| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 第1章 绪论 | 第11-27页 |
| 1.1 引言 | 第11页 |
| 1.2 真菌来源天然产物的研究现状 | 第11-20页 |
| 1.2.1 真菌来源活性天然产物简介 | 第12-15页 |
| 1.2.2 真菌来源天然产物的研究策略 | 第15-20页 |
| 1.3 茎点霉属真菌的研究概述 | 第20-21页 |
| 1.4 杂萜类天然产物的生物合成研究 | 第21-25页 |
| 1.5 研究意义及研究内容 | 第25-27页 |
| 1.5.1 选题依据及研究意义 | 第25页 |
| 1.5.2 研究内容及预期结果 | 第25-27页 |
| 第2章 Phoma sp. XZ068的全基因组测序及生物信息学分析 | 第27-55页 |
| 2.1 引言 | 第27页 |
| 2.2 实验材料与方法 | 第27-38页 |
| 2.2.1 菌株及引物 | 第27-30页 |
| 2.2.2 实验试剂、仪器及技术服务供应商 | 第30-32页 |
| 2.2.3 培养基及缓冲液的配制 | 第32-33页 |
| 2.2.4 月桂酸钠法提取真菌基因组DNA | 第33-34页 |
| 2.2.5 PCR扩增体系及程序 | 第34-35页 |
| 2.2.6 真菌总RNA的提取及反转录PCR分析 | 第35-36页 |
| 2.2.7 基因组测序及组装 | 第36页 |
| 2.2.8 基因组组分分析 | 第36-37页 |
| 2.2.9 基因功能注释及分析 | 第37-38页 |
| 2.2.10 系统发育树的构建 | 第38页 |
| 2.2.11 次级代谢产物生物合成基因簇的预测 | 第38页 |
| 2.3 实验结果与分析 | 第38-52页 |
| 2.3.1 Phoma sp. XZ068的全基因组测序及拼装 | 第38页 |
| 2.3.2 Phoma sp. XZ068的基因组特征 | 第38-45页 |
| 2.3.3 Phoma sp. XZ068的系统发育分析 | 第45-46页 |
| 2.3.4 Phoma sp. XZ068的可能生存策略分析 | 第46-51页 |
| 2.3.5 Phoma sp. XZ068次级代谢相关基因分析 | 第51-52页 |
| 2.4 本章小结与讨论 | 第52-55页 |
| 第3章 Eupenifeldin类杂萜产物的生物合成研究 | 第55-107页 |
| 3.1 引言 | 第55-56页 |
| 3.2 实验材料与方法 | 第56-73页 |
| 3.2.1 菌株、质粒和引物 | 第56-60页 |
| 3.2.2 实验试剂、仪器及技术服务提供商 | 第60-62页 |
| 3.2.3 培养基及缓冲液的配制 | 第62-64页 |
| 3.2.4 通用真菌基因组DNA的提取 | 第64-65页 |
| 3.2.5 DNA片段的PCR扩增和回收 | 第65页 |
| 3.2.6 序列分析 | 第65页 |
| 3.2.7 实时荧光定量PCR(Q-PCR) | 第65-66页 |
| 3.2.8 大肠杆菌质粒的提取、感受态细胞的制备及转化 | 第66-67页 |
| 3.2.9 根瘤农杆菌化学感受态细胞的制备及转化 | 第67页 |
| 3.2.10 根瘤农杆菌AGL-1介导的真菌遗传转化(ATMT) | 第67-68页 |
| 3.2.11 真菌发酵产物的提取及化学分析 | 第68页 |
| 3.2.12 His标签融合蛋白在大肠杆菌中的表达与纯化 | 第68-71页 |
| 3.2.13 EupB体外酶学功能验证 | 第71页 |
| 3.2.14 EupE体外酶学功能验证 | 第71-72页 |
| 3.2.15 EupD体外酶学功能验证 | 第72-73页 |
| 3.2.16 EupF体外酶学功能验证 | 第73页 |
| 3.3 结果与分析 | 第73-105页 |
| 3.3.1 Phoma sp. XZ068遗传操作体系的构建 | 第73-74页 |
| 3.3.2 Eupenifeldin生物合成基因簇的鉴定 | 第74-82页 |
| 3.3.3 Eupenifeldin生物合成基因簇内各基因功能预测 | 第82-104页 |
| 3.3.4 Eupenifeldin生物合成途径分析 | 第104-105页 |
| 3.4 本章小结与讨论 | 第105-107页 |
| 第4章 Tetramic acid类化合物生物合成基因簇的鉴定 | 第107-113页 |
| 4.1 引言 | 第107-108页 |
| 4.2 实验材料与方法 | 第108-109页 |
| 4.2.1 菌株、质粒和引物 | 第108-109页 |
| 4.2.2 实验试剂、仪器及技术服务提供商 | 第109页 |
| 4.2.3 培养基及缓冲液的配制 | 第109页 |
| 4.2.4 实验方法 | 第109页 |
| 4.3 结果与分析 | 第109-111页 |
| 4.3.1 Tetramic acid类化合物生物合成基因簇的预测 | 第109-110页 |
| 4.3.2 Tetramic acid类化合物生物合成基因簇的鉴定 | 第110-111页 |
| 4.4 本章小结与讨论 | 第111-113页 |
| 第5章 总结与展望 | 第113-115页 |
| 5.1 本研究取得的成果 | 第113-114页 |
| 5.2 本研究尚未解决的问题及展望 | 第114-115页 |
| 参考文献 | 第115-123页 |
| 附录 | 第123-129页 |
| 致谢 | 第129-131页 |
| 在读期间发表的学术论文 | 第131页 |
