| Abbreviations | 第9-10页 |
| 摘要 | 第10-11页 |
| Abstract | 第11页 |
| CHAPTER 1: INTRODUCTION | 第13-17页 |
| 1.1 Background | 第13页 |
| 1.2 Motivation | 第13-14页 |
| 1.3 Contribution | 第14-15页 |
| 1.4 Problem definition and research objectives | 第15页 |
| 1.5 Structure of the thesis | 第15-17页 |
| CHAPTER 2: LITERATURE REVIEW | 第17-37页 |
| 2.1 MiRNA | 第17页 |
| 2.2 The discovery of miRNA | 第17-19页 |
| 2.2.1 Discovering of the first miRNA linage -4 (lin-4) | 第17-18页 |
| 2.2.2 Discovering of the second miRNA lethal-7(let-7) | 第18-19页 |
| 2.3 Functions of miRNAs | 第19页 |
| 2.4 Biological tests | 第19-20页 |
| 2.5 Computational methods | 第20-37页 |
| CHAPTER 3: PATH-BASED RANDOM WALK | 第37-53页 |
| 3.1 Overview | 第37-38页 |
| 3.2 Graph theory and fundamental concepts | 第38页 |
| 3.3 Types of graph | 第38-39页 |
| 3.4 Connected undirected graph | 第39-40页 |
| 3.4.1 Adjacent and non-adjacent | 第40页 |
| 3.4.2 Path | 第40页 |
| 3.4.3 Walk | 第40页 |
| 3.5 Random walk | 第40-43页 |
| 3.6 Data collection | 第43-46页 |
| 3.6.1 MiRNA and disease datasets | 第43-44页 |
| 3.6.2 Disease phenotype databases | 第44-45页 |
| 3.6.3 Gene interaction databases | 第45页 |
| 3.6.4 MiRNA association databases | 第45页 |
| 3.6.5 Protein interaction databases | 第45-46页 |
| 3.7 Feature selection | 第46-47页 |
| 3.8 Feature selection process | 第47-48页 |
| 3.9 Method | 第48-53页 |
| 3.9.1 Construction of RDnet (miRNA and disease network) | 第48页 |
| 3.9.2 Random walk and Graph theory | 第48-49页 |
| 3.9.3 Path-based random walk | 第49-51页 |
| 3.9.4 Predictive algorithm for miRNA-related disease similarity score of potentialcandidates | 第51-53页 |
| CHAPTER 4:RESULTS AND DISCUSSION | 第53-70页 |
| 4.1 Overview | 第53页 |
| 4.2 Classification and Prediction | 第53-54页 |
| 4.2.1 Classification | 第53页 |
| 4.2.2 Prediction | 第53-54页 |
| 4.3 Classification algorithms | 第54-55页 |
| 4.3.1 Support Vector Machines (SVM) | 第54-55页 |
| 4.3.2 Naive Bayes | 第55页 |
| 4.4 Model testing | 第55-58页 |
| 4.4.1 Accuracy | 第56-57页 |
| 4.4.2 Confusion matrix | 第57-58页 |
| 4.4.3 ROC | 第58页 |
| 4.5 Experimental results | 第58-61页 |
| 4.6 Comparison with other prediction methods | 第61-66页 |
| 4.7 Case study: Breast Neoplasms and Pancreatic Neoplasms | 第66-70页 |
| CHAPTER 5: CONCLUSION AND FUTURE WORK | 第70-72页 |
| 5.1 Conclusion | 第70-71页 |
| 5.2 Future work | 第71-72页 |
| References | 第72-79页 |
| Research Publication | 第79-80页 |
| Acknowledgements | 第80页 |
