| 摘要 | 第5-7页 |
| abstract | 第7-8页 |
| 第1章 绪论 | 第12-28页 |
| 1.1 课题研究的背景和意义 | 第12-15页 |
| 1.2 阿尔茨海默病与ADNI数据集 | 第15-20页 |
| 1.2.1 阿尔茨海默病发病机制假说 | 第15-18页 |
| 1.2.2 ADNI数据集 | 第18-20页 |
| 1.3 国内外研究现状 | 第20-25页 |
| 1.3.1 阿尔茨海默病GWAS数据挖掘研究的现状 | 第20页 |
| 1.3.2 网络分析方法在GWAS数据挖掘研究中的现状 | 第20-24页 |
| 1.3.3 蛋白质互作网络 | 第24-25页 |
| 1.4 论文研究的内容和结构 | 第25-28页 |
| 第2章 ADNI中生物标记物的全基因组关联分析 | 第28-42页 |
| 2.1 引言 | 第28-29页 |
| 2.2 ADNI中全基因组数据的基因分型与质量控制 | 第29-30页 |
| 2.3 CSF表型数据的处理 | 第30-33页 |
| 2.3.1 CSF表型数据的质量控制 | 第30页 |
| 2.3.2 人口学数据统计 | 第30-33页 |
| 2.4 MRI中FreeSurfer表型数据的处理 | 第33-36页 |
| 2.4.1 MRI中FreeSurfer表型数据的质量控制 | 第33-34页 |
| 2.4.2 人口学数据统计 | 第34-36页 |
| 2.5 全基因组关联分析 | 第36-41页 |
| 2.5.1 SNP层次和基因层次的GWAS分析 | 第36-37页 |
| 2.5.2 基于CSF表型的GWAS分析 | 第37-38页 |
| 2.5.3 基于MRI中FreeSurfer表型的GWAS分析 | 第38-41页 |
| 2.6 本章小结 | 第41-42页 |
| 第3章 基于阿尔茨海默病CSF表型的改进PageRank算法重叠网络模块挖掘 | 第42-69页 |
| 3.1 引言 | 第42-43页 |
| 3.2 无向网络节点重要性指标 | 第43-44页 |
| 3.3 PageRank算法原理 | 第44-47页 |
| 3.4 基于WA-PageRank-CM算法的PPI重叠网络模块挖掘 | 第47-50页 |
| 3.4.1 基于权重调整的PageRank算法 | 第48-49页 |
| 3.4.2 网络优先排序器 | 第49-50页 |
| 3.4.3 基于WA-PageRank-CM算法重叠网络模块挖掘 | 第50页 |
| 3.5 基于Meta分析的权重调整的PageRank算法重叠网络模块挖掘 | 第50-52页 |
| 3.5.1 Meta分析原理 | 第50页 |
| 3.5.2 基于WA-PageRank-Meta算法重叠网络模块挖掘 | 第50-52页 |
| 3.6 实验方法 | 第52-55页 |
| 3.6.1 实验框架 | 第52-54页 |
| 3.6.2 两步法构建子网 | 第54页 |
| 3.6.3 网络模块功能分析与验证方法 | 第54-55页 |
| 3.7 实验结果与分析 | 第55-68页 |
| 3.7.1 基因层次结果分析 | 第55-58页 |
| 3.7.2 基于WA-PageRank-CM算法挖掘重叠网络功能模块结果 | 第58-60页 |
| 3.7.3 基于WA-PageRank-Meta算法挖掘重叠网络功能模块结果 | 第60-61页 |
| 3.7.4 网络模块功能注释及验证 | 第61-68页 |
| 3.8 本章小结 | 第68-69页 |
| 第4章 基于阿尔茨海默病CSF表型的RWR一致性网络模块挖掘 | 第69-93页 |
| 4.1 引言 | 第69-70页 |
| 4.2 重启随机游走模型 | 第70-72页 |
| 4.3 CM-iPINBPA算法描述 | 第72-77页 |
| 4.3.1 CM-iPINBPA算法框架 | 第72-73页 |
| 4.3.2 基于RWR模型节点加权AD疾病网络构建 | 第73-74页 |
| 4.3.3 网络分值计算 | 第74-75页 |
| 4.3.4 基于贪婪算法的最优AD疾病网络搜索 | 第75-76页 |
| 4.3.5 基于Consensus算法的一致性网络模块挖掘 | 第76-77页 |
| 4.4 实验方法 | 第77-78页 |
| 4.5 实验结果与分析 | 第78-92页 |
| 4.5.1 CSF生物标记物t-tau/Aβ_(1?42)的GWAS和基因层次结果分析 | 第78-80页 |
| 4.5.2 基于CM-iPINBPA算法一致性模块挖掘结果分析 | 第80-86页 |
| 4.5.3 生物功能验证结果分析 | 第86-92页 |
| 4.6 本章小结 | 第92-93页 |
| 第5章 基于阿尔茨海默病MRI中FreeSurfer多表型的RWR一致性网络模块挖掘 | 第93-111页 |
| 5.1 引言 | 第93-94页 |
| 5.2 基于多变量基因的全基因组关联分析 | 第94-97页 |
| 5.2.1 基于基因层次的关联方法 | 第94-95页 |
| 5.2.2 MGAS模型 | 第95-97页 |
| 5.3 基于MGAS-CMs算法一致性网络模块挖掘描述 | 第97-99页 |
| 5.3.1 MGAS-CMs算法框架 | 第97-98页 |
| 5.3.2 MGAS-CMs算法 | 第98-99页 |
| 5.3.3 算法伪代码 | 第99页 |
| 5.4 实验方法 | 第99-100页 |
| 5.5 实验结果与分析 | 第100-110页 |
| 5.5.1 FreeSurfer多表型的GWAS和基因层次结果分析 | 第100-103页 |
| 5.5.2 基于MGAS-CMs算法一致性网络模块挖掘结果分析 | 第103-105页 |
| 5.5.3 生物功能验证结果分析 | 第105-110页 |
| 5.6 本章小结 | 第110-111页 |
| 结论 | 第111-113页 |
| 参考文献 | 第113-129页 |
| 攻读学位期间发表的论文和取得的科研成果 | 第129-131页 |
| 致谢 | 第131页 |
