| 摘要 | 第6-8页 |
| ABSTRACT | 第8-9页 |
| 第一章 文献综述 | 第13-26页 |
| 1.1 人类及小鼠基因组百科全书研究计划的概述 | 第15页 |
| 1.2 增强子功能的研究进展 | 第15-18页 |
| 1.2.1 增强子的定义及功能研究 | 第15-18页 |
| 1.3 Chromosome conformation capture (3C)相关技术研究进展 | 第18-22页 |
| 1.3.1 3C, 4C, 5C, Hi-C技术 | 第18-21页 |
| 1.3.2 CHIA-PET技术 | 第21-22页 |
| 1.4 基因组规模增强子远距离调控的研究进展 | 第22-23页 |
| 1.5 CTCF蛋白在染色质高级构像及基因调控作用的研究进展 | 第23-24页 |
| 1.5.1 CTCF蛋白的经典功能概述 | 第23-24页 |
| 1.5.2 CTCF蛋白最新功能的研究进展 | 第24页 |
| 1.6 本研究的目与意义 | 第24-26页 |
| 第二章 Super-C方法全基因组范围（Mouse ES/Th2）相互作用分析 | 第26-55页 |
| 2.1 材料与方法 | 第26-38页 |
| 2.1.1 主要材料 | 第26页 |
| 2.1.2 主要试剂和仪器 | 第26-27页 |
| 2.1.3 主要试验方法 | 第27-38页 |
| 2.2 实验结果与讨论 | 第38-54页 |
| 2.2.1 Supe-C方法的开发 | 第38-40页 |
| 2.2.2 Super-C相互作用分辨率的分析 | 第40-41页 |
| 2.2.3 基因组范围鉴定特异性增强子-启动子远距离相互作用 | 第41-44页 |
| 2.2.4 Th2细胞中基因组范围增强子-启动子相互作用分析 | 第44-46页 |
| 2.2.5 ES/Th2细胞拓扑力构结构域的异同 | 第46页 |
| 2.2.6 基因表达与启动子区相互作用的数量呈正相关 | 第46-50页 |
| 2.2.7 CTCF结合呈正相关与染色质相互作用，增强子活性和基因表达 | 第50-53页 |
| 2.2.8 CTCF位点和增强子互作增加增强子启动子的相互作用 | 第53-54页 |
| 2.3 本章小结 | 第54-55页 |
| 第三章 相关DNA片段增强子活性的检测 | 第55-61页 |
| 3.1 材料与方法 | 第55-58页 |
| 3.1.1 主要试剂与仪器 | 第55页 |
| 3.1.2 主要仪器 | 第55页 |
| 3.1.3 主要方法 | 第55页 |
| 3.1.4 引物合成及载体构建 | 第55-57页 |
| 3.1.5 细胞培养与转染 | 第57-58页 |
| 3.1.6 荧光素酶活性检测 | 第58页 |
| 3.2 实验结果及讨论 | 第58-60页 |
| 3.2.1 pGL4.23-luc/minP-EnX载体的构建 | 第58-59页 |
| 3.2.2 不同DNA片段在 3T3细胞中的活性分析 | 第59-60页 |
| 3.3 本章小结 | 第60-61页 |
| 第四章 CTCF介导增强子-启动子远距离相互作用（CRISPR/CAS9验证） | 第61-77页 |
| 4.1 材料与方法 | 第62-67页 |
| 4.1.1 主要试剂与仪器 | 第62页 |
| 4.1.2 主要仪器 | 第62页 |
| 4.1.3 主要方法 | 第62-67页 |
| 4.2. 实验结果及讨论 | 第67-76页 |
| 4.2.1 多个基因附近有多个CTCF结合位点的敲除 | 第67-72页 |
| 4.2.2 Sell基因下游CTCF结合位点的敲除 | 第72-75页 |
| 4.2.3 Runx3基因上游CTCF结合位点的敲除 | 第75-76页 |
| 4.4 本章小结 | 第76-77页 |
| 第五章 CTCF基因的RNA干扰研究 | 第77-85页 |
| 5.1 材料与方法 | 第77-79页 |
| 5.1.1 主要试剂与仪器 | 第77页 |
| 5.1.2 主要方法 | 第77-79页 |
| 5.2 实验结果及讨论 | 第79-84页 |
| 5.2.1 shRNA片段的克隆及鉴定 | 第79-80页 |
| 5.2.2 有效干扰序列的筛选 | 第80-81页 |
| 5.2.3 EL4细胞的转染 | 第81-82页 |
| 5.2.4 CTCF基因沉默的结果与分析 | 第82-84页 |
| 5.3 本章小结 | 第84-85页 |
| 第六章 CTCF蛋白的“转录稳定剂”作用研究 | 第85-89页 |
| 6.1 试验材料与方法 | 第85-86页 |
| 6.1.1 主要试剂与仪器 | 第85页 |
| 6.1.2 主要方法 | 第85-86页 |
| 6.2 数据分析 | 第86页 |
| 6.3 实验结果及分析 | 第86-87页 |
| 6.4 本章小结 | 第87-89页 |
| 第七章 在细胞抗病毒不同阶段IRF1和IRF2对TLR3基因转录激活的调控 | 第89-104页 |
| 7.1 材料与方法 | 第89-92页 |
| 7.1.1 主要材料 | 第89页 |
| 7.1.2 主要试剂和仪器 | 第89-90页 |
| 7.1.3 主要试验方法 | 第90-92页 |
| 7.2 实验结果与讨论 | 第92-103页 |
| 7.2.1 干扰素调节因子IRF1、IRF2结合位点介导BAF复合物发挥作用 | 第92-94页 |
| 7.2.2 IRF1、IRF2在TLR3基因表达调控中功能不同 | 第94-96页 |
| 7.2.3 IRF1、IRF2的蛋白水平决定其与TLR3基因启动子的结合 | 第96-98页 |
| 7.2.4 IRF2维持TLR3基因启动子区域保持染色质开放性、活性组蛋白修饰 | 第98-100页 |
| 7.2.5 IRF2介导BAF复合物结合到其他干扰素下游靶基因 | 第100-103页 |
| 7.3 本章小结 | 第103-104页 |
| 结论 | 第104-105页 |
| 本研究的创新点 | 第105-106页 |
| 存在问题及展望 | 第106-108页 |
| 参考文献 | 第108-123页 |
| 致谢 | 第123-124页 |
| 作者简介 | 第124-125页 |
