| 摘要 | 第1-4页 |
| Abstract | 第4-7页 |
| 第一章 绪论 | 第7-13页 |
| ·引言 | 第7-8页 |
| ·模体识别简介及相关概念 | 第8-10页 |
| ·模体 | 第8-9页 |
| ·模体的表示方法 | 第9-10页 |
| ·模体识别问题 | 第10页 |
| ·本文所做的工作 | 第10-13页 |
| 第二章 模体识别问题的研究现状 | 第13-21页 |
| ·描述模体识别问题的方法 | 第13-14页 |
| ·基于枚举的方法 | 第13-14页 |
| ·基于局部搜索的方法 | 第14页 |
| ·常见模体模型 | 第14-15页 |
| ·模体评分标准 | 第15-17页 |
| ·信息容量 | 第15-16页 |
| ·信息容量的P值方法 | 第16-17页 |
| ·一致性得分 | 第17页 |
| ·对数似然值 | 第17页 |
| ·研究现状存在的问题 | 第17-19页 |
| ·本章小结 | 第19-21页 |
| 第三章 基于三阶马尔科夫模型和最大流的模体识别算法 | 第21-43页 |
| ·算法的提出 | 第21-22页 |
| ·TMMF模体识别算法描述 | 第22-26页 |
| ·TMMF模体识别算法 | 第22-23页 |
| ·算法中模体的表示形式 | 第23-24页 |
| ·密度函数的选择 | 第24-26页 |
| ·构造碱基序列加权图 | 第26-35页 |
| ·碱基的编码方式 | 第27-28页 |
| ·k-mer转换成图中顶点的方法 | 第28-29页 |
| ·碱基之间依赖关系的解决方法 | 第29-32页 |
| ·背景模型的计算 | 第32-33页 |
| ·k-mer之间相似性的定义方法 | 第33-35页 |
| ·求解最大密度子图 | 第35-41页 |
| ·FIFO最大流算法 | 第36-40页 |
| ·最小割原理及实现方法 | 第40-41页 |
| ·重新创建图方法 | 第41页 |
| ·算法时间复杂度分析 | 第41-42页 |
| ·本章小结 | 第42-43页 |
| 第四章 实验结果与分析 | 第43-47页 |
| ·实验结果 | 第43-45页 |
| ·实验结果的分析 | 第45页 |
| ·本章小结 | 第45-47页 |
| 第五章 结束语 | 第47-49页 |
| 致谢 | 第49-51页 |
| 参考文献 | 第51-54页 |