| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-12页 |
| 插图索引 | 第12-13页 |
| 附表索引 | 第13-14页 |
| 第1章 绪论 | 第14-20页 |
| ·研究目的与意义 | 第14-15页 |
| ·国内外研究现状 | 第15-17页 |
| ·本文主要工作 | 第17-18页 |
| ·本文结构组织 | 第18-20页 |
| 第2章 基因序列与结构的分析方法研究 | 第20-38页 |
| ·生物基础知识 | 第20-25页 |
| ·核酸序列 | 第20-21页 |
| ·蛋白质序列 | 第21-23页 |
| ·RNA二级结构 | 第23-25页 |
| ·序列比对 | 第25-27页 |
| ·双序列比对 | 第26页 |
| ·多序列比对 | 第26-27页 |
| ·基因序列分析的可视化方法 | 第27-29页 |
| ·RNA二级结构分析 | 第29-31页 |
| ·系统发育分析方法 | 第31-33页 |
| ·比对 | 第31-32页 |
| ·决定取代模型 | 第32页 |
| ·建树方法 | 第32-33页 |
| ·蛋白质亚细胞定位预测 | 第33-38页 |
| 第3章 基于最小编辑距离的高效序列比对算法研究 | 第38-44页 |
| ·引言 | 第38页 |
| ·动态规划算法 | 第38-39页 |
| ·改进的动态规划算法 | 第39-41页 |
| ·线性算法 | 第41-42页 |
| ·线性算法的实现 | 第42-43页 |
| ·小结 | 第43-44页 |
| 第4章 基于多维平面化图形的蚁群遗传多序列比对算法研究 | 第44-55页 |
| ·引言 | 第44-45页 |
| ·序列的平面化表示 | 第45-46页 |
| ·基于序列平面化表示的蚁群遗传多序列比对算法 | 第46-48页 |
| ·序列表示方法 | 第46页 |
| ·适度函数 | 第46-47页 |
| ·启发式信息值 | 第47页 |
| ·状态转移规则 | 第47页 |
| ·全信息素更新规则 | 第47-48页 |
| ·算法 | 第48页 |
| ·实验结果与分析 | 第48-53页 |
| ·与已有算法比较 | 第48-53页 |
| ·结果与讨论 | 第53页 |
| ·小结 | 第53-55页 |
| 第5章 基于编码的RNA二级结构比对算法研究 | 第55-68页 |
| ·引言 | 第55-56页 |
| ·基于三位编码的结构比对算法 | 第56-61页 |
| ·RNA二级结构三位编码的一般形式 | 第56-58页 |
| ·结构比对算法 | 第58-59页 |
| ·案例分析 | 第59-61页 |
| ·基于四位编码表示的结构比对算法 | 第61-67页 |
| ·RNA二级结构的四位编码表示方式 | 第61-64页 |
| ·新模型下的结构比对算法 | 第64-65页 |
| ·结构比对实例 | 第65-67页 |
| ·小结 | 第67-68页 |
| 第6章 基于2D图形表示的系统发育分析算法研究 | 第68-77页 |
| ·引言 | 第68-69页 |
| ·DNA序列的2D图形表示 | 第69-72页 |
| ·系统发育树构建方法 | 第72-76页 |
| ·小结 | 第76-77页 |
| 第7章 基于复合特征的凋亡蛋白质亚细胞定位预测 | 第77-85页 |
| ·引言 | 第77-78页 |
| ·蛋白序列编码 | 第78-79页 |
| ·距离频率 | 第78页 |
| ·特征向量 | 第78-79页 |
| ·实验与分析 | 第79-84页 |
| ·数据集 | 第79-80页 |
| ·支持向量机 | 第80-81页 |
| ·预测结果的分析与比较 | 第81-84页 |
| ·小结 | 第84-85页 |
| 结论 | 第85-89页 |
| 参考文献 | 第89-102页 |
| 致谢 | 第102-104页 |
| 附录A 攻读学位期间所撰写的学术论文 | 第104-106页 |
| 附录B 攻读学位期间所参与的研究项目 | 第106页 |