| 摘要 | 第6-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 缩略词表 | 第9-10页 |
| 1. 前言 | 第10-19页 |
| 1.1 DNA与DNA间交互的研究方法 | 第10-12页 |
| 1.2 ChIA-PET实验方法 | 第12-14页 |
| 1.3 目前已有的ChIA-PET数据处理方法 | 第14-15页 |
| 1.4 ChIA-PET技术应用 | 第15-16页 |
| 1.5 数据库平台 | 第16-17页 |
| 1.6 本课题的目的和意义 | 第17-19页 |
| 2. ChIA-PET Tool-v3.0 软件更新 | 第19-32页 |
| 2.1 引言 | 第19-21页 |
| 2.1.1 linker过滤 | 第19-20页 |
| 2.1.2 比对到参考基因组 | 第20页 |
| 2.1.3 PET分类 | 第20-21页 |
| 2.1.4 结合位点分析 | 第21页 |
| 2.1.5 染色质交互分析 | 第21页 |
| 2.1.6 ChIA-PET数据可视化 | 第21页 |
| 2.2 材料和方法 | 第21-28页 |
| 2.2.1 数据及软件 | 第21-23页 |
| 2.2.2 ChIA-PET Tool-v3.0 的修改 | 第23-26页 |
| 2.2.3 ChIA-PET数据处理 | 第26-28页 |
| 2.3 结果与分析 | 第28-32页 |
| 3. ChIA-PET数据库 | 第32-52页 |
| 3.1 概述 | 第32页 |
| 3.2 数据库基本功能 | 第32-40页 |
| 3.2.1 后台数据的上传 | 第32-36页 |
| 3.2.2 数据库网页功能总述 | 第36-37页 |
| 3.2.3 数据下载 | 第37-38页 |
| 3.2.4 数据及文献统计概要 | 第38-40页 |
| 3.3 交互结果的应用 | 第40-52页 |
| 3.3.1 交互界面入口 | 第40-42页 |
| 3.3.2 基本信息的统计 | 第42-45页 |
| 3.3.3 染色体间的交互展示 | 第45-46页 |
| 3.3.4 单个区域的三级交互网络 | 第46-49页 |
| 3.3.5 两个区域之间交互的查找 | 第49-51页 |
| 3.3.6 单区域交互查找 | 第51-52页 |
| 4. 讨论和展望 | 第52-53页 |
| 参考文献 | 第53-59页 |
| 附录 1. ChIA-PET相关名词介绍 | 第59-60页 |
| 附录 2. ChIA-PET Tool-v3.0 数据处理结果 | 第60-66页 |
| 附录 3. 硕士期间发表的论文 | 第66-67页 |
| 致谢 | 第67页 |
