织标本和良性肺疾患患者非病变肺组织 | 第37页 |
| ·细胞系 | 第37-38页 |
| ·实时定量PCR引物序列 | 第38页 |
| ·主要试剂或试剂盒 | 第38-40页 |
| ·主要仪器 | 第40-41页 |
| ·主要控制和生物信息学分析软件 | 第41页 |
| 2.实验方法 | 第41-53页 |
| ·新鲜组织标本的收集 | 第41-43页 |
| ·肺癌标本的组织病理学鉴定 | 第43页 |
| ·新鲜组织样本基因组DNA的提取 | 第43页 |
| ·总RNA样品的制备与鉴定 | 第43-45页 |
| ·利用基因芯片检测mRNA表达谱 | 第45-50页 |
| ·逆转录合成cDNA | 第50页 |
| ·Sybr Green法实时定量PCR | 第50-51页 |
| ·RNA干扰实验 | 第51-53页 |
| ·免疫组织化学染色 | 第53页 |
| 3.mRNA表达谱数据分析 | 第53-57页 |
| ·从公共数据库获得肺癌芯片数据集 | 第54页 |
| ·mRNA表达谱芯片数据预处理 | 第54页 |
| ·计算确定SMC4相关发育基因群 | 第54-55页 |
| ·评价肿瘤患者肿瘤组织中SMC4基因群总体表达水平 | 第55-56页 |
| ·评价SMC4基因群总体表达水平与肿瘤患者临床预后的关系 | 第56页 |
| ·其他 | 第56-57页 |
| 结果 | 第57-84页 |
| 1.胚胎肺发育过程中mRNA表达模式 | 第57-62页 |
| ·人胚胎肺发育过程中4个不同时相点组织总mRNA表达谱 | 第57页 |
| ·人肺发育过程中不同时相点组织mRNA表达的总体特征 | 第57-58页 |
| ·人肺发育过程中不同时相点组织mRNA表达的动态特征 | 第58-61页 |
| ·典型基因表达模式体现发育组织mRNA表达谱携带的发育信息 | 第61-62页 |
| 2.胚胎肺发育与原发性肺癌mRNA表达谱的整合分析 | 第62-67页 |
| ·与发育样本相比,肺癌样本间mRNA表达谱异质性大 | 第62-64页 |
| ·原发性肺癌组织mRNA表达谱在依据发育样本构建的地貌图中的投影位置 | 第64-65页 |
| ·相邻时相发育组织间差异表达基因在肺腺癌和肺鳞癌中的表达趋势 | 第65-67页 |
| 3. SMC4基因在发育-肺癌组织中的表达及其对细胞增殖的影响 | 第67-70页 |
| ·SMC4基因mRNA在发育-肺癌组织中顺序表达模式呈"碗"形结构 | 第67-68页 |
| ·SMC4基因在肺癌组织内DNA拷贝数和蛋白质表达改变 | 第68-69页 |
| ·下调SMC4基因水平,永生化支气管上皮细胞增殖能力下降 | 第69-70页 |
| 4. SMC4相关基因群的确立和mRNA表达模式分析 | 第70-71页 |
| ·与SMC4表达模式相似的基因群的筛选 | 第70页 |
| ·SMC4基因群在发育-肺癌组织中的顺序表达模式高度一致 | 第70-71页 |
| 5. SMC4基因群总体表达水平与肺癌患者临床预后的关系 | 第71-84页 |
| ·SMC4基因群总体表达水平与肺腺癌患者临床预后有关 | 第71-81页 |
| ·SMC4基因群总体表达水平与肺鳞癌患者临床预后无显著相关 | 第81-84页 |
| 讨论 | 第84-90页 |
| 1. 从肿瘤的分子表型预测临床表型 | 第84-86页 |
| ·形态学不能精确反映肿瘤患者的生物学行为和临床表型 | 第84页 |
| ·肿瘤的分子表型可以更好的反映患者临床表型 | 第84-85页 |
| ·描绘肿瘤的分子表型需要巧妙精密的实验设计 | 第85页 |
| ·在"跳出肿瘤看肿瘤"战略思想指导下巧妙设计,探索体现肿瘤临床表型的分子表型 | 第85-86页 |
| 2. 肿瘤与发育关系密切又复杂 | 第86-90页 |
| ·对胚胎发育的研究,揭示出肿瘤与发育过程具有相似性 | 第86-87页 |
| ·人肺发育过程中的动力系统和控制系统与肺癌临床表型的关系 | 第87-88页 |
| ·肿瘤与发育关系的组织特异性 | 第88-90页 |
| 小结 | 第90-91页 |
| 第二部分 深测序和基因芯片技术用于mRNA表达谱检测的比较研究 | 第91-115页 |
| 前言 | 第91-93页 |
| 材料和方法 | 第93-101页 |
| 1. 实验材料 | 第93-96页 |
| ·细胞系 | 第93页 |
| ·质粒 | 第93页 |
| ·主要试剂或试剂盒 | 第93-94页 |
| ·主要仪器 | 第94-96页 |
| ·主要控制和生物信息学分析软件 | 第96页 |
| 2. 实验方法 | 第96-99页 |
| ·质粒构建和细胞转染 | 第96页 |
| ·细胞总RNA制备和鉴定 | 第96-97页 |
| ·基因芯片mRNA表达谱检测 | 第97页 |
| ·以测序技术为基础的数字基因表达标签谱检测 | 第97-98页 |
| ·实时定量PCR检测 | 第98-99页 |
| 3. 规定的两个评价参数 | 第99-100页 |
| ·%CV-estimated(%CVe) | 第99页 |
| ·OP_(left)&OP_(rght) | 第99-100页 |
| 4. 原始数据的预处理 | 第100-101页 |
| 结果和讨论 | 第101-114页 |
| 1. Agilent基因芯片平台和DGE测序平台检测基因数量的比较 | 第101-103页 |
| ·两平台分别检测的基因总量 | 第101页 |
| ·两平台各自检出的独有基因 | 第101-103页 |
| 2. Agilent基因芯片平台和DGE测序平台重复性比较 | 第103-106页 |
| ·平台内技术重复检测结果的相关性比较 | 第103-104页 |
| ·平台内重复检测变异程度的比较 | 第104-106页 |
| 3. Agilent基因芯片平台和DGE测序平台检测动态范围的比较 | 第106-107页 |
| 4. Agilent基因芯片和DGE测序平台结果一致性比较 | 第107-110页 |
| ·两平台与实时定量PCR平台检测结果的比较 | 第107-109页 |
| ·Agilent基因芯片平台和DGE测序平台检测结果的一致性 | 第109-110页 |
| 5. 不同基因相对表达水平的检测 | 第110-111页 |
| ·利用DGE测序平台可获得基因间相对表达水平的信息 | 第110-111页 |
| ·常用内参基因GAPDH和ACTB是高丰度基因 | 第111页 |
| 6. Agilent基因芯片平台和DGE测序平台检测差异表达基因的比较 | 第111-114页 |
| ·Agilent基因芯片平台未检出DENND2D的表达变化 | 第111-112页 |
| ·Agilent基因芯片与DGE测序平台对基因表达倍数变化检测的比较 | 第112-114页 |
| 小结 | 第114-115页 |
| 参考文献 | 第115-121页 |
| 基金资助 | 第121-122页 |
| 致谢 | 第122-124页 |
| 个人简历 | 第124页 |
