| 摘要 | 第3-5页 |
| ABSTRACT | 第5-6页 |
| 第一章 引言 | 第11-24页 |
| 1.1 自噬 | 第11-16页 |
| 1.1.1 自噬概述 | 第11-12页 |
| 1.1.2 自噬信号通路 | 第12-15页 |
| 1.1.3 自噬基因Atg5与Atg7 | 第15-16页 |
| 1.2 宏基因组与肠道微生物 | 第16-20页 |
| 1.2.1 宏基因组学 | 第16-17页 |
| 1.2.2 肠道微生物 | 第17-20页 |
| 1.3 宿主与肠道微生物互作 | 第20-23页 |
| 1.3.1 不同基因型影响宿主肠道微生物分布 | 第20-21页 |
| 1.3.2 不同肠道段影响宿主肠道微生物群落分层 | 第21页 |
| 1.3.3 肠道微生物与肠上皮免疫 | 第21-23页 |
| 1.4 研究目的与意义 | 第23-24页 |
| 第二章 材料与方法 | 第24-37页 |
| 2.1 材料 | 第24-27页 |
| 2.1.1 实验动物 | 第24页 |
| 2.1.2 样品采集 | 第24-27页 |
| 2.2 试剂与仪器 | 第27-30页 |
| 2.2.1 试剂药品 | 第27-29页 |
| 2.2.2 仪器设备 | 第29-30页 |
| 2.3 实验方法 | 第30-34页 |
| 2.3.1 Atg5和Atg7基因敲除小鼠制作 | 第30-31页 |
| 2.3.2 宏基因组学二代测序 | 第31-33页 |
| 2.3.3 肠道组织学及免疫荧光检测 | 第33-34页 |
| 2.4 数据处理和信息分析 | 第34-37页 |
| 2.4.1 数据过滤 | 第34页 |
| 2.4.2 序列分类 | 第34页 |
| 2.4.3 统计分析 | 第34-35页 |
| 2.4.4 差异分析 | 第35-37页 |
| 第三章 结果分析 | 第37-59页 |
| 3.1 自噬基因缺失小鼠 | 第37-39页 |
| 3.1.1 小鼠基因型鉴定与敲除效率检测 | 第37页 |
| 3.1.2 小鼠自噬信号检测 | 第37-39页 |
| 3.1.3 肠道上皮潘氏细胞及黏膜蛋白MUC2检测 | 第39页 |
| 3.2 小鼠肠道微生物测序和分类 | 第39-41页 |
| 3.3 小鼠肠道微生物比较 | 第41-55页 |
| 3.3.1 属水平三因素方差分析 | 第41-46页 |
| 3.3.2 不同基因型因素肠道微生物差异分析 | 第46-50页 |
| 3.3.3 各肠段不同基因型肠道微生物差异 | 第50-52页 |
| 3.3.4 不同肠段肠道微生物差异 | 第52-55页 |
| 3.4 差异微生物功能预测 | 第55-59页 |
| 第四章 讨论 | 第59-61页 |
| 4.1 各肠道段不同基因型差异菌功能及其动态变化 | 第59页 |
| 4.2 单个自噬基因对于宿主的效力 | 第59-60页 |
| 4.3 各肠段间、肠段与粪便间肠道微生物相似性稳定 | 第60-61页 |
| 第五章 结论 | 第61-62页 |
| 参考文献 | 第62-69页 |
| 致谢 | 第69-70页 |
| 攻读硕士学位期间已发表或录用的论文 | 第70-73页 |