| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5页 |
| 第一章 绪论 | 第12-29页 |
| 1.1 引言 | 第12-15页 |
| 1.3 | 第15-18页 |
| 1.3.1 全细胞可溶性蛋白电泳分析 | 第15页 |
| 1.3.2 多位点酶电泳 | 第15-16页 |
| 1.3.3 限制性片段长度多态性 | 第16页 |
| 1.3.4 重复序列指纹图谱分析技术 | 第16-17页 |
| 1.3.5 细胞脂肪酸成分分析 | 第17页 |
| 1.3.6 扩增片段长度多态性 | 第17页 |
| 1.3.7 持家基因序列分析 | 第17-18页 |
| 1.4 类芽胞杆菌新兴组学的研究进展 | 第18-24页 |
| 1.4.1 全基因组测序技术 | 第18-22页 |
| 1.4.2 基因组学 | 第22-23页 |
| 1.4.3 转录组学 | 第23-24页 |
| 1.4.4 蛋白质组学 | 第24页 |
| 1.5 固氮类芽胞杆菌的应用研究进展 | 第24-25页 |
| 1.6 固氮基因的进化 | 第25-27页 |
| 1.7 本研究的方案、目的及意义 | 第27-28页 |
| 1.8 技术路线 | 第28-29页 |
| 第二章 固氮类芽胞杆菌的筛选及功能验证 | 第29-50页 |
| 2.1 引言 | 第29页 |
| 2.2 实验材料 | 第29-32页 |
| 2.2.1 土样的采集 | 第29-30页 |
| 2.2.2 培养基 | 第30-31页 |
| 2.2.3 所用引物 | 第31页 |
| 2.2.4 抗生素 | 第31页 |
| 2.2.5 菌株及参比菌株 | 第31-32页 |
| 2.3 实验方法 | 第32-40页 |
| 2.3.1 样品处理 | 第32页 |
| 2.3.2 纯化菌种 | 第32页 |
| 2.3.3 固氮酶活的测定 | 第32-34页 |
| 2.3.4 生理生化实验 | 第34-36页 |
| 2.3.5 耐药性实验 | 第36页 |
| 2.3.6 电镜观察 | 第36页 |
| 2.3.7 脂肪酸种类的分析 | 第36-37页 |
| 2.3.8 醌的提取、分析 | 第37-38页 |
| 2.3.9 磷脂的提取和分析 | 第38-39页 |
| 2.3.10 细胞壁氨基酸组分的提取及分析 | 第39页 |
| 2.3.11 DNA(G+C)mol%含量和同源性测定 | 第39-40页 |
| 2.4 实验结果及分析 | 第40-48页 |
| 2.4.1 筛选固氮菌株 | 第40页 |
| 2.4.2 序列分析及系统发育树的构建 | 第40-42页 |
| 2.4.3 固氮酶活的测定 | 第42页 |
| 2.4.4 DNA-DNA同源性分析及G+C mol%含量的测定结果 | 第42-43页 |
| 2.4.5 生理生化实验 | 第43-44页 |
| 2.4.6 电镜观察 | 第44-45页 |
| 2.4.7 脂肪酸含量测定 | 第45-46页 |
| 2.4.8 细胞壁氨基酸组分分析 | 第46页 |
| 2.4.9 抗药性实验 | 第46-47页 |
| 2.4.10 极性脂含量测定 | 第47-48页 |
| 2.4.11 醌含量测定 | 第48页 |
| 2.5 结果与讨论 | 第48-50页 |
| 第三章 固氮类芽胞杆菌的比较基因组学研究 | 第50-102页 |
| 3.1 引言 | 第50-51页 |
| 3.2 实验材料 | 第51-53页 |
| 3.2.1 全基因组测序菌株 | 第51-52页 |
| 3.2.2 NCBI下载菌株 | 第52-53页 |
| 3.2.3 试剂 | 第53页 |
| 3.3 实验方法 | 第53-63页 |
| 3.3.1 基因组DNA提取和检测 | 第53-54页 |
| 3.3.2 全基因组序列测定 | 第54-55页 |
| 3.3.3 测序菌株抗病性试验 | 第55页 |
| 3.3.4 测序菌株固氮酶活测定(~(15)N同位素标记法) | 第55页 |
| 3.3.5 生物信息学分析 | 第55-63页 |
| 3.4 结果与分析 | 第63-94页 |
| 3.4.1 DNA提取 | 第63-64页 |
| 3.4.2 13株类芽胞杆菌测序结果 | 第64-65页 |
| 3.4.3 基因组拼接评估结果 | 第65-66页 |
| 3.4.4 类芽胞杆菌属物种树构建 | 第66-68页 |
| 3.4.5 类芽胞杆菌ANI值和基因序列ANI值 | 第68-69页 |
| 3.4.6 类芽胞杆菌属核心基因组和泛基因组 | 第69-71页 |
| 3.4.7 类芽胞杆菌噬菌体分析 | 第71-77页 |
| 3.4.8 次生代谢基因簇分析 | 第77-79页 |
| 3.4.9 15株固氮菌株的核心基因与泛基因组 | 第79-81页 |
| 3.4.10 固氮类芽胞杆菌固氮基因进化 | 第81-88页 |
| 3.4.11 固氮类芽胞杆菌与非固氮类芽胞杆菌基因富集结果比较 | 第88-90页 |
| 3.4.12 固氮基因簇整合热点分析 | 第90-92页 |
| 3.4.13 固氮基因簇nifBHDKENXhesAnifV功能分析 | 第92-93页 |
| 3.4.14 类芽胞杆菌属固氮起源与进化历程 | 第93-94页 |
| 3.5 讨论 | 第94-102页 |
| 3.5.1 平均核酸序列一致性指数(ANI)可以准确定义类芽胞杆菌物种 | 第94-95页 |
| 3.5.2 类芽胞杆菌属的水平基因转移现象 | 第95-96页 |
| 3.5.3 进化树构建 | 第96页 |
| 3.5.4 固氮类芽胞杆菌的多拷贝固氮基因 | 第96-101页 |
| 3.5.5 固氮基因簇nifBHDKENXhesAnifV可能为一个完整的功能单元 | 第101-102页 |
| 结论与展望 | 第102-104页 |
| 结论 | 第102-103页 |
| 展望 | 第103-104页 |
| 参考文献 | 第104-112页 |
| 附录 | 第112-162页 |
| 致谢 | 第162-163页 |
| 个人简历 | 第163页 |
