| 中文摘要 | 第1-9页 |
| ABSTRACT | 第9-11页 |
| 缩略词 | 第11-12页 |
| 第一章 文献综述 | 第12-20页 |
| 1. 选题的目的与意义 | 第12页 |
| 2. 环境微生物区系的研究进展 | 第12-20页 |
| ·环境微生物区系的概念 | 第12-13页 |
| ·底泥微生物区系的多样性 | 第13页 |
| ·底泥微生物的生态功能 | 第13页 |
| ·底泥微生物菌群的主要研究方法 | 第13-20页 |
| ·传统的微生物纯培养法 | 第14页 |
| ·Biolog 分析方法 | 第14-15页 |
| ·磷脂脂肪酸方法 | 第15-16页 |
| ·分子生态学方法 | 第16-20页 |
| 第二章 材料与方法 | 第20-33页 |
| 1. 样品的采集 | 第20-21页 |
| 2. 主要试剂 | 第21-22页 |
| 3. 主要培养基 | 第22页 |
| 4. 主要仪器 | 第22-23页 |
| 5. 可培养细菌数量的研究 | 第23-24页 |
| ·样品处理 | 第23页 |
| ·细菌计数 | 第23-24页 |
| 6.大肠菌群的数量 | 第24页 |
| ·样品处理 | 第24页 |
| ·乳糖发酵试验 | 第24页 |
| ·分离培养和证实实验 | 第24页 |
| ·结果判定 | 第24页 |
| 7. 硝化细菌、亚硝化细菌和反硝化细菌计数 | 第24-27页 |
| ·样品处理 | 第24-25页 |
| ·培养 | 第25页 |
| ·硝化细菌的测定 | 第25页 |
| ·亚硝化细菌的测定 | 第25-26页 |
| ·反硝化细菌的测定 | 第26-27页 |
| ·结果判定 | 第27页 |
| 8. 可培养菌的分离 | 第27页 |
| ·菌种的分离和纯化 | 第27页 |
| ·菌种保藏 | 第27页 |
| ·斜面保藏 | 第27页 |
| ·甘油管保藏 | 第27页 |
| 9. 可培养菌的鉴定 | 第27-29页 |
| ·可培养菌的基因组 DNA 提取 | 第27-28页 |
| ·可培养菌的 16S rDNA 的 PCR 扩增 | 第28-29页 |
| ·基于 16S rDNA 序列的菌种鉴定 | 第29页 |
| 10. DGGE 法比较底泥样品中细菌类群的差异 | 第29-31页 |
| ·底泥样品的预处理 | 第29-30页 |
| ·细菌基因组总 DNA 的提取 | 第30页 |
| ·细菌基因组总 DNA PCR 扩增 | 第30页 |
| ·电泳实验的操作 | 第30-31页 |
| 11. 基于高通量测序的底泥样品细菌菌群分析 | 第31-33页 |
| ·16S 项目文库构建实验方法 | 第31-32页 |
| ·测序数据分析 | 第32-33页 |
| 第三章 小清河（济南段）采样点的结果与分析 | 第33-66页 |
| 1. 样品的基本性质 | 第33-35页 |
| ·含水率及水质基本性质 | 第33页 |
| ·淤泥样品 | 第33-35页 |
| ·讨论 | 第35页 |
| 2. 细菌计数 | 第35-36页 |
| ·结果 | 第35-36页 |
| ·讨论 | 第36页 |
| 3. 大肠菌群计数 | 第36-38页 |
| ·结果 | 第37页 |
| ·讨论 | 第37-38页 |
| 4. 硝化细菌、亚硝化细菌和反硝化细菌计数 | 第38-40页 |
| ·结果 | 第38-40页 |
| ·讨论 | 第40页 |
| 5. 可培养细菌的种类 | 第40-57页 |
| ·结果 | 第40-54页 |
| ·讨论 | 第54-57页 |
| ·可培养菌的分布及比例 | 第54-57页 |
| ·部分致病菌或兼性致病菌的分布及其比例 | 第57页 |
| 6. 基于非培养条件的细菌多样性分析—DGGE 法检测结果 | 第57-60页 |
| ·DGGE 试验条件的优化 | 第57-58页 |
| ·PCR 引物的选择和退火温度的确定 | 第58页 |
| ·提高 PCR 的扩增效率 | 第58-59页 |
| ·DGGE 法检测结果 | 第59-60页 |
| ·讨论 | 第60页 |
| 7 .基于非培养条件的细菌多样性分析—高通量法检测结果 | 第60-66页 |
| ·样品的测序数量及质量信息 | 第60页 |
| ·主要细菌菌群的基本信息 | 第60-62页 |
| ·样品间的 Venn 图分析 | 第62-63页 |
| ·样品间的相似度分析 | 第63-65页 |
| ·讨论 | 第65-66页 |
| 第四章 小清河下游 8 个采样点的结果与分析 | 第66-94页 |
| 1. 样品的基本性质 | 第66-68页 |
| ·含水率及水质基本性质 | 第66页 |
| ·淤泥样品 | 第66-68页 |
| ·讨论 | 第68页 |
| 2. 细菌计数 | 第68-70页 |
| ·结果 | 第68-70页 |
| ·讨论 | 第70页 |
| 3. 大肠菌群计数 | 第70-71页 |
| ·结果 | 第70页 |
| ·讨论 | 第70-71页 |
| 4. 硝化细菌、亚硝化细菌和反硝化细菌计数 | 第71-72页 |
| ·结果 | 第71-72页 |
| ·结论 | 第72页 |
| 5. 可培养细菌的种类 | 第72-90页 |
| ·结果 | 第72-87页 |
| ·讨论 | 第87-90页 |
| ·菌群的分布及比例 | 第87-89页 |
| ·致病菌或兼性致病菌的分布及比例 | 第89-90页 |
| 6. 基于非培养条件的细菌多样性分析—高通量法检测结果 | 第90-94页 |
| ·样品的测序数量及其质量信息 | 第90页 |
| ·主要细菌菌群的基本信息 | 第90-91页 |
| ·样品间的 Venn 图分析 | 第91-92页 |
| ·样品间的相似度分析 | 第92-93页 |
| ·讨论 | 第93-94页 |
| 第五章 论文总结 | 第94-96页 |
| 参考文献 | 第96-103页 |
| 致谢 | 第103-104页 |
| 攻读硕士期间发表的学术论文 | 第104页 |
