| 中文摘要 | 第1-10页 |
| Abstract | 第10-12页 |
| 1 引言 | 第12-35页 |
| ·研究的目的和意义 | 第12页 |
| ·文献综述 | 第12-33页 |
| ·盐碱胁迫及植物耐盐碱机理 | 第12-17页 |
| ·植物耐盐碱组学研究 | 第17-21页 |
| ·基因转录谱数据挖掘方法 | 第21-30页 |
| ·大豆和野大豆基因组测序进展 | 第30-33页 |
| ·课题来源与本论文的主要研究内容 | 第33-35页 |
| ·本研究课题的来源 | 第33页 |
| ·本论文的主要研究内容 | 第33页 |
| ·本研究的特色及创新点 | 第33-35页 |
| 2 材料与方法 | 第35-45页 |
| ·材料 | 第35-36页 |
| ·植物材料 | 第35页 |
| ·芯片材料 | 第35页 |
| ·试剂及耗材 | 第35页 |
| ·数据库 | 第35页 |
| ·生物软件 | 第35-36页 |
| ·方法 | 第36-45页 |
| ·植物材料处理及芯片杂交 | 第36-37页 |
| ·芯片杂交结果的realtime-PCR 验证 | 第37-40页 |
| ·芯片杂交数据预处理 | 第40-41页 |
| ·碱胁迫应答基因筛选 | 第41-42页 |
| ·碱胁迫应答基因聚类分析 | 第42页 |
| ·基因功能注释及富集分析 | 第42-43页 |
| ·基因的染色体定位 | 第43页 |
| ·基因上游调控区分析 | 第43-44页 |
| ·miRNA 及靶基因预测 | 第44页 |
| ·基因调控网络构建及分析 | 第44-45页 |
| 3 结果与分析 | 第45-93页 |
| ·野大豆碱胁迫基因转录谱构建 | 第45-52页 |
| ·芯片质量以及杂交结果的可靠性分析 | 第45-49页 |
| ·可靠探针组的获得 | 第49页 |
| ·野大豆碱胁迫基因转录谱获得 | 第49-50页 |
| ·野大豆碱胁迫基因转录谱数据库构建及网页编制 | 第50-52页 |
| ·芯片杂交结果的realtime-PCR 验证 | 第52-56页 |
| ·用于realtime-PCR 验证的基因及引物 | 第52-53页 |
| ·realtime-PCR 标准曲线绘制 | 第53-54页 |
| ·real-time PCR 扩增结果及与芯片结果一致性评价 | 第54-56页 |
| ·野大豆碱胁迫应答基因获得 | 第56-63页 |
| ·各时间点差异基因筛选 | 第56-57页 |
| ·差异基因数量变化趋势 | 第57-59页 |
| ·碱胁迫与其他非生物胁迫应答基因数量变化趋势对比 | 第59-61页 |
| ·差异基因功能富集分析 | 第61-62页 |
| ·碱胁迫应答基因染色体定位 | 第62-63页 |
| ·野大豆碱胁迫早期应答基因调控网络获得 | 第63-69页 |
| ·碱胁迫早期应答基因的功能分析 | 第63-66页 |
| ·碱胁迫早期应答基因调控网络构建 | 第66-68页 |
| ·野大豆碱胁迫早期应答关键基因 | 第68-69页 |
| ·野大豆碱胁迫共表达基因特征 | 第69-81页 |
| ·胁迫应答基因STEM 聚类分析 | 第69-71页 |
| ·共表达胁迫应答基因功能富集分析 | 第71-73页 |
| ·共表达胁迫应答基因上游调控区特征分析 | 第73-80页 |
| ·共表达胁迫应答基因染色体定位 | 第80-81页 |
| ·野大豆miRNA 在碱胁迫下的表达模式 | 第81-86页 |
| ·miRNA 宿主基因预测 | 第81-82页 |
| ·野大豆碱胁迫应答miRNA 及其应答模式 | 第82-83页 |
| ·野大豆miRNA 靶基因预测 | 第83-85页 |
| ·野大豆碱胁迫应答miRNA、转录因子及激酶调控网络建立 | 第85-86页 |
| ·差异表达基因与分子标记的关联分析 | 第86-88页 |
| ·已知耐盐碱分子标记相关基因 | 第86-88页 |
| ·碱胁迫应答的耐盐碱分子标记相关基因 | 第88页 |
| ·野大豆耐碱基因工程候选基因筛选 | 第88-93页 |
| ·野大豆碱胁迫早期应答关键基因 | 第88-89页 |
| ·野大豆碱胁迫应答功能未知基因 | 第89-91页 |
| ·野大豆碱胁迫应答物种特异基因 | 第91-93页 |
| 4 讨论 | 第93-95页 |
| 5 结论 | 第95-96页 |
| 致谢 | 第96-97页 |
| 参考文献 | 第97-110页 |
| 附录 | 第110-114页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 | 第114页 |