基于GPU和压缩索引的新一代测序数据再测序研究
| 摘要 | 第1-4页 |
| ABSTRACT | 第4-7页 |
| 第1章 绪论 | 第7-15页 |
| ·研究背景和目的 | 第7-12页 |
| ·新一代测序技术 | 第8-9页 |
| ·多核计算 | 第9页 |
| ·BWT 和后缀数组 | 第9-12页 |
| ·领域现状及可行性分析 | 第12-14页 |
| ·本文结构 | 第14-15页 |
| 第2章 新一代测序与基因组再测序 | 第15-24页 |
| ·新一代测序技术 | 第15-17页 |
| ·基因组再测序 | 第17-23页 |
| ·索引的构建 | 第20-22页 |
| ·用索引进行再测序 | 第22-23页 |
| ·本章小结 | 第23-24页 |
| 第3章 GPU 与CUDA | 第24-32页 |
| ·高度并行、多核、异构的GPU 通用计算架构 | 第24-26页 |
| ·CUDA 计算平台 | 第26-31页 |
| ·CUDA 之前的GPU 通用计算 | 第26-27页 |
| ·CUDA 简介 | 第27-28页 |
| ·CUDA 的线程模型 | 第28-29页 |
| ·CUDA 的内存模型 | 第29-30页 |
| ·CUDA 编程存在的问题 | 第30-31页 |
| ·本章小结 | 第31-32页 |
| 第4章 基于GPU 的再测序分析与设计 | 第32-44页 |
| ·索引构建的GPU 优化分析 | 第32-33页 |
| ·利用已构建索引进行GPU 再测序的设计 | 第33-43页 |
| ·线程分配设计 | 第34-36页 |
| ·内存拷贝设计 | 第36-38页 |
| ·关键结构设计 | 第38-40页 |
| ·动态内存分配设计 | 第40-43页 |
| ·本章小结 | 第43-44页 |
| 第5章 性能测试与比较 | 第44-55页 |
| ·CUDA 平台性能测试 | 第44-49页 |
| ·矩阵转置测试 | 第44-46页 |
| ·矩阵乘法测试 | 第46-48页 |
| ·线程分配测试 | 第48页 |
| ·关键结构测试 | 第48-49页 |
| ·再测序性能测试 | 第49-54页 |
| ·GPU‐BWA 与BWA 的性能比较 | 第49-51页 |
| ·参数调整对GPU‐BWA 的影响 | 第51-54页 |
| ·本章小结 | 第54-55页 |
| 第6章 总结和下一步工作 | 第55-57页 |
| 参考文献 | 第57-63页 |
| 致谢 | 第63-64页 |
| 在读期间发表论文及科研情况 | 第64页 |
