代谢网络及路径（pathway）的研究和应用
| 摘要 | 第1-5页 |
| ABSTRACT | 第5-9页 |
| 第1章 绪论 | 第9-16页 |
| ·生物信息学 | 第9-12页 |
| ·转录组 | 第10页 |
| ·蛋白质组 | 第10-11页 |
| ·代谢组 | 第11-12页 |
| ·系统生物学 | 第12-14页 |
| ·系统生物学的任务 | 第12页 |
| ·系统生物学研究对象 | 第12页 |
| ·系统生物学建模与仿真 | 第12-13页 |
| ·系统生物学软件-模拟分析工具 | 第13页 |
| ·系统生物学与实验 | 第13-14页 |
| ·本论文的研究内容 | 第14-15页 |
| ·生物化学网络数据库 | 第14页 |
| ·代谢网络的数据模型 | 第14页 |
| ·路径工具软件的设计 | 第14-15页 |
| ·小结 | 第15-16页 |
| 第2章 代谢网络研究相关理论基础和技术 | 第16-26页 |
| ·复杂网络理论知识 | 第16-20页 |
| ·描述网络的静态几何量 | 第16-17页 |
| ·基本的网络机制模型 | 第17-18页 |
| ·代谢网络观点提出 | 第18-19页 |
| ·代谢网络性质 | 第19-20页 |
| ·代谢网络数据库技术 | 第20-22页 |
| ·知识背景 | 第20页 |
| ·生物化学网络数据库技术 | 第20-22页 |
| ·生物建模方法 | 第22-23页 |
| ·建模工具-PETRI网 | 第23-25页 |
| ·Petri网研究历史 | 第23页 |
| ·Petri网的定义 | 第23-25页 |
| ·小结 | 第25-26页 |
| 第3章 路径数据库建立 | 第26-37页 |
| ·路径的数据来源 | 第26-28页 |
| ·从文献收集数据 | 第26-27页 |
| ·直向同源路径 | 第27页 |
| ·高通量技术积累的数据 | 第27页 |
| ·逆向工程 | 第27-28页 |
| ·路径的查询和创建 | 第28-29页 |
| ·静态的路径检索 | 第28页 |
| ·动态创建路径 | 第28-29页 |
| ·路径(PATHWAY)分析 | 第29-30页 |
| ·结构特征分析 | 第29页 |
| ·与表达数据比较 | 第29页 |
| ·模拟 | 第29-30页 |
| ·路径数据库 | 第30-32页 |
| ·数据交换 | 第32-34页 |
| ·系统生物学标记语言SBML | 第33页 |
| ·Cell ML | 第33-34页 |
| ·BioPAX | 第34页 |
| ·生物数据的集成 | 第34-35页 |
| ·路径数据库的设计与实现 | 第35-36页 |
| ·小结 | 第36-37页 |
| 第4章 代谢网络结构建模 | 第37-49页 |
| ·PATHWAY建模方法 | 第37-38页 |
| ·生物化学网络的PETRI网模型 | 第38-42页 |
| ·库所 | 第38页 |
| ·变迁 | 第38页 |
| ·弧线 | 第38-39页 |
| ·PETRI网代谢模型的简化 | 第39-40页 |
| ·PNML描述模型 | 第40-42页 |
| ·模型分析 | 第42-48页 |
| ·有界性分析 | 第42-44页 |
| ·S、T不变量分析 | 第44-46页 |
| ·最优化分析 | 第46-48页 |
| ·小结 | 第48-49页 |
| 第5章 仿真与设计 | 第49-59页 |
| ·无氧代谢 | 第49-52页 |
| ·无氧代谢步骤 | 第49页 |
| ·无氧代谢模型的Petri网表示 | 第49页 |
| ·无氧代谢模型的简化 | 第49-52页 |
| ·有氧代谢 | 第52-53页 |
| ·有氧代谢过程 | 第52页 |
| ·有氧代谢Petri网模型表示 | 第52-53页 |
| ·生物路径软件设计 | 第53-58页 |
| ·软件设计目的 | 第53页 |
| ·软件功能概述 | 第53-54页 |
| ·程序说明及模块介绍 | 第54-57页 |
| ·软件实现所使用技术 | 第57-58页 |
| ·讨论 | 第58页 |
| ·小结 | 第58-59页 |
| 第6章 结论与展望 | 第59-61页 |
| 参考文献 | 第61-67页 |
| 致谢 | 第67-68页 |
| 附录:攻读学位期间的主要学术成果 | 第68页 |
