| 摘要 | 第1-9页 |
| ABSTRACT | 第9-11页 |
| 第一部分 文献综述 | 第11-29页 |
| ·DNA微阵列技术简介 | 第11-24页 |
| ·DNA微阵列的分类 | 第11-12页 |
| ·DNA微阵列在细菌研究中的应用 | 第12-13页 |
| ·DNA微阵列的技术流程 | 第13-16页 |
| ·微阵列的制备 | 第14页 |
| ·分析样本制备 | 第14-15页 |
| ·微阵列杂交 | 第15-16页 |
| ·信号检测分析 | 第16页 |
| ·DNA微阵列的数据分析 | 第16-23页 |
| ·芯片数据的归一化处理 | 第16-19页 |
| ·DNA微阵列的数据挖掘 | 第19-23页 |
| ·DNA微阵列的数据验证及差异表达基因的功能验证 | 第23-24页 |
| ·粘细菌概论 | 第24页 |
| ·海洋粘细菌M.fulvus HW-1的基本性质 | 第24-25页 |
| ·双组分系统与外膜蛋白在渗透调节中的作用 | 第25-28页 |
| ·双组分系统 | 第25-27页 |
| ·双组分系统在渗透调节中的作用 | 第26页 |
| ·双组分系统在粘细菌中的作用 | 第26-27页 |
| ·外膜蛋白在渗透调节中的作用 | 第27-28页 |
| ·本文工作开展的思路 | 第28-29页 |
| 第二部分 粘细菌基因组序列分析 | 第29-39页 |
| ·实验材料和所用软件 | 第29-30页 |
| ·材料 | 第29页 |
| ·所用软件 | 第29-30页 |
| ·实验方法 | 第30-32页 |
| ·M.xanthus DK1622基因组开放阅读框(Open Reading Frames,ORFs)的识别 | 第30页 |
| ·基于序列相似性的基因功能预测 | 第30-31页 |
| ·基于结构域特征的基因功能预测 | 第31页 |
| ·靶基因的选择与引物设计 | 第31-32页 |
| ·结果与讨论 | 第32-38页 |
| ·M.xanthus DK1622基因组ORFs的识别 | 第32-34页 |
| ·基于结构域特征的基因产物功能预测 | 第34-37页 |
| ·外膜、胞周间隙及胞外蛋白基因的预测 | 第34-36页 |
| ·双组分系统相关基因的预测 | 第36-37页 |
| ·引物设计 | 第37-38页 |
| ·小结 | 第38-39页 |
| 第三部分 粘细菌DNA微阵列的制备 | 第39-52页 |
| ·实验材料 | 第39-41页 |
| ·菌株 | 第39页 |
| ·培养基 | 第39页 |
| ·试剂与试剂盒 | 第39-40页 |
| ·实验器材与仪器 | 第40-41页 |
| ·实验方法 | 第41-47页 |
| ·粘细菌基因组DNA的提取 | 第41-42页 |
| ·靶DNA的PCR扩增及产物纯化 | 第42-43页 |
| ·DNA微阵列的制备以及质量检测 | 第43-47页 |
| ·微阵列的设计 | 第43-44页 |
| ·微阵列的制备 | 第44页 |
| ·DNA微阵列的质量检测 | 第44-47页 |
| ·结果与讨论 | 第47-51页 |
| ·靶基因片段的PCR扩增与纯化 | 第47-49页 |
| ·芯片制备以及质量检测 | 第49-51页 |
| ·小结 | 第51-52页 |
| 第四部分 HW-1的盐激表达谱分析及差异表达基因的功能验证 | 第52-80页 |
| ·实验材料 | 第52-54页 |
| ·菌株与质粒 | 第52页 |
| ·培养基 | 第52-53页 |
| ·试剂与试剂盒 | 第53-54页 |
| ·实验器材与仪器 | 第54页 |
| ·分析软件 | 第54页 |
| ·实验方法 | 第54-64页 |
| ·M.fulvus HW-1在淡水与海水条件下的表达谱差异分析 | 第54-57页 |
| ·M.fulvus HW-1总RNA的提取 | 第54-55页 |
| ·RNA提取物的DNase I消化 | 第55-56页 |
| ·cDNA反转录合成 | 第56页 |
| ·cDNA产物的荧光标记 | 第56-57页 |
| ·芯片杂交与洗涤 | 第57页 |
| ·芯片杂交结果的检测与分析 | 第57页 |
| ·微阵列数据的实时荧光定量PCR验证 | 第57-59页 |
| ·实时荧光定量PCR引物的设计 | 第57-58页 |
| ·实时荧光定量PCR | 第58-59页 |
| ·基因缺失载体的构建 | 第59-64页 |
| ·同源臂引物设计 | 第59页 |
| ·上下游同源臂的PCR扩增 | 第59-60页 |
| ·上下游同源臂的连接及扩增 | 第60-62页 |
| ·载体pBJ113的预处理 | 第62页 |
| ·同源臂与载体的连接及验证 | 第62-64页 |
| ·结果与分析 | 第64-78页 |
| ·M.fulvus HW-1在淡水与海水条件下的表达谱差异分析 | 第64-71页 |
| ·M.fulvus HW-1总RNA的提取 | 第64-66页 |
| ·微阵列数据的归一化处理 | 第66-69页 |
| ·淡水与海水条件下HW-1的表达差异 | 第69-71页 |
| ·微阵列数据的实时荧光定量PCR验证 | 第71-75页 |
| ·实时荧光定量PCR验证候选基因的选择及引物设计 | 第71-72页 |
| ·实时荧光定量PCR产物特异性 | 第72-74页 |
| ·实时荧光定量PCR的数据分析 | 第74-75页 |
| ·基因的功能鉴定 | 第75-78页 |
| ·缺失载体的构建 | 第75-78页 |
| ·小结 | 第78-80页 |
| 结束语 | 第80-82页 |
| 附录 | 第82-91页 |
| 参考文献 | 第91-97页 |
| 致谢 | 第97-98页 |
| 学位论文评阅及答辩情况表 | 第98页 |
