| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 第1章 引言 | 第13-27页 |
| 1.1 莲及其地理分布 | 第13-14页 |
| 1.2 莲的系统分类学研究 | 第14-16页 |
| 1.3 莲的社会及经济价值 | 第16页 |
| 1.4 莲种质资源 | 第16-21页 |
| 1.5 莲的组学研究现状 | 第21-22页 |
| 1.6 莲遗传图谱构建及QTL定位 | 第22页 |
| 1.7 地下茎发育相关研究 | 第22-24页 |
| 1.8 分子标记技术及群体遗传学研究 | 第24-27页 |
| 第2章 莲种质资源的遗传分化 | 第27-53页 |
| 2.1 主要研究内容 | 第27页 |
| 2.2 实验材料与方法 | 第27-30页 |
| 2.2.1 实验材料 | 第27页 |
| 2.2.2 全基因组DNA文库的构建及测序 | 第27-28页 |
| 2.2.3 数据质控 | 第28页 |
| 2.2.4 SNP和InDel变异检测 | 第28页 |
| 2.2.5 变异过滤,验证及统计分析 | 第28-29页 |
| 2.2.6 基于SNP的进化树构建,基因组结构及PCA分析 | 第29页 |
| 2.2.7 基因变异率比较分析 | 第29页 |
| 2.2.8 两种生态型分化相关候选基因的获取 | 第29-30页 |
| 2.3 结果与分析 | 第30-49页 |
| 2.3.1 莲种质资源的基本信息与分类 | 第30-32页 |
| 2.3.2 莲种质资源的变异统计与验证 | 第32-34页 |
| 2.3.3 莲群体结构分析 | 第34-38页 |
| 2.3.4 莲选择性进化过程中基因的变异检测 | 第38-40页 |
| 2.3.5 莲两个生态型分化相关基因的筛选 | 第40-42页 |
| 2.3.6 五个莲亚群的变异分析 | 第42-49页 |
| 2.4 讨论 | 第49-53页 |
| 2.4.1 莲种质及生态型之间的遗传关系 | 第49页 |
| 2.4.2 在莲的遗传进化进程中基因的变异 | 第49-50页 |
| 2.4.3 莲地下茎发育候选基因的筛选 | 第50-53页 |
| 第3章 莲高密度遗传图谱构建及地下茎发育相关性状的QTL定位 | 第53-79页 |
| 3.1 主要研究内容 | 第53页 |
| 3.2 实验材料与方法 | 第53-56页 |
| 3.2.1 实验材料 | 第53页 |
| 3.2.2 植物样本DNA的提取 | 第53-54页 |
| 3.2.3 DNA文库构建 | 第54页 |
| 3.2.4 数据质控和过滤 | 第54-55页 |
| 3.2.5 变异检测 | 第55页 |
| 3.2.6 亲本间多态性标记检测、子代基因分型和标记筛选 | 第55页 |
| 3.2.7 SRR多态性标记筛选 | 第55-56页 |
| 3.2.8 遗传连锁图谱的构建 | 第56页 |
| 3.2.9 地下茎相关性状表型值的测量 | 第56页 |
| 3.2.10 地下茎膨大相关性状的QTL定位 | 第56页 |
| 3.3 结果与分析 | 第56-75页 |
| 3.3.0 亲本间SNP标记开发 | 第56-57页 |
| 3.3.1 SSR标记的筛选 | 第57页 |
| 3.3.2 高密度遗传图谱的构建 | 第57-59页 |
| 3.3.3 遗传连锁图与物理图的共线性分析 | 第59-61页 |
| 3.3.4 亲本间表型差异分析 | 第61-63页 |
| 3.3.5 群体间表型统计分析 | 第63-67页 |
| 3.3.6 莲地下茎表型性状的QTL定位 | 第67-73页 |
| 3.3.7 地下茎发育相关候选基因的筛选 | 第73-75页 |
| 3.4 讨论 | 第75-79页 |
| 3.4.1 亲本的选择 | 第75页 |
| 3.4.2 莲高密度遗传连锁图谱 | 第75-76页 |
| 3.4.3 莲地下茎表型性状相关性及QTL定位 | 第76-79页 |
| 第4章 结论与展望 | 第79-81页 |
| 4.1 莲种质资源的遗传分化 | 第79页 |
| 4.2 莲高密度遗传图谱构建及地下茎表型性状的QTL分析 | 第79-80页 |
| 4.3 展望 | 第80-81页 |
| 参考文献 | 第81-89页 |
| 附录 | 第89-115页 |
| 致谢 | 第115-117页 |
| 作者简历及攻读学位期间发表的学术论文与研究成果 | 第117页 |
