基因变异模拟器的设计与实现
| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5页 |
| 第1章 绪论 | 第9-16页 |
| 1.1 课题背景及研究的目的和意义 | 第9页 |
| 1.2 与本课题有关的国内外研究状况 | 第9-14页 |
| 1.2.1 生物信息学研究综述 | 第9-12页 |
| 1.2.2 国外生物信息学研究状况 | 第12页 |
| 1.2.3 国内生物信息学研究状况 | 第12-13页 |
| 1.2.4 具有代表性基因项目 | 第13-14页 |
| 1.3 本文的主要研究内容和论文结构 | 第14-16页 |
| 第2章 基因变异模拟器的需求分析 | 第16-27页 |
| 2.1 基因变异模拟器业务需求 | 第16-18页 |
| 2.2 基因变异模拟器功能需求 | 第18-19页 |
| 2.3 基因变异模拟器非功能需求 | 第19页 |
| 2.4 基因变异模拟器用例分析 | 第19-21页 |
| 2.5 基因变异模拟器数据流分析 | 第21-25页 |
| 2.6 技术条件和环境需求 | 第25-26页 |
| 2.6.1 环境要求 | 第25页 |
| 2.6.2 技术条件 | 第25页 |
| 2.6.3 试验条件 | 第25-26页 |
| 2.7 本章小结 | 第26-27页 |
| 第3章 基因变异模拟器的设计 | 第27-40页 |
| 3.1 基因变异模拟器总体结构设计 | 第27-28页 |
| 3.2 功能结构设计 | 第28-34页 |
| 3.2.1 解析文件子模块设计 | 第29-30页 |
| 3.2.2 变异信息生成子模块设计 | 第30-31页 |
| 3.2.3 变异序列生成子模块设计 | 第31-33页 |
| 3.2.4 变异序列生成子模块设计 | 第33-34页 |
| 3.3 模块间交互 | 第34-35页 |
| 3.4 关键技术 | 第35-39页 |
| 3.4.1 并行化 | 第35-36页 |
| 3.4.2 数据传输 | 第36-37页 |
| 3.4.3 数据操作 | 第37-39页 |
| 3.5 本章小结 | 第39-40页 |
| 第4章 基因变异模拟器的实现 | 第40-62页 |
| 4.1 解析文件模块的实现 | 第40-45页 |
| 4.1.1 模拟器配置初始化实现 | 第40-42页 |
| 4.1.2 输入文件解析实现 | 第42-45页 |
| 4.2 变异信息生成模块的实现 | 第45-52页 |
| 4.2.1 模块主体实现 | 第45页 |
| 4.2.2 替换变异的实现 | 第45-47页 |
| 4.2.3 插入变异的实现 | 第47-49页 |
| 4.2.4 缺失变异的实现 | 第49-50页 |
| 4.2.5 重复信息变异的实现 | 第50-52页 |
| 4.3 变异序列生成模块的实现 | 第52-60页 |
| 4.3.1 序列变异初始化的实现 | 第52-53页 |
| 4.3.2 设置序列片段信息的实现 | 第53-56页 |
| 4.3.3 生成序列片段的实现 | 第56-57页 |
| 4.3.4 生成全部序列的实现 | 第57-60页 |
| 4.4 输出处理模块的实现 | 第60-61页 |
| 4.6 本章小结 | 第61-62页 |
| 第5章 基因变异模拟器的测试分析 | 第62-85页 |
| 5.1 模拟器运行与配置测试 | 第62-70页 |
| 5.1.1 模拟器运行参数配置测试 | 第62-66页 |
| 5.1.2 模拟器运行模式配置测试 | 第66-68页 |
| 5.1.3 测试结果 | 第68-70页 |
| 5.2 基因变异过程测试 | 第70-77页 |
| 5.2.1 单核苷酸多态性变异测试 | 第70-71页 |
| 5.2.2 插入变异测试 | 第71-73页 |
| 5.2.3 缺失变异测试 | 第73-74页 |
| 5.2.4 自动变异测试 | 第74-75页 |
| 5.2.5 测试结果 | 第75-77页 |
| 5.3 变异序列生成测试 | 第77-79页 |
| 5.3.1 Illumina 格式模拟测试 | 第77页 |
| 5.3.2 Ion Torrent 格式模拟测试 | 第77-78页 |
| 5.3.3 SOLiD 格式模拟测试 | 第78-79页 |
| 5.3.4 测试结果 | 第79页 |
| 5.4 基因变异模拟器非功能测试 | 第79-84页 |
| 5.4.1 模拟器性能测试 | 第80-81页 |
| 5.4.2 容错性能测试 | 第81-83页 |
| 5.4.3 测试结果 | 第83-84页 |
| 5.5 本章小结 | 第84-85页 |
| 结论 | 第85-87页 |
| 参考文献 | 第87-91页 |
| 致谢 | 第91-92页 |
| 个人简历 | 第92页 |
