| 摘要 | 第6-7页 |
| abstract | 第7-8页 |
| List of Abbreviations | 第15-17页 |
| Chapter1:General Introduction | 第17-21页 |
| 1.1 Background | 第17-18页 |
| 1.2 Problem statement | 第18-19页 |
| 1.3 Justification of the study | 第19-20页 |
| 1.4 General objective | 第20页 |
| 1.5 Specific objectives | 第20-21页 |
| Chapter2:Literature review | 第21-35页 |
| 2.1 Occurrence of PAEs | 第21-27页 |
| 2.1.1 Surface waters and sediments | 第21-22页 |
| 2.1.2 Occurrence in Air | 第22-23页 |
| 2.1.3 Agricultural soils | 第23-25页 |
| 2.1.4 Wastewater treatment plants and sludge | 第25页 |
| 2.1.5 Occurrence in landfills | 第25-26页 |
| 2.1.6 Food,beverages and personal care products | 第26-27页 |
| 2.2 Eco-toxicological effects of PAEs | 第27-29页 |
| 2.2.1 Effect of PAEs on soil properties and crops | 第27页 |
| 2.2.2 Effect on aquatic organisms | 第27-28页 |
| 2.2.3 Effects on terrestrial organisms | 第28页 |
| 2.2.4 Effect on humans | 第28-29页 |
| 2.3 Microbial removal of PAEs | 第29-35页 |
| 2.3.1 PAEs biodegradation pathways in bacteria | 第30-32页 |
| 2.3.2 Role of genus Gordonia in degradation of PAEs | 第32-35页 |
| Chapter3:Genome sequencing,annotation and comparative analysis of strain YC-RL | 第35-66页 |
| 3.1 Introduction | 第35-36页 |
| 3.2 Materials and methods | 第36-38页 |
| 3.2.1 Chemicals and media | 第36页 |
| 3.2.2 Substrate utilization tests and intermediate analysis | 第36页 |
| 3.2.3 DNA extraction,genome library preparation and sequencing | 第36-37页 |
| 3.2.4 Phylogenetic and comparative genomic analysis | 第37页 |
| 3.2.5 Prediction of secondary metabolite potential | 第37页 |
| 3.2.6 Heavy metal tolerance tests | 第37-38页 |
| 3.2.7 Accession numbers | 第38页 |
| 3.3 Results | 第38-62页 |
| 3.3.1 Genome sequence and annotation results | 第38-39页 |
| 3.3.2 Classification | 第39-41页 |
| 3.3.3 COG analysis and KEGG analysis | 第41-44页 |
| 3.3.4 Analysis of phthalate catabolic genes | 第44-54页 |
| 3.3.5 Secondary metabolite biosynthesis potential | 第54-56页 |
| 3.3.6 Heavy metal resistance | 第56-59页 |
| 3.3.7 Genetic basis for colony morphology changes | 第59-62页 |
| 3.4 Discussion | 第62-65页 |
| 3.5 Conclusion | 第65-66页 |
| Chapter4:Cloning and expression of a novel carboxylesterase Car259 capable of hydrolyzing Di-2-ethylhexyl phthalate | 第66-94页 |
| 4.1 Introduction | 第66-67页 |
| 4.2 Materials and methods | 第67-70页 |
| 4.2.1 Chemicals and reagents | 第67页 |
| 4.2.2 Cloning,expression and purification of Car | 第67-68页 |
| 4.2.3 Enzyme assay | 第68-69页 |
| 4.2.4 Substrate specificity | 第69页 |
| 4.2.5 Detection of degradation intermediates | 第69页 |
| 4.2.6 Homology modeling and model verification | 第69-70页 |
| 4.2.7 Protein-ligand docking and visualization | 第70页 |
| 4.2.8 Construction of mutants | 第70页 |
| 4.3 Results | 第70-90页 |
| 4.3.1 Expression and purification of Car | 第70-73页 |
| 4.3.2 Multiple sequence alignment and phylogenetic analysis | 第73-77页 |
| 4.3.3 Effect of pH,temperature,ions,solvents and detergents on Car259 activity | 第77-79页 |
| 4.3.4 Substrate specificity | 第79-83页 |
| 4.3.5 Enzyme Kinetic parameters | 第83页 |
| 4.3.6 Degradation intermediates | 第83-84页 |
| 4.3.7 Homology modeling and docking results | 第84-90页 |
| 4.4 Discussion | 第90-92页 |
| 4.5 Conclusion | 第92-94页 |
| Chapter5:Biochemical and structural characterization of a monoethylhexyl phthalate hydrolase(MehpH) | 第94-108页 |
| 5.1 Introduction | 第94-95页 |
| 5.2 Materials and methods | 第95-97页 |
| 5.2.1 Chemicals,solutions and media | 第95页 |
| 5.2.2 Protein purification | 第95页 |
| 5.2.3 Enzyme activity assays | 第95-96页 |
| 5.2.4 Enzyme structure modeling | 第96-97页 |
| 5.3 Results | 第97-105页 |
| 5.3.1 Protein purification | 第97-98页 |
| 5.3.2 Enzyme activity assays | 第98-101页 |
| 5.3.3 Enzyme structure modeling | 第101-105页 |
| 5.4 Discussion | 第105-107页 |
| 5.5 Conclusion | 第107-108页 |
| Chapter6:General conclusions and recommendations | 第108-110页 |
| 6.1 Conclusions | 第108-109页 |
| 6.2 Recommendations | 第109-110页 |
| References | 第110-132页 |
| Acknowledgements | 第132-133页 |
| Author’s Resume | 第133-137页 |
