| 摘要 | 第4-7页 |
| ABSTRACT | 第7-9页 |
| 第一章 绪论 | 第14-24页 |
| 1.1 胡桃属植物研究现状 | 第14-18页 |
| 1.2 胡桃科植物研究现状 | 第18-21页 |
| 1.3 研究目的和意义 | 第21-22页 |
| 1.4 研究内容 | 第22页 |
| 1.5 拟解决的关键科学问题 | 第22-23页 |
| 1.6 研究技术路线图 | 第23-24页 |
| 第二章 核桃叶绿体基因组的构建 | 第24-32页 |
| 2.1 材料和方法 | 第25-27页 |
| 2.1.1 样品采集 | 第25页 |
| 2.1.2 Illumia Miseq高通量测序 | 第25-26页 |
| 2.1.3 叶绿体基因组组装和注释 | 第26-27页 |
| 2.1.4 核桃叶绿体基因组构建系统发育树 | 第27页 |
| 2.2 结果 | 第27-31页 |
| 2.2.1 Illmina Miseq测序 | 第27-28页 |
| 2.2.2 叶绿体基因组组装和注释 | 第28-30页 |
| 2.2.3 核桃叶绿体基因组构建系统发育关系 | 第30-31页 |
| 2.3 讨论 | 第31-32页 |
| 第三章 中国五个胡桃属植物比较叶绿体基因组及其对叶绿体系统发育的贡献 | 第32-54页 |
| 3.1 材料和方法 | 第33-37页 |
| 3.1.1 中国胡桃属植物样本采集和标本保存 | 第33-34页 |
| 3.1.2 叶绿体基因组组装和低覆盖度区域的验证 | 第34-35页 |
| 3.1.3 叶绿体基因组注释与分析 | 第35页 |
| 3.1.4 重复序列分析 | 第35页 |
| 3.1.5 序列变异分析和核苷酸替换速率分析 | 第35-36页 |
| 3.1.6 系统发育分析 | 第36-37页 |
| 3.2 结果 | 第37-50页 |
| 3.2.1 叶绿体基因组组装 | 第37-38页 |
| 3.2.2 胡桃属植物的叶绿体基因组特征 | 第38-42页 |
| 3.2.3 胡桃属叶绿体基因组和壳斗科、桦木科比较分析 | 第42-44页 |
| 3.2.4 SSRs重复序列分析 | 第44-45页 |
| 3.2.5 长片段重复序列 | 第45-46页 |
| 3.2.6 叶绿体基因热点分化区 | 第46-48页 |
| 3.2.7 胡桃属植物叶绿体基因选择压力分析 | 第48页 |
| 3.2.8 胡桃属植物系统发育分析和分化时间估计 | 第48-50页 |
| 3.3 讨论 | 第50-54页 |
| 3.3.1 叶绿体序列变异和进化 | 第50-52页 |
| 3.3.2 系统发育分析 | 第52-54页 |
| 第四章 胡桃属植物比较转录组学和跨物种EST-SSRs分子标记开发 | 第54-71页 |
| 4.1 材料和方法 | 第56-59页 |
| 4.1.1 胡桃属植物样本采集和RNA的提取 | 第56页 |
| 4.1.2 cDNA文库的构建和高通量测序 | 第56-57页 |
| 4.1.3 高通量测序数据的过滤、组装和功能注释 | 第57页 |
| 4.1.4 SSRs遗传标记的开发和验证 | 第57-58页 |
| 4.1.5 直系同源基因分析 | 第58页 |
| 4.1.6 系统发育分析 | 第58-59页 |
| 4.2 结果 | 第59-68页 |
| 4.2.1 Illumina测序和de novo组装 | 第59-61页 |
| 4.2.2 Unigenes的功能注释 | 第61-63页 |
| 4.2.3 EST-SSRs位点分析及胡桃属通用性分子标记开发 | 第63-65页 |
| 4.2.4 胡桃属植物直系同源基因分析 | 第65-66页 |
| 4.2.5 系统发育分析 | 第66-68页 |
| 4.3 讨论 | 第68-71页 |
| 第五章 系统发育基因组和群体基因组揭示胡桃属进化历史 | 第71-89页 |
| 5.1 材料和方法 | 第72-75页 |
| 5.1.1 胡桃属植物材料采集和DNA的提取 | 第72-73页 |
| 5.1.2 叶绿体组组装、注释 | 第73页 |
| 5.1.3 叶绿体DNA数据分析 | 第73-74页 |
| 5.1.4 核基因组变异位点鉴定 | 第74-75页 |
| 5.1.5 胡桃属遗传结构、PCA和系统发育分析 | 第75页 |
| 5.2 结果 | 第75-85页 |
| 5.2.1 胡桃属群体基因组重测序结果 | 第75-80页 |
| 5.2.2 叶绿体基因组数据分析 | 第80-82页 |
| 5.2.3 核基因组DNA分析 | 第82-85页 |
| 5.3 讨论 | 第85-89页 |
| 第六章 基于叶绿体基因组的胡桃科系统发育和多样化历史的研究 | 第89-109页 |
| 6.1 材料和方法 | 第91-94页 |
| 6.1.1 材料 | 第91页 |
| 6.1.2 叶绿体组装注释 | 第91-92页 |
| 6.1.3 叶绿体基因组SNPs和Indels的发掘 | 第92页 |
| 6.1.4 胡桃科植物系统发育分析 | 第92-93页 |
| 6.1.5 胡桃科植物分化时间的估算 | 第93-94页 |
| 6.2 结果 | 第94-105页 |
| 6.2.1 叶绿体基因组组装结果 | 第94-98页 |
| 6.2.2 叶绿体基因组变异 | 第98-100页 |
| 6.2.3 胡桃科叶绿体基因组中假基因的鉴定 | 第100-102页 |
| 6.2.4 胡桃科叶绿体基因组热点分化区域 | 第102页 |
| 6.2.5 胡桃科叶绿体基因组系统发育分析 | 第102-104页 |
| 6.2.6 胡桃科分化时间的估算 | 第104-105页 |
| 6.3 讨论 | 第105-109页 |
| 6.3.1 胡桃科叶绿体基因组组装和变异检测 | 第105-106页 |
| 6.3.2 胡桃科叶绿体基因组系统发育关系 | 第106-107页 |
| 6.3.3 胡桃科的分化时间估算和多样化历史 | 第107-109页 |
| 结论 | 第109-112页 |
| 参考文献 | 第112-129页 |
| 附录 | 第129-196页 |
| 致谢 | 第196-198页 |
| 攻读硕士学位期间取得的科研成果 | 第198-200页 |
