精氨酰胺类化合物与PAD4蛋白的对接分析及分子动力学模拟
| 中文摘要 | 第1-4页 |
| ABSTRACT | 第4-9页 |
| 第一章 文献综述 | 第9-27页 |
| ·引言 | 第9页 |
| ·PAD4 的结构及其作用机制 | 第9-13页 |
| ·风湿性关节炎与PAD4 的关联 | 第9-12页 |
| ·作用机制 | 第12-13页 |
| ·虚拟筛选和新药发现 | 第13-17页 |
| ·计算机辅助药物设计的策略及方法 | 第15-17页 |
| ·计算机辅助药物设计所涉及到的相关技术 | 第17-22页 |
| ·构象分析方法 | 第17-18页 |
| ·分子对接方法 | 第18-21页 |
| ·分子动力学 | 第21-22页 |
| ·生物电子等排体 | 第22-25页 |
| ·生物电子等排体定义 | 第22-23页 |
| ·生物电子等排原理与药物设计 | 第23-25页 |
| ·研究内容和研究意义 | 第25-27页 |
| 第二章 苯甲酰精氨类物质与受体蛋白的对接模型研究 | 第27-37页 |
| ·实验材料 | 第27页 |
| ·计算平台 | 第27-28页 |
| ·硬件平台 | 第27-28页 |
| ·软件平台 Sybyl 6.92 | 第28页 |
| ·对接实验过程 | 第28-31页 |
| ·受体蛋白的准备 | 第28-29页 |
| ·配体化合物分子构型的优化 | 第29-30页 |
| ·分子对接计算 | 第30-31页 |
| ·对接方法验证 | 第31-34页 |
| ·对接结果分析 | 第34-35页 |
| ·本章小结 | 第35-37页 |
| 第三章 电子等排体的对接 | 第37-46页 |
| ·实验材料 | 第37-40页 |
| ·经典的电子等排体取代 | 第38页 |
| ·非经典的电子等排体取代 | 第38页 |
| ·额外编号的电子等排体取代 | 第38-40页 |
| ·计算平台 | 第40页 |
| ·对接实验过程 | 第40页 |
| ·电子等排体对接结果分析 | 第40-45页 |
| ·经典的电子等排体取代 | 第41-44页 |
| ·非经典的电子等排体取代 | 第44-45页 |
| ·本章小结 | 第45-46页 |
| 第四章 苯甲酰精氨类物质与PAD4 的动力学研究 | 第46-56页 |
| ·实验材料 | 第46页 |
| ·计算平台 | 第46-47页 |
| ·硬件平台 | 第46页 |
| ·软件平台 | 第46-47页 |
| ·分子动力学模拟的实验建立过程 | 第47-53页 |
| ·实验材料的准备 | 第47页 |
| ·复合物结构的预处理 | 第47-48页 |
| ·分子动力学模拟 | 第48-53页 |
| ·实验结果与讨论 | 第53-55页 |
| ·本章小结 | 第55-56页 |
| 第五章 结论与展望 | 第56-57页 |
| ·结论 | 第56页 |
| ·展望 | 第56-57页 |
| 参考文献 | 第57-63页 |
| 附录 | 第63-66页 |
| 致谢 | 第66页 |
