基于60K芯片的中国地方猪种品种特异性遗传标签构建
| 摘要 | 第5-6页 |
| ABSTRACT | 第6页 |
| 第一章 文献综述 | 第7-14页 |
| 1 引言 | 第7页 |
| 2 猪肉安全追溯国内外发展进程 | 第7-8页 |
| 3 追踪溯源技术的分类 | 第8-11页 |
| 3.1 物理化学追溯技术 | 第8-10页 |
| 3.1.1 条形码技术 | 第8-9页 |
| 3.1.2 射频识别技术 | 第9页 |
| 3.1.3 近红外光谱技术 | 第9-10页 |
| 3.2 分子标记技术 | 第10-11页 |
| 3.2.1 传统的分子标记 | 第10-11页 |
| 3.2.2 新型分子标记技术 | 第11页 |
| 4 追踪溯源技术在动物品种鉴别中应用 | 第11-13页 |
| 4.1 非分子学鉴别 | 第12页 |
| 4.2 分子学鉴别 | 第12-13页 |
| 4.2.1 传统分子标记鉴别 | 第12-13页 |
| 4.2.2 新型分子标记鉴别 | 第13页 |
| 5 本研究的目标与意义 | 第13-14页 |
| 第二章 研究正文 | 第14-41页 |
| 1 实验材料与方法 | 第14-18页 |
| 1.1 实验材料 | 第14页 |
| 1.2 DNA样本制备 | 第14-16页 |
| 1.3 基因组60KSNP芯片分型及质控 | 第16页 |
| 1.4 遗传距离、分化和种群结构分析 | 第16-17页 |
| 1.4.1 遗传距离分析 | 第16页 |
| 1.4.2 种群结构分析 | 第16-17页 |
| 1.4.3 遗传分化分析 | 第17页 |
| 1.5 品种特异性遗传标签构建 | 第17-18页 |
| 1.5.1 数据质控 | 第17页 |
| 1.5.2 全基因组SNP特异位点的筛选 | 第17-18页 |
| 1.5.3 高质量品种候选特异标签构建 | 第18页 |
| 1.6 特异性遗传标签多群体验证 | 第18页 |
| 1.7 品种的特异性遗传标签分析 | 第18页 |
| 2 结果与分析 | 第18-38页 |
| 2.1 遗传距离、分化和种群结构分析 | 第18-22页 |
| 2.1.1 数据质控 | 第18-19页 |
| 2.1.2 遗传距离分析 | 第19-20页 |
| 2.1.3 群体结构分析 | 第20-21页 |
| 2.1.4 遗传分化分析 | 第21-22页 |
| 2.2 品种特异性遗传标签的构建 | 第22-33页 |
| 2.2.1 中国地方猪种的特异性标签构建 | 第22-25页 |
| 2.2.1.1 数据质控 | 第22页 |
| 2.2.1.2 全基因组候选特异性SNP位点筛选 | 第22页 |
| 2.2.1.3 中国地方猪种特异性遗传标签构建 | 第22-25页 |
| 2.2.2 二花脸猪的品种特异性遗传标签构建 | 第25-27页 |
| 2.2.2.1 数据质控 | 第25页 |
| 2.2.2.2 全基因组候选特异性SNP位点筛选 | 第25页 |
| 2.2.2.3 二花脸猪品种特异性遗传标签构建 | 第25-27页 |
| 2.2.3 莱芜猪的品种特异性遗传标签构建 | 第27-30页 |
| 2.2.3.1 数据质控 | 第27页 |
| 2.2.3.2 全基因组候选特异性SNP位点筛选 | 第27-28页 |
| 2.2.3.3 莱芜猪品种特异性遗传标签的构建 | 第28-30页 |
| 2.2.4 苏太猪的品种特异性遗传标签构建 | 第30-33页 |
| 2.2.4.1 数据质控 | 第30页 |
| 2.2.4.2 全基因组候选特异性SNP位点筛选 | 第30-31页 |
| 2.2.4.3 苏太猪品种特异性遗传标签构建 | 第31-33页 |
| 2.3 标签应用效果验证 | 第33-37页 |
| 2.3.1 中国地方猪种品种特异性遗传标签验证 | 第33-34页 |
| 2.3.2 二花脸猪的品种特异性遗传标签验证 | 第34-35页 |
| 2.3.3 莱芜猪的品种特异性遗传标签验证 | 第35-36页 |
| 2.3.4 苏太猪的品种特异性遗传标签验证 | 第36-37页 |
| 2.4 品种特异性标签的分析 | 第37-38页 |
| 3 讨论 | 第38-40页 |
| 3.1 品种遗传距离、分化和群体结构 | 第38-39页 |
| 3.2 品种特异性遗传标签构建和验证 | 第39-40页 |
| 3.3 品种特异性标签的分析 | 第40页 |
| 4 总结和展望 | 第40-41页 |
| 4.1 全文总结 | 第40页 |
| 4.2 展望 | 第40-41页 |
| 参考文献 | 第41-45页 |
| 附录 | 第45-62页 |
| 致谢 | 第62页 |
