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unliganded和liganded HIV-1 gp120的分子动力学模拟比较研究

摘要第3-5页
Abstract第5-6页
第一节 引言第9-15页
第二节 材料和方法第15-23页
    2.1 两种状态gp120结构的同源模建第15-19页
        2.1.1 序列的准备第15页
        2.1.2 模板的准备第15页
        2.1.3 模型的构建第15-18页
        2.1.4 模型可靠性评估第18-19页
    2.2 分子动力学模拟第19-21页
    2.3 几何性质分析第21页
    2.4 本质动力学分析第21-22页
    2.5 组合本质动力学分析第22页
    2.6 自由能图谱重构第22-23页
第三节 结果第23-45页
    3.1 两种状态gp120结构模型比较第23-26页
    3.2 分子动力学模拟轨迹稳定性和收敛性评价第26-29页
    3.3 两种状态gp120的几何性质比较第29-31页
    3.4 构象柔性第31-33页
    3.5 本质动力学分析第33-34页
    3.6 大尺度协同运动第34-38页
    3.7 组合本质动力学分析第38-41页
    3.8 构象空间采样第41-42页
    3.9 unliganded与liganded gp120的自由能图谱重构第42-45页
第四节 讨论第45-50页
第五节 结论第50-51页
附录第51-62页
    附录1 文中主要专业名词及缩略语第51-52页
    附录2 同源模建序列比对与结构生成的Modeller脚本第52-55页
    附录3 动力学模拟过程中所用的mdp文件参数第55-62页
参考文献第62-71页
致谢第71页

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