摘要 | 第3-5页 |
Abstract | 第5-6页 |
第一节 引言 | 第9-15页 |
第二节 材料和方法 | 第15-23页 |
2.1 两种状态gp120结构的同源模建 | 第15-19页 |
2.1.1 序列的准备 | 第15页 |
2.1.2 模板的准备 | 第15页 |
2.1.3 模型的构建 | 第15-18页 |
2.1.4 模型可靠性评估 | 第18-19页 |
2.2 分子动力学模拟 | 第19-21页 |
2.3 几何性质分析 | 第21页 |
2.4 本质动力学分析 | 第21-22页 |
2.5 组合本质动力学分析 | 第22页 |
2.6 自由能图谱重构 | 第22-23页 |
第三节 结果 | 第23-45页 |
3.1 两种状态gp120结构模型比较 | 第23-26页 |
3.2 分子动力学模拟轨迹稳定性和收敛性评价 | 第26-29页 |
3.3 两种状态gp120的几何性质比较 | 第29-31页 |
3.4 构象柔性 | 第31-33页 |
3.5 本质动力学分析 | 第33-34页 |
3.6 大尺度协同运动 | 第34-38页 |
3.7 组合本质动力学分析 | 第38-41页 |
3.8 构象空间采样 | 第41-42页 |
3.9 unliganded与liganded gp120的自由能图谱重构 | 第42-45页 |
第四节 讨论 | 第45-50页 |
第五节 结论 | 第50-51页 |
附录 | 第51-62页 |
附录1 文中主要专业名词及缩略语 | 第51-52页 |
附录2 同源模建序列比对与结构生成的Modeller脚本 | 第52-55页 |
附录3 动力学模拟过程中所用的mdp文件参数 | 第55-62页 |
参考文献 | 第62-71页 |
致谢 | 第71页 |