| 中文摘要 | 第1-15页 |
| 英文摘要 | 第15-19页 |
| 第一章 综述:核磁共振方法对蛋白质-配体复合物结构的测定 | 第19-47页 |
| 1.蛋白质-配体相互作用的表征 | 第21-23页 |
| ·解离常数 | 第21-22页 |
| ·慢交换 | 第22页 |
| ·快交换 | 第22页 |
| ·中等交换 | 第22-23页 |
| 2.样品初步研究 | 第23-26页 |
| ·溶解性和稳定性 | 第23页 |
| ·结合强度 | 第23-24页 |
| ·结合区域的确定 | 第24-25页 |
| ·复合物样品状态的优化 | 第25-26页 |
| 3.复合物结合界面的确定 | 第26-29页 |
| ·Chemical Shift Mapping | 第26-28页 |
| ·Transferred Nuclear Overhauser Effects(NOEs) | 第28页 |
| ·饱和转移 | 第28页 |
| ·Docking方法 | 第28-29页 |
| ·活性位点的化学信息 | 第29页 |
| 4.谱峰认证 | 第29-30页 |
| 5.分子间和分子内信息的分离 | 第30-38页 |
| ·X-Filter实验 | 第31-35页 |
| ·J-Resolved实验 | 第35-37页 |
| ·自旋标记 | 第37-38页 |
| 6.实验和标记策略 | 第38-40页 |
| ·蛋白质-小肽复合物 | 第38-39页 |
| ·蛋白质-蛋白质复合物 | 第39-40页 |
| ·大的蛋白质-蛋白质复合物 | 第40页 |
| 7.蛋白质复合物的结构计算 | 第40-43页 |
| ·几何约束 | 第41页 |
| ·实验约束 | 第41-42页 |
| ·结构计算 | 第42-43页 |
| 参考文献 | 第43-47页 |
| 第二章 人AF-6蛋白PDZ结构域与Bcr蛋白C末端小肽的复合物溶液结构测定及其主链动力学研究 | 第47-109页 |
| 第一部分 背景介绍 | 第47-63页 |
| 1.AF-6的功能 | 第47-52页 |
| ·AF-6是Ras和Rap1A的效应蛋白 | 第48-49页 |
| ·AF-6和酪氨酸激酶受体亚家族Eph结合 | 第49-50页 |
| ·AF-6是细胞间连接复合物的组成成分 | 第50-52页 |
| 2.AF-6的结构 | 第52-53页 |
| 3.PDZ的结构及功能 | 第53-54页 |
| 4.PDZ的作用模式 | 第54-57页 |
| ·PDZ结构域识别配体的C-末端 | 第54-55页 |
| ·PDZ结构域识别配体内部序列 | 第55-56页 |
| ·PDZ结构域之间相互作用,形成同二聚体 | 第56-57页 |
| 5.PDZ的分类 | 第57-59页 |
| ·基于配体序列的分类 | 第57-58页 |
| ·基于PDZ序列的分类 | 第58-59页 |
| 6.Bcr的结构和功能 | 第59-60页 |
| 7.AF-6与Bcr的相互作用 | 第60-61页 |
| 8.总结 | 第61-63页 |
| 第二部分 材料与方法 | 第63-86页 |
| 1.人AF-6蛋白PDZ结构域的表达与纯化 | 第63-64页 |
| 2.蛋白质纯度和浓度的测定 | 第64-66页 |
| 3.Bcr C-末端小肽的合成与纯化 | 第66-67页 |
| 4.核磁样品制备 | 第67-68页 |
| ·15N,13C标记样品AF-6 PDZ结构域的表达与纯化 | 第67页 |
| ·AF-6蛋白PDZ结构域/Bcr小肽复合物样品的制备 | 第67-68页 |
| 5.核磁数据采集及结构计算 | 第68-83页 |
| ·数据变换 | 第68-69页 |
| ·AF-6 PDZ/Bcr复合物中PDZ结构域的主链、侧链认证 | 第69-73页 |
| ·AF-6 PDZ/Bcr复合物中Bcr小肽的主链、侧链质子的认证 | 第73-74页 |
| ·二级结构的确定 | 第74-75页 |
| ·三维结构计算 | 第75-83页 |
| ·二面角约束 | 第75-76页 |
| ·距离约束 | 第76-79页 |
| ·氢键约束 | 第79-80页 |
| ·结构计算及结构优化 | 第80-83页 |
| 6.主链驰豫分析 | 第83页 |
| 7.沉降速率实验 | 第83-85页 |
| 8.蛋白质数据库投递 | 第85-86页 |
| 第三部分 结果与讨论 | 第86-105页 |
| 1.AF-6 PDZ结构域的表达纯化 | 第86-87页 |
| 2.AF-6 PDZ/Bcr复合物的溶液三维空间结构解析 | 第87-93页 |
| ·化学位移认证和二级结构预测 | 第87-89页 |
| ·结构计算 | 第89-91页 |
| ·AF-6 PDZ结构域/Bcr小肽复合物的溶液结构 | 第91-93页 |
| 3.AF-6 PDZ结构域与Bcr小肽之间的分子识别 | 第93-95页 |
| 4.AF-6 PDZ结构域结合态与自由态的结构比较 | 第95-96页 |
| 5.AF-6 PDZ结构域在结合态和自由态的主链动力学研究 | 第96-99页 |
| 6.PDZ的分类 | 第99-102页 |
| 7.生物学意义 | 第102-103页 |
| 8.总结 | 第103-105页 |
| 参考文献 | 第105-109页 |
| 第三章 SUMO-2/3与酶体系的克隆表达纯化及其相互作用的研究 | 第109-143页 |
| 第一部分 背景介绍 | 第109-125页 |
| 1.SUMO蛋白质家族 | 第110-112页 |
| 2.SUMO的结构特点 | 第112-114页 |
| 3.SUMO化修饰过程 | 第114-117页 |
| 4.SUMO化修饰的生物学功能 | 第117-123页 |
| ·调节蛋白质的核质运输 | 第117页 |
| ·调节蛋白质在细胞内定位 | 第117-119页 |
| ·转录活性调控 | 第119-120页 |
| ·对泛素化的拮抗作用 | 第120-121页 |
| ·细胞周期调控 | 第121-122页 |
| ·维持基因组完整性 | 第122页 |
| ·信号转导调控 | 第122-123页 |
| 5.SUMO化修饰对靶蛋白的调控机理 | 第123-124页 |
| ·与泛素化竞争以提高蛋白质稳定性 | 第123页 |
| ·调节蛋白质—蛋白质相互作用 | 第123页 |
| ·改变靶蛋白构象从而改变其功能 | 第123-124页 |
| 6.总结 | 第124-125页 |
| 第二部分 材料与方法 | 第125-132页 |
| 1.人SUMO-2/3蛋白基因的克隆 | 第125-127页 |
| ·目标基因的获得 | 第125页 |
| ·PCR产物连入pGEM-T载体进行目的片段的扩增 | 第125页 |
| ·载体pET-15b(+)的中量制备(碱裂解法) | 第125-126页 |
| ·pET-15b(+)与重组质粒的酶切、回收及pET-15b(+)与目标基因的连接 | 第126-127页 |
| ·Lys17的突变 | 第127页 |
| 2.人SUMO-2/3 K11R蛋白质的表达与纯化 | 第127-128页 |
| 3.人SUMO-2/3 K11R蛋白质的均一性和稳定性研究 | 第128页 |
| 4.人Ubc9蛋白质的表达与纯化 | 第128-129页 |
| 5.人SAE2/SAE1蛋白质的表达 | 第129-130页 |
| 6.体外SUMO共价修饰体系的构建及检测 | 第130页 |
| 7.Ubc9小肽的合成与纯化 | 第130-131页 |
| 8.化学位移干扰实验 | 第131-132页 |
| 第三部分 结果与讨论 | 第132-140页 |
| 1.人SUMO-2/3 K11R蛋白基因的克隆 | 第132-133页 |
| 2.人SUMO-2/3 K11R蛋白的表达纯化 | 第133-135页 |
| 3.人SUMO-2/3 K11R蛋白的NMR研究 | 第135-136页 |
| 4.人Ubc9蛋白质的表达纯化 | 第136-137页 |
| 5.人SAE2/SAE1蛋白质的表达 | 第137-138页 |
| 6.体外SUMO共价修饰体系的构建 | 第138页 |
| 7.Ubc9肽段滴定SUMO-2/3 K11R的化学干扰实验 | 第138-139页 |
| 8.总结 | 第139-140页 |
| 参考文献 | 第140-143页 |
| 致谢 | 第143-144页 |
| 发表论文 | 第144页 |
