| 目录 | 第1-7页 |
| 图表索引 | 第7-11页 |
| 英语缩略词 | 第11-13页 |
| 摘要 | 第13-14页 |
| Abstract | 第14-16页 |
| 第一章 导论(含文献综述) | 第16-30页 |
| 1. 早期诊断在癌症防治中意义重大 | 第17-19页 |
| ·早期筛查可以有效降低癌症患者死亡率 | 第17-18页 |
| ·发现新的分子标志物有助于提高癌症早期诊断水平 | 第18-19页 |
| 2. 分子分型为癌症个体化治疗提供保障 | 第19-23页 |
| ·现有临床指标不足以满足癌症个体化治疗的需求 | 第19页 |
| ·分子诊断指导下的肿瘤分子靶向治疗 | 第19-21页 |
| ·恶性肿瘤分子分型的研究进展及面临的挑战 | 第21-23页 |
| 3. 区域化癌变与恶性肿瘤发生发展的关系 | 第23-25页 |
| ·区域化癌变假说的建立及发展 | 第23-24页 |
| ·癌区域相关分子改变在肿瘤诊断中的潜在应用 | 第24页 |
| ·癌区域相关分子改变与肿瘤预后的关系 | 第24-25页 |
| 4. EMT参与肿瘤侵袭转移的机制 | 第25-28页 |
| ·上皮细胞发生EMT过程及相关信号通路 | 第25-26页 |
| ·EMT与肿瘤细胞侵袭转移的机制 | 第26-27页 |
| ·癌旁组织中存在EMT相关分子改变 | 第27-28页 |
| 5. 本课题的研究目的和基本策略 | 第28-30页 |
| 第二章 研究对象、材料与方法 | 第30-55页 |
| 1. 研究病例 | 第30-34页 |
| ·肺鳞癌组织及癌旁组织标本 | 第30页 |
| ·肺部良性疾病非病变肺组织标本 | 第30-32页 |
| ·健康人群、慢性乙型肝炎、肝硬化及肝细胞癌患者的血浆标本 | 第32-33页 |
| ·公共数据库下载的乳腺癌、肝细胞癌癌旁组织基因表达谱数据 | 第33-34页 |
| 2. 实验材料 | 第34-40页 |
| ·细胞系 | 第34页 |
| ·实时定量PCR引物序列 | 第34-35页 |
| ·主要试剂或试剂盒 | 第35-38页 |
| ·主要仪器及耗材 | 第38-40页 |
| 3. 实验方法 | 第40-50页 |
| ·新鲜组织标本的收集 | 第40页 |
| ·肺癌标本的组织病理学鉴定 | 第40-41页 |
| ·细胞培养及TGF-β1处理 | 第41页 |
| ·细胞免疫荧光染色 | 第41页 |
| ·细胞总蛋白提取、定量及Western blot分析 | 第41-42页 |
| ·总RNA样品提取、纯化与鉴定 | 第42-43页 |
| ·利用基因芯片检测mRNA表达谱 | 第43-47页 |
| ·RNA逆转录合成cDNA | 第47-48页 |
| ·实时荧光定量PCR分析 | 第48-49页 |
| ·石蜡包埋组织HE染色及免疫组织化学分析 | 第49-50页 |
| ·血浆标本收集和ELISA检测 | 第50页 |
| 4. 数据分析 | 第50-55页 |
| ·mRNA表达谱数据预处理 | 第50-51页 |
| ·差异表达基因分析 | 第51-52页 |
| ·非监督层次聚类及主成分分析 | 第52页 |
| ·基因集之间的富集分析 | 第52页 |
| ·基因表达分子亚型分析 | 第52-53页 |
| ·基因集与样本表型的富集分析 | 第53页 |
| ·基因共表达网络分析 | 第53页 |
| ·转录因子调控分析 | 第53-54页 |
| ·肿瘤患者的预后分析 | 第54页 |
| ·肿瘤诊断模型的建立及评价 | 第54页 |
| ·其他统计学分析 | 第54-55页 |
| 第三章 结果与讨论1：肺鳞癌组织及其癌旁组织基因表达谱分析 | 第55-86页 |
| 1. 基因芯片实验质量控制 | 第55-60页 |
| ·肺鳞癌组织及癌旁组织形态学特征 | 第55-56页 |
| ·组织样品RNA纯度、完整性质量控制 | 第56-58页 |
| ·基因芯片扫描数据质量控制 | 第58-60页 |
| 2. 肺鳞癌及其癌旁组织基因表达谱分析 | 第60-70页 |
| ·组织样本的临床表型构成比 | 第60-61页 |
| ·肺鳞癌组织与癌旁组织的差异表达基因分析 | 第61-66页 |
| ·肺鳞癌DNA拷贝数变异区域的基因表达水平分析 | 第66-68页 |
| ·已知癌基因、抑癌基因在肺鳞癌及癌旁组织中的表达水平 | 第68-70页 |
| 3. 肺鳞癌组织及癌旁组织分子亚型分析 | 第70-75页 |
| ·肺鳞癌及癌旁组织差异基因聚类分析 | 第70-71页 |
| ·文献报道肺鳞癌分子亚型在本数据集中的验证 | 第71-72页 |
| ·独立计算的肺鳞癌组织非监督分子分型 | 第72-74页 |
| ·肺鳞癌癌旁组织非监督分子分型 | 第74-75页 |
| 4. 肺鳞癌癌旁组织基因表达异常 | 第75-81页 |
| ·癌旁肺组织与非癌症病人肺组织在形态学上未见明显异常 | 第75-76页 |
| ·癌旁肺组织与非癌症病人肺组织在分子层面具有显著变化 | 第76-77页 |
| ·癌旁组织与肺鳞癌组织具有相似的基因表达变化 | 第77-79页 |
| ·癌旁肺组织处于癌变前分子状态 | 第79-80页 |
| ·癌旁组织比癌组织的分子异质性更小 | 第80-81页 |
| 5. 癌旁组织中基因表达改变与肿瘤进展相关 | 第81-86页 |
| ·肿瘤组织中基因表达谱与肺鳞癌分期未见显著关系 | 第81-83页 |
| ·癌旁组织基因表达与TNM分期及淋巴结转移显著相关 | 第83-84页 |
| ·淋巴结转移相关基因与细胞外基质、细胞运动相关 | 第84-86页 |
| 第四章 结果与讨论2：肺鳞癌癌旁组织分子异常与EMT相关 | 第86-108页 |
| 1. EMT过程参与肺鳞癌癌旁组织中基因异常表达 | 第86-95页 |
| ·HMLE细胞EMT模型相关基因与淋巴结转移显著相关 | 第86-88页 |
| ·以人永生化支气管上皮细胞M-BE构建EMT模型 | 第88-90页 |
| ·M-BE细胞EMT模型的基因表达谱分析 | 第90-91页 |
| ·M-BE细胞EMT模型相关基因与淋巴结转移显著相关 | 第91-95页 |
| 2. EMT相关诱导因子TGF-β1在肺鳞癌癌旁组织中异常表达 | 第95-96页 |
| 3. 癌旁组织中EMT相关基因表达调控机制 | 第96-108页 |
| ·M-BE细胞EMT模型中基因共表达网络的建立 | 第96-99页 |
| ·EMT过程各阶段特异的基因共表达网络 | 第99-102页 |
| ·癌旁组织中基因共表达调控网络 | 第102-103页 |
| ·EMT模型与癌旁组织中基因表达的共同调节机制 | 第103-108页 |
| 第五章 结果与讨论3：EMT相关潜在肿瘤标志物的验证 | 第108-126页 |
| 1. 从EMT模型中筛选并验证潜在分子标志物 | 第108-111页 |
| ·EMT模型与淋巴结转移共同的差异表达基因 | 第108-109页 |
| ·利用HMLE细胞EMT模型数据验证候选基因 | 第109-110页 |
| ·利用qPCR方法分别在细胞水平和组织水平验证候选基因 | 第110-111页 |
| 2. 癌旁组织中EMT相关基因表达与肺鳞癌、肝癌、乳腺癌预后相关 | 第111-116页 |
| ·EMT相关基因在癌旁组织中的表达与肺鳞癌患者预后相关 | 第111-113页 |
| ·EMT相关基因在癌旁组织中的表达与乳腺癌患者预后相关 | 第113-115页 |
| ·EMT相关基因在癌旁组织中的表达与肝癌患者预后相关 | 第115-116页 |
| 3. EMT相关基因的血浆蛋白水平在肝癌诊断及预后中的作用 | 第116-126页 |
| ·LTBP1血浆蛋白浓度是肝癌早期诊断的潜在标志物 | 第116-121页 |
| ·ECM1、FBN1血浆蛋白浓度与肝癌患者预后相关 | 第121-126页 |
| 小结 | 第126-127页 |
| 参考文献 | 第127-134页 |
| 基金资助 | 第134-135页 |
| 致谢 | 第135-137页 |
| 个人简历 | 第137页 |
