| 摘要 | 第8-10页 |
| Abstract | 第10-11页 |
| 缩略语表(Abbrevtion) | 第12-13页 |
| 第一章 文献综述 | 第13-22页 |
| 引言 | 第13页 |
| 1 猪腹股沟/阴囊疝病因 | 第13-15页 |
| 1.1 睾丸下降异常 | 第14页 |
| 1.2 胶原蛋白代谢紊乱 | 第14-15页 |
| 2 全基因组关联分析 | 第15-19页 |
| 2.1 全基因组关联分析在畜禽育种上的应用 | 第16页 |
| 2.2 全基因组关联分析在猪腹股沟/阴囊疝中的应用 | 第16-17页 |
| 2.3 关联分析模型和方法 | 第17-19页 |
| 3 基因分型技术 | 第19-21页 |
| 3.1 单链构象多态性 | 第19-20页 |
| 3.2 CAPS标记开发 | 第20页 |
| 3.3 等位基因特异性PCR | 第20-21页 |
| 3.4 直接测序 | 第21页 |
| 4 研究目的和意义 | 第21-22页 |
| 第二章 材料和方法 | 第22-43页 |
| 1 材料 | 第22-27页 |
| 1.1 试验样品 | 第22-23页 |
| 1.1.1 DNA样品 | 第22页 |
| 1.1.2 细胞样品 | 第22页 |
| 1.1.3 载体 | 第22-23页 |
| 1.2 主要仪器和设备 | 第23-24页 |
| 1.3 主要试剂、药品与试剂盒 | 第24-25页 |
| 1.4 常用试剂配制 | 第25-26页 |
| 1.4.1 细胞培养相关试剂 | 第25页 |
| 1.4.2 Western Blot相关试剂 | 第25-26页 |
| 1.4.3 载体连接所需试剂 | 第26页 |
| 1.5 应用到的生物信息学网站及分析软件 | 第26-27页 |
| 2 试验方法 | 第27-43页 |
| 2.1 基因分型 | 第27-29页 |
| 2.1.1 猪PRKCE基因、DEGS1基因PCR-RFLP分析 | 第27-28页 |
| 2.1.2 猪NUAK1基因和PLCG2基因等位基因特异性PCR | 第28-29页 |
| 2.1.3 数据处理分析 | 第29页 |
| 2.2 猪TENM3基因内含子区段的生物信息学分析 | 第29页 |
| 2.3 猪原代平滑肌细胞的分离及睾丸组织采样 | 第29-30页 |
| 2.3.1 膀胱平滑肌细胞的分离 | 第30页 |
| 2.3.2 膀胱平滑肌细胞的纯化 | 第30页 |
| 2.4 常规细胞培养 | 第30-31页 |
| 2.4.1 细胞的复苏 | 第30-31页 |
| 2.4.2 细胞的传代 | 第31页 |
| 2.4.3 细胞的冻存 | 第31页 |
| 2.5 睾丸组织RNA提取及半定量分析 | 第31-33页 |
| 2.5.1 组织RNA的提取 | 第31-32页 |
| 2.5.2 RNA的反转录 | 第32-33页 |
| 2.5.3 猪睾丸组织中TENM3基因半定量分析 | 第33页 |
| 2.6 启动子双荧光素酶报告基因载体的构建 | 第33-36页 |
| 2.6.1 启动子片段的扩增 | 第33-34页 |
| 2.6.2 PCR产物的回收 | 第34页 |
| 2.6.3 重组表达载体的构建 | 第34-36页 |
| 2.7 双荧光素酶报告检测 | 第36-37页 |
| 2.7.1 细胞的转染 | 第36-37页 |
| 2.7.2 双荧光素酶活性检测 | 第37页 |
| 2.8 RNA干扰 | 第37-43页 |
| 2.8.1 细胞总DNA/RNA/蛋白的提取 | 第38-39页 |
| 2.8.2 PCR扩增 | 第39页 |
| 2.8.3 mRNA的定量分析 | 第39-40页 |
| 2.8.4 Western Blot | 第40-42页 |
| 2.8.5 流式细胞仪检测细胞凋亡 | 第42-43页 |
| 第三章 试验结果与分析 | 第43-67页 |
| 1 FarmCPU模型全基因组关联分析结果 | 第43-50页 |
| 1.1 按0.01/标记数为阈值选取显著位点 | 第43-46页 |
| 1.2 按1E-05为阈值选取显著位点 | 第46-50页 |
| 2 候选基因在试验群体中的多态性分析 | 第50-60页 |
| 2.1 PRKCE的基因分型和卡方检验 | 第50-52页 |
| 2.2 DEGS1的基因分型和卡方检验 | 第52-54页 |
| 2.3 NUAK1的基因分型和卡方检验 | 第54-56页 |
| 2.4 PLCG2的基因分型和卡方检验 | 第56-58页 |
| 2.5 TENM3的基因分型和卡方检验 | 第58-60页 |
| 3 对与腹股沟/阴囊疝关联的SNPs进行转录因子预测 | 第60页 |
| 4 猪睾丸组织中TENM3基因半定量结果 | 第60页 |
| 5 猪TENM3基因核心启动子的筛选 | 第60-62页 |
| 5.1. 网站预测TENM3启动子区域 | 第60-61页 |
| 5.2 TENM3启动子区域分段载体的构建及双荧光活性分析 | 第61-62页 |
| 6 转录因子对不同基因型SNP位点结合的影响 | 第62-63页 |
| 6.1 核心启动子和不同基因型内含子片段载体的构建 | 第62页 |
| 6.2 pGL3-P2-G和pGL3-P2-T的双荧光活性分析 | 第62-63页 |
| 7 干扰转录因子RUNX2对TENM3基因的影响 | 第63-65页 |
| 8 干扰转录因子RUNX2对细胞凋亡的影响 | 第65-67页 |
| 第四章 讨论 | 第67-73页 |
| 1 FarmCPU模型的优势 | 第67-68页 |
| 2 腹股沟/阴囊疝候选基因的分析 | 第68-73页 |
| 2.1 PRKCE基因 | 第68页 |
| 2.2 PLCG2基因 | 第68-69页 |
| 2.3 NUAK1 基因 | 第69-70页 |
| 2.4 DEGS1 基因 | 第70-71页 |
| 2.5 TENM3 基因 | 第71-73页 |
| 第五章 结语 | 第73-74页 |
| 1 主要结论 | 第73页 |
| 2 下一步工作 | 第73-74页 |
| 参考文献 | 第74-85页 |
| 发表学术论文 | 第85-86页 |
| 致谢 | 第86页 |
