| 摘要 | 第6-8页 |
| Abstract | 第8-9页 |
| 第一章 绪论 | 第14-32页 |
| 1 全基因组关联研究简介 | 第14-16页 |
| 2 PBA方法简介 | 第16-20页 |
| 2.1 PBA原理算法 | 第17-18页 |
| 2.2 PBA数据输入 | 第18-19页 |
| 2.3 PBA原假设检验 | 第19页 |
| 2.4 PBA通路定义及通路资源 | 第19-20页 |
| 3 用于PBA的软件简介 | 第20-27页 |
| 3.1 i-GSEA4GWAS | 第20-21页 |
| 3.2 GenGen | 第21-22页 |
| 3.3 GESBAP | 第22-23页 |
| 3.4 GSA-SNP | 第23-24页 |
| 3.5 GSEA | 第24页 |
| 3.6 GSEA-SNP | 第24页 |
| 3.7 PLINK | 第24-25页 |
| 3.8 SNP ratio test | 第25-26页 |
| 3.9 ALIGATOR | 第26页 |
| 3.10 GRASS | 第26页 |
| 3.11 PlantGSEA | 第26-27页 |
| 4 水稻产业现状 | 第27-29页 |
| 5 水稻育种现状 | 第29-30页 |
| 6 水稻农艺性状研究进展 | 第30-31页 |
| 7 展望 | 第31-32页 |
| 第二章 课题研究意义及内容 | 第32-34页 |
| 1 选题意义 | 第32页 |
| 2 研究内容 | 第32-34页 |
| 第三章 材料与方法 | 第34-38页 |
| 1 水稻农艺性状数据收集 | 第34页 |
| 2 水稻农艺性状GWSA数据前处理 | 第34-35页 |
| 3 水稻通路选择 | 第35-36页 |
| 4 水稻农艺性状关联通路鉴定 | 第36-38页 |
| 4.1 GSEA鉴定水稻农艺性状关联通路 | 第36-37页 |
| 4.2 PlantGSEA鉴定水稻农艺性状关联通路 | 第37-38页 |
| 第四章 结果分析 | 第38-86页 |
| 1 水稻农艺性状数据 | 第38页 |
| 2 GSEA分析结果 | 第38-45页 |
| 3 PlantGSEA分析结果 | 第45-86页 |
| 3.1 水稻小穗数农艺性状关联分析 | 第68页 |
| 3.2 水稻粒重农艺性状的关联分析 | 第68-69页 |
| 3.3 水稻粒长农艺性状关联分析 | 第69-70页 |
| 3.4 水稻粒宽农艺性状关联分析 | 第70-71页 |
| 3.5 水稻谷粒糊化温度关联分析 | 第71-72页 |
| 3.6 水稻谷粒直链淀粉含量关联分析 | 第72-73页 |
| 3.7 水稻稃尖颜色农艺性状关联研究 | 第73-74页 |
| 3.8 水稻分蘖数农艺性状关联研究 | 第74-76页 |
| 3.9 水稻叶倾角农艺性状关联研究 | 第76-77页 |
| 3.10 水稻种皮颜色农艺性状关联研究 | 第77-79页 |
| 3.11 水稻颖壳颜色农艺性状关联研究 | 第79-80页 |
| 3.12 水稻抽橞天数农艺性状关联研究 | 第80-82页 |
| 3.13 水稻抗逆性农艺性状关联研究 | 第82-83页 |
| 3.14 水稻落粒性程度的关联分析 | 第83-86页 |
| 第五章 总结 | 第86-90页 |
| 第六章 致谢 | 第90-91页 |
| 参考文献 | 第91-107页 |
| 附件A (攻读学位其间发表论文目录) | 第107-108页 |
| 附件B | 第108-192页 |