| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-7页 |
| 目录 | 第8-11页 |
| 缩写含义和中文对照表 | 第11-13页 |
| 第1章 前言 | 第13-21页 |
| 1.1 直翅目昆虫线粒体基因组结构及研究现状 | 第13-14页 |
| 1.2 转录组学概述 | 第14页 |
| 1.3 转录组学研究的基本方法 | 第14-19页 |
| 1.3.1 EST技术 | 第15页 |
| 1.3.2 基因芯片技术 | 第15-16页 |
| 1.3.3 基因表达序列分析技术 | 第16页 |
| 1.3.4 大规模平行测序技术 | 第16-17页 |
| 1.3.5 高通量测序技术 | 第17-18页 |
| 1.3.6 转录组测序技术 | 第18-19页 |
| 1.4 线粒体转录组作图分析 | 第19-20页 |
| 1.5 东方蝼蛄研究进展 | 第20-21页 |
| 1.5.1 蝼蛄研究现状 | 第20页 |
| 1.5.2 本项目的研究内容与意义 | 第20-21页 |
| 第2章 实验材料与方法 | 第21-35页 |
| 2.1 标本采集与鉴定 | 第21页 |
| 2.2 实验仪器与试剂 | 第21-23页 |
| 2.2.1 实验仪器设备 | 第21-22页 |
| 2.2.2 主要试剂及溶液 | 第22-23页 |
| 2.3 实验方法 | 第23-35页 |
| 2.3.1 全mtDNA序列测定及分析 | 第23-27页 |
| 2.3.2 转录组研究 | 第27-34页 |
| 2.3.3 线粒体转录组作图研究 | 第34-35页 |
| 第3章 东方蝼蛄全线粒体基因组分析 | 第35-47页 |
| 3.1 总DNA提取及序列扩增 | 第35-36页 |
| 3.1.1 总DNA样品检测 | 第35页 |
| 3.1.2 L-PCR扩增及纯化结果 | 第35-36页 |
| 3.1.3 Sub-PCR扩增及纯化结果 | 第36页 |
| 3.2 序列拼接 | 第36页 |
| 3.3 全线粒体基因组分析 | 第36-44页 |
| 3.3.1 基因组结构及排序 | 第36-39页 |
| 3.3.2 碱基组成情况及三蝼蛄间碱基组成比较 | 第39-40页 |
| 3.3.3 蛋白质编码基因的密码子使用情况及氨基酸组成 | 第40-42页 |
| 3.3.4 tRNA和rRNA | 第42-44页 |
| 3.3.5 A+T富集区 | 第44页 |
| 3.4 三种蝼蛄线粒体基因组之间的遗传距离 | 第44页 |
| 3.5 小结与讨论 | 第44-47页 |
| 第4章 东方蝼蛄转录组结果与分析 | 第47-61页 |
| 4.1 总RNA样品检测 | 第47-49页 |
| 4.1.1 琼脂糖凝胶电泳检测 | 第47-48页 |
| 4.1.2 紫外分光光度仪检测 | 第48页 |
| 4.1.3 Agilent 2100 Bioanalyzer检测结果 | 第48-49页 |
| 4.2 测序原始数据统计 | 第49页 |
| 4.3 测序数据组装 | 第49-50页 |
| 4.4 All-Unigene蛋白编码框预测 | 第50-51页 |
| 4.5 All-Unigene的功能注释 | 第51-57页 |
| 4.5.1 All-Unigene GO功能分类 | 第52-54页 |
| 4.5.2 All-Unigene COG功能分类 | 第54-55页 |
| 4.5.3 All-Unigene的Nr注释 | 第55-56页 |
| 4.5.4 All-Unigene通路分析 | 第56-57页 |
| 4.6 All-Unigene SSR位点分析 | 第57-58页 |
| 4.7 All-Unigene SNP分析 | 第58页 |
| 4.8 小结与讨论 | 第58-61页 |
| 第5章 差异表达基因分析 | 第61-73页 |
| 5.1 差异基因的筛选与初步分析 | 第61-63页 |
| 5.2 差异Unigene的GO和Pathway分析 | 第63-71页 |
| 5.2.1 差异Unigene的GO功能注释和富集分析 | 第63-68页 |
| 5.2.2 差异Unigene的Pathway功能富集分析 | 第68-71页 |
| 5.3 小结与讨论 | 第71-73页 |
| 第6章 东方蝼蛄线粒体基因组转录作图分析 | 第73-77页 |
| 结论 | 第77-81页 |
| 参考文献 | 第81-89页 |
| 致谢 | 第89-91页 |
| 攻读硕士学位期间的研究成果 | 第91页 |
